Pressemitteilung/News

Förderung
20.11.2019

Scanpy wächst: Helmholtz Zentrum München erweitert Single-Cell-Plattform mit neuer Förderung der Chan Zuckerberg Initiative

Das Institut für Computational Biology des Helmholtz Zentrums München baut seine Open-Source-Software Scanpy zur Analyse und Visualisierung von Einzelzellen mit der Unterstützung eines neuen Förderprogramms der Chan Zuckerberg Initiative (CZI) aus. Innerhalb der nächsten zwei Jahre soll Scanpy 2.0 die Verfügbarkeit verbessern und seine Community deutlich erweitern.

Bild 1: Visualisierung der Genexpression in 1.3M Neuronen, Datensatz von 10x Genomics. ©Helmholtz Zentrum München / Alex Wolf

Bild 2: PAGA-Visualisierung von 50k Zellen des regenerierenden Plattwurms Planaria. ©Helmholtz Zentrum München / Alex Wolf

Bild 3: PAGA-Visualisierung von 50k Zellen des regenerierenden Plattwurms Planaria – Ansicht Gewebe vs. Zellen. ©Helmholtz Zentrum München / Alex Wolf

Scanpy wurde Ende 2016 von Alex Wolf und Philip Angerer am Helmholtz Zentrum München ins Leben gerufen. Ziel der Entwickler war es, Genexpressionsdaten einer großen Anzahl von Einzelzellen mittels Machine Learning analysieren zu können. Heute ist Scanpy ein leistungsfähiges und beliebtes Python-Framework zur skalierbaren Verarbeitung, Analyse und Visualisierung von Einzelzelldaten. Scanpy kommt bei Big-Data-Projekten wie dem Human Cell Atlas – dem globalen Versuch, die molekularen Zustandsformen aller Zellen im menschlichen Körper zu erfassen – zum Einsatz.

„Damit die Scanpy Community wachsen kann, muss es für Nutzer einfacher werden, mitzuwirken“, sagt Prof. Dr. Dr. Fabian Theis, Direktor am Institut für Computational Biology des Helmholtz Zentrums München. „Zu diesem Zweck verbessern wir Tutorials und Dokumentationen. Wir bauen Community-Plattformen auf, in denen alle Wissenschaftler und Interessierten willkommen sind. Wir fördern Contributions indem Scanpy 2.0 einfacher zu warten und zu erweitern wird. Der Ausbau auf Spatial-Transcriptomics-Technologien schafft die Grundlage für weitere Multiomics-Datenanalysen und stellt sicher, dass Scanpy auch künftigen Aufgaben gewachsen sein wird.“

Während Philipp Angerer vom Helmholtz Zentrum München den Großteil des CZI-Förderantrags für Scanpy 2.0 verfasste, entstammen viele Contributions mittlerweile einer internationalen Entwicklergemeinschaft mit 47 Mitwirkenden rund um die Projektgründer. Besonders hervorzuheben sind Isaac Virshup von der University of Melbourne, Gökcen Eraslan vom Broad Institute und Fidel Ramirez von Boehringer-Ingelheim.

Spitzenleistung in München für den wissenschaftlichen Fortschritt weltweit

Die neue Förderung bestätigt den anhaltenden Erfolg der Forschenden des Helmholtz Zentrums München. Im Jahr 2019 erhielt die Gruppe zwei weitere Grants der Chan Zuckerberg Initiative, beispielsweise in Zusammenarbeit mit der University of Harvard und dem Human Lung Cell Atlas. In den letzten zwei Jahren erhielt das Helmholtz Zentrum München eine CZI-Förderung von gesamt mehr als einer Million US-Dollar.

In der aktuellen Förderrunde hat die Chan Zuckerberg Initiative insgesamt 5 Millionen US-Dollar an mehr als 40 Open-Source-Softwareprojekte vergeben, die für die biomedizinische Forschung von zentraler Bedeutung sind. Die vollständige Liste der Projekte finden Sie hier.

Weitere Infos zu Scanpy:
Wolf, Angerer, Theis (2018): Scanpy: large-scale single-cell gene expression data analysis. Genome Biology, DOI: 10.1186/s13059-017-1382-0

Wir verwenden Cookies um Ihnen den Besuch der Webseite so angenehm wie möglich zu machen. Wir benötigen Cookies um die Dienste ständig zu verbessern, bestimmte Features zu ermöglichen und wenn wir Dienste bzw. Inhalte Dritter einbetten, wie beispielsweise den Vimeo-Videoplayer oder Twitter-Feeds. Gegebenenfalls werden in diesen Fällen auch Informationen an Dritte übertragen. Durch die Nutzung unserer Webseite stimmen Sie der Nutzung von Cookies zu. Wir verwenden unterschiedliche Arten von Cookies. Hier haben Sie die Möglichkeit, Ihre Cookie-Einstellungen zu personalisieren:

Einstellung anzeigen.
In unserer Datenschutzerklärung finden Sie weitere Informationen.

Dort können Sie Ihre Cookie-Einstellungen jederzeit ändern.