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Um Zukunftsthemen zu besetzen, wissenschaftliche Exzellenz zu sichern und die Vernetzung mit Hochschulen weiter auszubauen, hat die Helmholtz-Gemeinschaft eine Reihe neuer wissenschaftlicher Verbundstrukturen geschaffen, die über den Impuls- und Vernetzungsfonds des Präsidenten finanziert werden. Das Helmholtz Zentrum München stellt seine Wettbewerbsfähigkeit durch die erfolgreiche Beteiligung an den Ausschreibungen unter Beweis. Das Zentrum vernetzt sich im Rahmen von zwei neuen Helmholtz-Allianzen und der Helmholtz-Initiative zur Systembiologie. Im Rahmen von vier Helmholtz-Virtuellen Instituten bündelt das Helmholtz Zentrum München seine Kapazitäten mit den Kompetenzen verschiedener Hochschulpartner und beteiligt sich damit an der Zielsetzung, eine neue Qualität in der Zusammenarbeit auf internationalem Niveau zu erzielen.

Im Mittelpunkt der Helmholtz-Allianz Geistige Gesundheit in einer alternden Gesellschaft stehen Alzheimer und Parkinson, die als häufigste Ursachen für die Zerrüttung der geistigen Gesundheit im Alter gelten und mit steigender Lebenserwartung zu einer zunehmenden Bedrohung für unser Gesundheitssystem werden. Ziel der Allianz ist es, die Ursachen und Mechanismen neurodegenerativer Erkrankungen zu erforschen. Langfristig soll diese vom Helmholtz Zentrum München koordinierte Allianz mit dem neu zu gründenden nationalen Zentrum
für Demenzforschung verschmelzen.

Partner sind die Helmholtz-Zentren DKFZ, MDC, FZJ, sowie fünf Universitäten, das MPI für Psychiatrie sowie zwei Pharma-Unternehmen. Die Gesamtleitung liegt bei Prof. Dr. Wolfgang Wurst, Institut für Entwicklungsgenetik.

Dieser Allianz geht ein Virtuelles Institut voraus: Schwerpunkt des Virtuellen Instituts Neurodegeneration und Alterung ist die Untersuchung der Entstehung neurodegenerativer Krankheiten wie Alzheimer und Parkinson in Verbindung mit Alterungsprozessen von Nervenzellen. Kooperationspartner sind die Ludwig-Maximilians-Universität und die Technische Universität München. Die Federführung hat Prof. Dr. Wolfgang Wurst, Institut für Entwicklungsgenetik.

Die Helmholtz-Allianz Immuntherapie von Krebserkrankungen soll die Voraussetzungen schaffen, Ergebnisse aus der Grundlagenforschung auf diesem Gebiet zur klinischen Anwendung voranzutreiben. Prinzipiell ist es Ziel jeder Immuntherapie, eine so wirkungsvolle Immunantwort zu erzeugen, dass die Tumorzellen zerstört werden. Im Rahmen der neuen Allianz sollen die bisherigen Erkenntnisse auf diesem Gebiet so weiterentwickelt werden, dass die Immuntherapie für eine Vielzahl an Tumoren auf breiter Basis eingesetzt werden kann.

Koordiniert durch weitere Partner sind die Helmholtz-Zentren MDC und HZI sowie neun Institute verschiedener Universitäten und zahlreiche weitere Einrichtungen.

Im Rahmen der Mitte 2007 gestarteten Helmholtz-Initiative zur Systembiologie koordiniert das Helmholtz Zentrum München ein Projekt zur Untersuchung der mechanistischen Grundlagen von umweltbedingten Erkrankungen. Das Projekt untersucht grundlegende signalverarbeitende Prozesse der Stammzellentwicklung und der Neurogenese. Aus biologischem Wissen und experimentellen Daten sollen mathematische Modelle entwickelt werden. Daran beteiligt sind mehrere Institute des Helmholtz Zentrums München und des DKFZ, sowie Bioinformatiker
und Ingenieure der Universitäten München und Stuttgart.

Das Virtuelle Institut Molekulare Grundlagen der Glucoseregulation und des Typ 2-Diabetes hat zum Ziel, die Erforschung der Volkskrankheit Diabetes Typ 2 weiter voranzutreiben. Kooperationspartner sind die Ludwig-Maximilians-Universität und die Technische Universität München. Die Federführung liegt bei Prof. Dr. Dr. H.-Erich Wichmann und PD Dr. Thomas Illig, Institut für Epidemiologie.

Das Virtuelle Institut Interdisziplinäre Forschung in der Präventivmedizin hat zum Ziel, die Rolle von Verhalten und genetischen Faktoren für die Entstehung von Lungenerkrankungen und Herzinfarkt bei Rauchern aufzuklären. Partner sind die Helmholtz-Zentren DKFZ und MDC, sowie das Universitätsklinikum Köln und die Universität Köln sowie die Rheinische-Friedrich-Wilhelms- Universität Bonn. Die Federführung hat Prof. Dr. Dr. H.-Erich Wichmann, Institut für Epidemiologie.

Das Virtuelle Institut Isotopen-Biogeochemie befasst sich mit biogeochemischen Gradienten als „Hot Spots“ biologischer Abbauaktivität an der Grenzfläche Boden-Grundwasser. Partner sind das Helmholtz Zentrum für Umweltforschung in Leipzig (Federführung), die Universität Tübingen, die Friedrich-Schiller-Universität Jena und die Technische Universität München. Seitens des Helmholtz Zentrums München ist das Institut für Grundwasserökologie beteiligt.