Mikrobiomanalyse

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Service und Expertise

Quelle: Helmholtz Zentrum München

Die Expertise dieser Core Facility ist die Durchführung von Mikrobiom-assoziierten Studien. Unsere Erfahrung reicht dabei von der Analyse von Umweltproben über Pflanzen- und Mausmodelle bis hin zu humanen Proben.

Beratung und Service stehen derzeit für folgende Plattformen zur Verfügung:

 

  • Illumina® MiSeq

    Die Illumina® MiSeq Plattform bietet Leseweiten von maximal 2 x 300 bp bei einem Output von ~ 20 Mio. Reads (~ 13 Gb) pro Lauf. Aufgrund der relativ langen Leseweiten eignet sich diese Technik besonders zur Amplikonsequenzierung ausgewählter Markergene (z.B. 16S rRNA, ITS). Multiplexing von bis zu 384 Proben erlaubt eine kosten-effiziente Durchführung von Diversitätsstudien.
  • PacBio® Sequel

    Das PacBio® Sequel System bedient sich der Single Molecule, Real-Time (SMRT) Technologie. Damit lassen sich Leseweiten > 20 kb erreichen, wobei der Datenoutput pro SMRT cell 5-8 Gb beträgt. Weitere Vorteile sind ein geringerer Sequenzierbias (gleichmäßige Abdeckung, keine systematischen Fehler) sowie die simultane Detektion epigenetischer Modifikationen. Deshalb eignet sich die Technik besonders zur de-novo Assemblierung auch komplexer Genome. Auch die Analyse von Plasmiden, langen Amplikons (max. 5 kb) oder Transkripten in voller Länge ist möglich. Eine Besonderheit der Technik ist die Möglichkeit zur Analyse epigenetischer Modifikationen wie z.B. Methylierungsmustern.
  • Illumina® HiSeq 2500

    Die Illumina® HiSeq 2500 Plattform bietet im Rapid Mode Leseweiten von maximal 2 x 250 bp bei einem Output von ~ 300 Mio. Reads (~ 125 Gb). Im High Output Mode sind maximale Leseweiten von 2 x 125 bp bei einem Output von ~ 2 Bio. Reads (~ 500 Gb) möglich. Besonders geeignet ist diese Technik deshalb für „deep sequencing“-Anwendungen, Metagenom- und Metatranskriptomstudien.


    Für weiterführende Informationen stehen Ihnen gerne zur Verfügung:
    (CoMi) oder (CoMi)