Computational Epigenomics

2020
Schukken, K.M. ; Lin, Y.-C. ; Bakker, P.L. ; Schubert, M. ; Preuss, S.F. ; Simon, J.E. ; van den Bos, H. ; Storchova, Z. ; Colomé-Tatché, M. ; Bastians, H. ; Spierings, D.C. ; Foijer, F.
Life Sci. All. 3:e201900499 (2020)
Ricci, W.A. ; Lu, Z. ; Ji, L. ; Marand, A.P. ; Ethridge, C.L. ; Murphy, N.G. ; Noshay, J.M. ; Galli, M. ; Mejía-Guerra, M.K. ; Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F. ; Rowley, M.J. ; Corces, V.G. ; Zhai, J. ; Scanlon, M.J. ; Buckler, E.S. ; Gallavotti, A. ; Springer, N.M. ; Schmitz, R.J. ; Zhang, X.
Nat. Plants 6:328 (2020)
Schubert, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Foijer, F.
Biochim. Biophys. Acta-Gene Regul. Mech. 1863:194444 (2020)
2019
Porubsky, D. ; Sanders, A.D. ; Taudt, A. ; Colomé-Tatché, M. ; Lansdorp, P.M. ; Guryev, V.
Bioinformatics, accepted (2019)
Ricci, W.A. ; Lu, Z. ; Ji, L. ; Marand, A.P. ; Ethridge, C.L. ; Murphy, N.G. ; Noshay, J.M. ; Galli, M. ; Mejía-Guerra, M.K. ; Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F. ; Rowley, M.J. ; Corces, V.G. ; Zhai, J. ; Scanlon, M.J. ; Buckler, E.S. ; Gallavotti, A. ; Springer, N.M. ; Schmitz, R.J. ; Zhang, X.
Nat. Plants 5, 1237-1249 (2019)
Hanna, C.W. ; Pérez-Palacios, R. ; Gahurova, L. ; Schubert, M. ; Krueger, F. ; Biggins, L. ; Andrews, S. ; Colomé-Tatché, M. ; Bourc'his, D. ; Dean, W. ; Kelsey, G.
Genome Biol. 20:225 (2019)
Pellegrino, J. ; Shahjahanpour, A. ; Lukauskas, S. ; Olayo Alarcon, R. ; Ramakrishnan, A. ; Colomé-Tatché, M. ; Schneider, R.
Poster: CSH meeting: mechanisms of metabolic signaling, 14 May 2019, Cold Spring Harbour, NY, USA. (2019)
van den Bos, H. ; Bakker, B. ; Taudt, A. ; Guryev, V. ; Colomé-Tatché, M. ; Lansdorp, P.M. ; Foijer, F. ; Spierings, D.C.J.
Methods Mol. Biol. 1896, 159-190 (2019)
2018
Colomé-Tatché, M. ; Theis, F.J.
Curr. Opin. Syst. Biol. 7, 54-59 (2018)
Taudt, A. ; Roquis, D. ; Vidalis, A. ; Wardenaar, R. ; Johannes, F. ; Colomé-Tatché, M.
BMC Genomics 19:444 (2018)
Hanna, C.W. ; Taudt, A. ; Huang, J. ; Gahurova, L. ; Kranz, A. ; Andrews, S. ; Dean, W. ; Stewart, A.F. ; Colomé-Tatché, M. ; Kelsey, G.
Nat. Struct. Mol. Biol. 25, 73-82 (2018)
2017
Kebede, A.F. ; Nieborak, A. ; Shahidian, L.Z. ; Le Gras, S. ; Richter, F.M. ; Gomez, D.A. ; Baltissen, M.P. ; Meszaros, G. ; Magliarelli, H.F. ; Taudt, A. ; Margueron, R. ; Colomé-Tatché, M. ; Ricci, R. ; Daujat, S. ; Vermeulen, M. ; Mittler, G. ; Schneider, R.
Nat. Struct. Mol. Biol. 24, 1048–1056 (2017)
Richards, C.L. ; Alonso, C. ; Becker, C. ; Bossdorf, O. ; Bucher, E. ; Colomé-Tatché, M. ; Durka, W. ; Engelhardt, J. ; Gaspar, B. ; Gogol-Döring, A. ; Grosse, I. ; van Gurp, T.P. ; Heer, K. ; Kronholm, I. ; Lampei, C. ; Latzel, V. ; Mirouze, M. ; Opgenoorth, L. ; Paun, O. ; Prohaska, S.J. ; Rensing, S.A. ; Stadler, P.F. ; Trucchi, E. ; Ullrich, K. ; Verhoeven, K.J.F.
Ecol. Lett. 20, 1576-1590 (2017)
Ferronika, P. ; van den Bos, H. ; Taudt, A. ; Spierings, D.C.J. ; Saber, A.T. ; Hiltermann, T.J.N. ; Kok, K. ; Porubsky, D. ; van der Wekken, A.J. ; Timens, W. ; Foijer, F. ; Colomé-Tatché, M. ; Groen, H.J.M. ; Lansdorp, P.M. ; van den Berg, A.
Ann. Oncol. 28, 1668-1670 (2017)
2016
Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F.
Genetics 202, 825-841 (2016)
van den Bos, H. ; Spierings, D.C.J. ; Taudt, A. ; Bakker, B. ; Porubsky, D. ; Falconer, E. ; Novoa, C. ; Halsema, N. ; Kazemier, H.G. ; Hoekstra-Wakker, K. ; Guryev, V. ; den Dunnen, W.F.A. ; Foijer, F. ; Colomé-Tatché, M. ; Boddeke, H.W.G.M. ; Lansdorp, P.M.
Genome Biol. 17:143 (2016)
van den Bos, H. ; Spierings, D.C.J. ; Taudt, A. ; Bakker, B. ; Porubsky, D. ; Falconer, E. ; Novoa, C. ; Halsema, N. ; Kazemier, H.G. ; Hoekstra-Wakker, K. ; Guryev, V. ; den Dunnen, W.F.A. ; Foijer, F. ; Colomé-Tatché, M. ; Boddeke, H.W.G.M. ; Lansdorp, P.M.
Genome Biol. 17:116 (2016)
Bakker, B. ; Taudt, A. ; Belderbos, M.E. ; Porubsky, D. ; Spierings, D.C.J. ; de Jong, T.V. ; Halsema, N. ; Kazemier, H.G. ; Hoekstra-Wakker, K. ; Bradley, A. ; de Bont, E.S.J.M. ; van den Berg, A. ; Guryev, V. ; Lansdorp, P.M. ; Colomé-Tatché, M. ; Foijer, F.
Genome Biol. 17:115 (2016)
Taudt, A. ; Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F.
Nat. Rev. Genet. 17, 319-332 (2016)
2015
van der Graaf, A. ; Wardenaar, R. ; Neumann, D.A. ; Taudt, A. ; Shaw, R.G. ; Jansen, R.C. ; Schmitz, R.J. ; Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 112, 6676-6681 (2015)
Heinig, M. ; Colomé-Tatché, M. ; Taudt, A. ; Rintisch, C. ; Schäfer, S. ; Pravenec, M. ; Hubner, N. ; Vingron, M. ; Johannes, F.
BMC Bioinformatics 16:60 (2015)
2014
Cortijo, S. ; Wardenaar, R. ; Colomé-Tatché, M. ; Gilly, A. ; Etcheverry, M. ; Labadie, K. ; Caillieux, E. ; Hospital, F. ; Aury, J.M. ; Wincker, P. ; Roudier, F. ; Jansen, R.C. ; Colot, V. ; Johannes, F.
Science 343, 1145-1148 (2014)
Cortijo, S. ; Wardenaar, R. ; Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F. ; Colot, V.
Methods Mol. Biol. 1112, 125-149 (2014)
Rintisch, C. ; Heinig, M. ; Bauerfeind, A. ; Schäfer, S. ; Mieth, C. ; Patone, G. ; Hummel, O. ; Chen, W. ; Cook, S. ; Cuppen, E. ; Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F. ; Jansen, R.C. ; Neil, H. ; Werner, M. ; Pravenec, M. ; Vingron, M. ; Hubner, N.
Genome Res. 24, 942-953 (2014)
2013
Wardenaar, R. ; Liu, H. ; Colot, V. ; Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F.
Methods Mol. Biol. 1067, 203-224 (2013)
2012
Colomé-Tatché, M. ; Cortijo, S. ; Wardenaar, R. ; Morgado, L. ; Lahouze, B. ; Sarazin, A. ; Etcheverry, M. ; Martin, A. ; Feng, S. ; Duvernois-Berthet, E. ; Labadie, K. ; Wincker, P. ; Jacobsen, S.E. ; Jansen, R.C. ; Colot, V. ; Johannes, F.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 109, 16240-16245 (2012)
Seifert, M. ; Cortijo, S. ; Colomé-Tatché, M. ; Johannes, F. ; Roudier, F. ; Colot, V.
Bioinformatics 28, 2930-2939 (2012)
2011
Johannes, F. ; Colomé-Tatché, M.
Nat. Rev. Genet. 12, 376 (2011)
Roux, F. ; Colomé-Tatché, M. ; Edelist, C. ; Wardenaar, R. ; Guerche, P. ; Hospital, F. ; Colot, V. ; Jansen, R.C. ; Johannes, F.
Genetics 188, 1015-1017 (2011)
Johannes, F. ; Colomé-Tatché, M.
Genetics 188, 215-227 (2011)
Colomé-Tatché, M. ; Klempt, C. ; Santos, L. ; Vekua, T.
New J. Phys. 13:113021 (2011)
Colomé-Tatché, M. ; Petrov, D.S.
Phys. Rev. Lett. 106:125302 (2011)
2010
Johannes, F. ; Wardenaar, R. ; Colomé-Tatché, M. ; Mousson, F. ; de Graaf, P. ; Mokry, M. ; Guryev, V. ; Timmers, H.T. ; Cuppen, E. ; Jansen, R.C.
Bioinformatics 26, 1000-1006 (2010)
Rodríguez, K. ; Argüelles, A. ; Colomé-Tatché, M. ; Vekua, T. ; Santos, L.
Phys. Rev. Lett. 105:050402 (2010)
Colomé-Tatché, M. ; Matveenko, S.I. ; Shlyapnikov, G.V.
Phys. Rev. A 81:013611 (2010)
2008