Data-driven Computational Modeling

2019
Schmiester, L. ; Schälte, Y. ; Fröhlich, F. ; Hasenauer, J. ; Weindl, D.
Bioinformatics, accepted (2019)
Hoksza, D. ; Gawron, P. ; Ostaszewski, M. ; Hasenauer, J. ; Schneider, R.
Brief. Bioinform., accepted (2019)
Fischer, D.S. ; Fiedler, A. ; Kernfeld, E.M. ; Genga, R.M.J. ; Bastidas-Ponce, A. ; Bakhti, M. ; Lickert, H. ; Hasenauer, J. ; Maehr, R. ; Theis, F.J.
Nat. Biotechnol. 37, 461-468 (2019)
Sinzger, M. ; Vanhoefer, J. ; Loos, C. ; Hasenauer, J.
Sci. Rep. 9:3002 (2019)
Fröhlich, F. ; Reiser, A. ; Fink, L. ; Woschée, D. ; Ligon, T. ; Theis, F.J. ; Rädler, J.O. ; Hasenauer, J.
NPJ Syst. Biol. Appl. 5:11 (2019)
Villaverde, A.F. ; Fröhlich, F. ; Weindl, D. ; Hasenauer, J. ; Banga, J.R.
Bioinformatics 35, 830-838 (2019)
Hass, H. ; Loos, C. ; Raimundez-Alvarez, E. ; Timmer, J. ; Hasenauer, J. ; Kreutz, C.
Bioinformatics, accepted (2019)
Fröhlich, F. ; Loos, C. ; Hasenauer, J.
Methods Mol. Biol. 1883, 385-422 (2019)
Boiger, R. ; Fiedler, A. ; Hasenauer, J. ; Kaltenbacher, B.
Inverse Prob. Sci. Eng. 27, 710-734 (2019)
Ostaszewski, M. ; Gebel, S. ; Kuperstein, I. ; Mazein, A. ; Zinovyev, A. ; Dogrusoz, U. ; Hasenauer, J. ; Fleming, R.M.T. ; Le Novère, N. ; Gawron, P. ; Ligon, T. ; Niarakis, A. ; Nickerson, D.A. ; Weindl, D. ; Balling, R. ; Barillot, E. ; Auffray, C. ; Schneider, R.
Brief. Bioinform. 20, 659-670 (2019)
2018
Lordick, F. ; Haffner, I. ; Luber, B. ; Maier, D. ; Raimundez, E. ; Hasenauer, J. ; Kretzschmar, A.K. ; von Weikersthal, L.F. ; Ahlborn, M. ; Knorrenschild, J.R. ; Siegler, G. ; Rau, B. ; Fuxius, S. ; Decker, T. ; Schierle, K. ; Wittekind, C.
Cancer Res. 78 (2018)
Wierling, C. ; Herault, Y. ; Jonkers, J. ; Ploubidou, A. ; Frappart, L. ; Hasenauer, J. ; Banga, J.R. ; Rinner, O. ; Naumova, V. ; Koubi, D. ; Lange, B.
Cancer Res. 78 (2018)
Hross, S. ; Theis, F.J. ; Sixt, M. ; Hasenauer, J.
J. R. Soc. Interface 15:20180600 (2018)
Bast, L. ; Calzolari, F. ; Strasser, M. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J. ; Ninkovic, J. ; Marr, C.
Cell Rep. 25, 3231-3240.e8 (2018)
Fröhlich, F. ; Reiser, A. ; Fink, L. ; Woschée, D. ; Ligon, T. ; Theis, F.J. ; Rädler, J.O. ; Hasenauer, J.
NPJ Syst. Biol. Appl. 5 (2018)
Fröhlich, F. ; Kessler, T. ; Weindl, D. ; Shadrin, A. ; Schmiester, L. ; Hache, H. ; Muradyan, A. ; Schütte, M. ; Lim, J.H. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; Lehrach, H. ; Wierling, C. ; Lange, B. ; Hasenauer, J.
Cell Syst. 7, 567-579 (2018)
Schälte, Y. ; Stapor, P. ; Hasenauer, J.
IFAC PapersOnline 51, 98-101 (2018)
Feigelman, J ; Weindl, D. ; Theis, F.J. ; Marr, C. ; Hasenauer, J.
In: Lecture Notes in Computer Science (16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, 12-14 September 2018, Brno; Czech Republic). 2018. 300-306 ( ; 11095 LNBI)
Stapor, P. ; Fröhlich, F. ; Hasenauer, J.
Bioinformatics 34, 151-159 (2018)
Ballnus, B. ; Schaper, S. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Bioinformatics 34, 494-501 (2018)
Loos, C. ; Krause, S. ; Hasenauer, J.
Bioinformatics 34, 4266-4273 (2018)
Isensee, J. ; Kaufholz, M. ; Knape, M.J. ; Hasenauer, J. ; Hammerich, H. ; Gonczarowska-Jorge, H. ; Zahedi, R.P. ; Schwede, F. ; Herberg, F.W. ; Hucho, T.
J. Cell Biol. 217, 2167-2184 (2018)
Klinger, E. ; Rickert, D. ; Hasenauer, J.
Bioinformatics 34, 3591-3593 (2018)
Apweiler, R. ; Beissbarth, T. ; Berthold, M.R. ; Blüthgen, N. ; Burmeister, Y. ; Dammann, O. ; Deutsch, A.J. ; Feuerhake, F. ; Franke, A. ; Hasenauer, J. ; Hoffmann, S. ; Höfer, T. ; Jansen, P.L.M. ; Kaderali, L. ; Klingmüller, U. ; Koch, I. ; Kohlbacher, O. ; Kuepfer, L. ; Lammert, F. ; Maier, D. ; Pfeifer, N. ; Radde, N. ; Rehm, M. ; Roeder, I. ; Saez-Rodriguez, J. ; Sax, U. ; Schmeck, B.T. ; Schuppert, A. ; Seilheimer, B. ; Theis, F.J. ; Vera, J. ; Wolkenhauer, O.
Exp. Mol. Med. 50:e453 (2018)
Loos, C. ; Möller, K. ; Fröhlich, F. ; Hucho, T. ; Hasenauer, J.
Cell Syst. 6, 593-603.e13 (2018)
Lordick, F. ; Haffner, I. ; Luber, B. ; Maier, D. ; Geier, B. ; Raimundez-Alvarez, E. ; Hasenauer, J. ; Kretzschmar, A.K. ; von Weikersthal, L.F. ; Ahlborn, M. ; Riera, J. ; Rau, B. ; Siegler, G. ; Fuxius, S. ; Decker, T. ; Schierle, K. ; Wittekind, C.
Oncol. Res. Treat. 41, 191-191 (2018)
Keller, S. ; Zwingenberger, G. ; Ebert, K. ; Hasenauer, J. ; Wasmuth, J. ; Maier, D. ; Haffner, I. ; Schierle, K. ; Weirich, G. ; Luber, B.
Mol. Oncol. 12, 441-462 (2018)
Stapor, P. ; Weindl, D. ; Ballnus, B. ; Hug, S. ; Loos, C. ; Fiedler, A. ; Krause, S. ; Hross, S. ; Fröhlich, F. ; Hasenauer, J.
Bioinformatics 34, 705-707 (2018)
2017
Ligon, T.S. ; Fröhlich, F. ; Chi, O.T. ; Banga, J.R. ; Balsa-Canto, E. ; Hasenauer, J.
Bioinformatics 34, 1421-1423 (2017)
Keller, S. ; Kneissl, J. ; Grabher-Meier, V. ; Heindl, S. ; Hasenauer, J. ; Maier, D. ; Mattes, J. ; Winter, P. ; Luber, B.
BMC Cancer 17:845 (2017)
Klinger, E. ; Hasenauer, J.
Lecture Notes Comp. Sci. 10545 LNBI, 128-144 (2017)
Kazeroonian, A. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Bioinformatics 33, i293-i300 (2017)
Ballnus, B. ; Hug, S. ; Hatz, K. ; Görlitz, L. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J.
BMC Syst. Biol. 11:63 (2017)
Jagiella, N. ; Rickert, D. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Cell Syst. 4, 194–206.e9 (2017)
Fröhlich, F. ; Theis, F.J. ; Rädler, J.O. ; Hasenauer, J.
Bioinformatics 33, 1049-1056 (2017)
Fröhlich, F. ; Kaltenbacher, B. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
PLoS Comput. Biol. 13:e1005331 (2017)
Maier, C. ; Loos, C. ; Hasenauer, J.
Bioinformatics 33, 1-8 (2017)
2016
Ebinger, S. ; Özdemir, E.Z. ; Ziegenhain, C. ; Tiedt, S. ; Castro Alves, C. ; Grunert, M. ; Dworzak, M. ; Lutz, C. ; Turati, V.A. ; Enver, T. ; Horny, H.-P. ; Sotlar, K. ; Parekh, S. ; Spiekermann, K. ; Hiddemann, W. ; Schepers, A. ; Polzer, B. ; Kirsch, S. ; Hoffmann, M. ; Knapp, B. ; Hasenauer, J. ; Pfeifer, H. ; Panzer-Grümayer, R. ; Enard, W. ; Gires, O. ; Jeremias, I.
Cancer Cell 30, 849-862 (2016)
Boiger, R. ; Hasenauer, J. ; Hross, S. ; Kaltenbacher, B.
Inverse Probl. 32:125009 (2016)
Luber, B. ; Keller, S. ; Zwingenberger, G. ; Ebert, K. ; Maier, D. ; Geier, B. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J. ; Huge, S. ; Meyer-Hermann, M. ; Dehghany, J. ; Walch, A.K. ; Aichler, M. ; Lordick, F. ; Haffner, I.
Eur. J. Cancer 68, S135-S135 (2016)
Fröhlich, F. ; Shadrin, A. ; Kessler, T. ; Wierling, C. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; Lange, B.M. ; Lehrach, H. ; Hasenauer, J.
Eur. J. Cancer 68, S44-S44 (2016)
Hross, S. ; Fiedler, A. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
In: (Foundations of Systems Biology in Engineering - FOSBE 2016, 9—12 October 2016, Magdeburg). 2016. 264-269 (IFAC PapersOnline ; 49-26)
Fiedler, A. ; Raeth, S. ; Theis, F.J. ; Hausser, A. ; Hasenauer, J.
BMC Syst. Biol. 10:80 (2016)
Fröhlich, F. ; Thomas, P. ; Kazeroonian, A. ; Theis, F.J. ; Grima, R. ; Hasenauer, J.
PLoS Comput. Biol. 12:e1005030 (2016)
Loos, C. ; Fiedler, A. ; Hasenauer, J.
Lecture Notes Comp. Sci. 9859, 186-200 (2016)
Hross, S. ; Hasenauer, J.
Bioinformatics 32, 2321-2329 (2016)
Geissen, E.M. ; Hasenauer, J. ; Heinrich, S. ; Hauf, S. ; Theis, F.J. ; Radde, N.
Bioinformatics 32, 2464-2472 (2016)
Kazeroonian, A. ; Fröhlich, F. ; Raue, A. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
PLoS ONE 11:e0146732 (2016)
Blasi, T. ; Feller, C. ; Feigelman, J. ; Hasenauer, J. ; Imhof, A. ; Theis, F.J. ; Becker, P.B. ; Marr, C.
Cell Syst. 2, 49-58 (2016)
2015
Loos, C. ; Marr, C. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Lecture Notes Comp. Sci. 9308, 52-63 (2015)
Filipczyk, A. ; Marr, C. ; Hastreiter, S. ; Feigelman, J. ; Schwarzfischer, M. ; Hoppe, P.S. ; Loeffler, D. ; Kokkaliaris, K.D. ; Endele, M. ; Schauberger, B. ; Hilsenbeck, O. ; Skylaki, S. ; Hasenauer, J. ; Anastassiadis, K. ; Theis, F.J. ; Schroeder, T.
Nat. Cell Biol. 17, 1235-1246 (2015)
Raue, A. ; Steiert, B. ; Schelker, M. ; Kreutz, C. ; Maiwald, T. ; Hass, H. ; Vanlier, J. ; Tönsing, C. ; Adlung, L. ; Engesser, R. ; Mader, W. ; Heinemann, T. ; Hasenauer, J. ; Schilling, M. ; Höfer, T. ; Klipp, E. ; Theis, F.J. ; Klingmüller, U. ; Schöberl, B. ; Timmer, J.
Bioinformatics 31, 3558-3560 (2015)
Hasenauer, J. ; Jagiella, N. ; Hross, S. ; Theis, F.J.
J. Coupled Syst. Multiscale Dyn. 3, 101-121 (2015)
Hug, S. ; Schwarzfischer, M. ; Hasenauer, J. ; Marr, C. ; Theis, F.J.
Stat. Comp. 26, 663-677 (2015)
2014
Kazeroonian, A. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
IFAC PapersOnline 19, 1729-1735 (2014)
Fröhlich, F. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Lecture Notes Comp. Sci. 8859, 61-72 (2014)
Fröhlich, F. ; Hross, S. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Lecture Notes Comp. Sci. 8859, 73-85 (2014)
Löhning, M. ; Reble, M. ; Hasenauer, J. ; Yu, S. ; Allgöwer, F.
J. Process Contr. 24, 1647-1659 (2014)
Hasenauer, J. ; Hasenauer, C. ; Hucho, T. ; Theis, F.J.
PLoS Comput. Biol. 10:e1003686 (2014)
Neumann, S. ; Hasenauer, J. ; Pollak, N. ; Scheurich, P.
J. Biol. Chem. 289, 16576-16587 (2014)
Isensee, J. ; Diskar, M. ; Waldherr, S. ; Buschow, R. ; Hasenauer, J. ; Prinz, A. ; Allgöwer, F. ; Herberg, F.W. ; Hucho, T.
J. Cell Sci. 127, 216-229 (2014)
2013
Vehlow, C. ; Hasenauer, J. ; Krämer, A. ; Raue, A. ; Hug, S. ; Timmer, J. ; Radde, N. ; Theis, F.J. ; Weiskopf, D.
BMC Bioinformatics 14:S2 (2013)
Kazeroonian, A. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J.
In: Autio, R.* ; Shmulevich, I.* ; Strimmer, K.* ; Wiuf, C.* ; Sarbu, S.* ; Yli-Harja, O.* [Eds.]: Proceedings of the WCSB 2013 (10th International Workshop on Computational Systems Biology, 10 - 12 June 2013, Tampere, Finland). Tampere: Tampere International Center for Signal Processing, 2013. 66-73 (TICSP Series ; 63)
Heinrich, S. ; Geissen, E.M. ; Kamenz, J. ; Trautmann, S. ; Widmer, C. ; Drewe, P. ; Knop, M. ; Radde, N. ; Hasenauer, J. ; Hauf, S.
Nat. Cell Biol. 15, 1328-1239 (2013)
Andres, C. ; Hasenauer, J. ; Ahn, H.S. ; Joseph, E.K. ; Isensee, J. ; Theis, F.J. ; Allgöwer, F. ; Levine, J.D. ; Dib-Hajj, S.D. ; Waxman, S.G. ; Hucho, T.
Pain 154, 2216-2226 (2013)
Hock, S. ; Ng, Y.K. ; Hasenauer, J. ; Wittmann, D.M. ; Lutter, D. ; Trümbach, D. ; Wurst, W. ; Prakash, N. ; Theis, F.J.
BMC Syst. Biol. 7:48 (2013)
Hug, S. ; Raue, A. ; Hasenauer, J. ; Bachmann, J. ; Klingmüller, U. ; Timmer, J. ; Theis, F.J.
Math. Biosci. 246, 293-304 (2013)
Vehlow, C. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J. ; Weiskopf, D.
In: Proceedings of the 6th IEEE Pacific Visualization Symposium (IEEE PacificVis 2013 : 27.02.-01.03.2013, Sydney, Australia). Sydney, Australia: Univ. Sydney, 2013. 201-208
Allgöwer, F. ; Hasenauer, J. ; Waldherr, S.
In: Dubitzky, W.* ; Wolkenhauer, O.* ; Cho, K.-H.* ; Yokota, H.* [Eds.]: Encyclopedia of Systems Biology. Heidelberg: Springer, 2013. 1
2012
Hasenauer, J. ; Schittler, D. ; Allgöwer, F.
Bull. Math. Biol. 74, 2692-2732 (2012)
Andres, C. ; Hasenauer, J. ; Schittler, D. ; Allgöwer, F.
PLoS ONE 7:e34257 (2012)
Hasenauer, J. ; Heinrich, J. ; Doszczak, M. ; Scheurich, P. ; Weiskopf, D. ; Allgöwer, F.
EURASIP J. Bioinf. Syst. Biol. 2012:4 (2012)
Hasenauer, J. ; Löhning, M. ; Khammash, M. ; Allgöwer, F.
J. Process Contr. 22, 1490-1501 (2012)
Metzger, P. ; Hasenauer, J. ; Allgöwer, F.
In: Larjo, A.* ; Schober, S.* ; Farhan, M.* ; Bossert, M.* ; Yli-Harja, O.* [Eds.]: Proceedings (Proceedings of 9th International Workshop on Computational Systems Biology). 2012. 55-58
Schittler, D. ; Hasenauer, J. ; Allgöwer, F.
In: Larjo, A.* ; Schober, S.* ; Farhan, M.* ; Bossert, M.* ; Yli-Harja, O* [Eds.]: Proceedings of 9th International Workshop on Computational Systems Biology. 2012. 79-82
Vehlow, C. ; Hasenauer, J. ; Krämer, A. ; Radde, N. ; Allgöwer, F. ; Weiskopf, D.
In: IEEE Symposium on Biological Data Visualization (BioVis). Seattle, USA: IEEE, 2012. 91-98
Waldherr, S. ; Hasenauer, J. ; Allgöwer, F.
In: Larjo, A.* ; Schober, S.* ; Farhan, M.* ; Bossert, M.* ; Yli-Harja, O.* [Eds.]: Proceedings of 9th International Workshop on Computational Systems Biology. 2012.
2011
Hasenauer, J. ; Waldherr, S. ; Doszczak, M. ; Radde, N. ; Scheurich, P. ; Allgöwer, F.
BMC Bioinformatics 12:125 (2011)
Hasenauer, J. ; Doszczak, M. ; Scheurich, P. ; Weiskopf, D. ; Allgöwer, F.
In: Koeppl, H.* ; Acimovic, J.* ; Kesselin, J.* ; Mäki-Marttunen, T.* [Eds.]: Proceedings of 8th International Workshop on Computational Systems Biology. 2011. 61-64
Hasenauer, J. ; Waldherr, S. ; Doszczak, M. ; Radde, N. ; Scheurich, P. ; Allgöwer, F.
J. Process Contr. 21, 1417-1425 (2011)
Löhning, M. ; Hasenauer, J. ; Allgöwer, F.
In: Bittanti, S.* ; Cenedese, A.* ; Zampieri, S.* [Eds.]: Proceedings of the 18th IFAC World Congress. 2011. 10442-10447
Löhning, M. ; Hasenauer, J. ; Allgöwer, F.
In: Proceedings of the IEEE Conference on Decision and Control. 2011. 7158-7163
Schittler, D. ; Hasenauer, J. ; Allgöwer, F.
In: Koeppl, H.* ; Acimovic, J.* ; Kesselin, J.* ; Mäki-Marttunen, T.* [Eds.]: Proceedings of 8th International Workshop on Computational Systems Biology. 2011. 165-168
Waldherr, S. ; Hasenauer, J. ; Doszczak, M. ; Scheurich, P. ; Allgöwer, F.
In: Levine, J.* ; Müllhaupt, P.* [Eds.]: Advances in the Theory of Control, Signals and Systems with Physical Modeling. Berlin [u.a.]: Springer, 2011. 365-377 ( ; 407)
Weber, P. ; Hasenauer, J. ; Allgöwer, F. ; Radde, N.
In: Bittanti, S.* ; Cenedese, A.* ; Zampieri, S.* [Eds.]: Proc. of the 18th IFAC World Congress. 2011. 11648-11653
2010
Hasenauer, J. ; Breindl, C. ; Waldherr, S. ; Allgöwer, F.
In: Proceedings (Proc. IEEE Conf. on Dec. and Contr. (CDC)). 2010. 4114-4119
Hasenauer, J. ; Rumschinski, P. ; Waldherr, S. ; Borchers, S. ; Allgöwer, F. ; Findeisen, R.
J. Process Contr. 20, 1076-1083 (2010)
Hasenauer, J. ; Waldherr, S. ; Wagner, K. ; Allgöwer, F.
IET Syst. Biol. 4, 119-130 (2010)
Hasenauer, J. ; Waldherr, S. ; Radde, N. ; Doszczak, M. ; Scheurich, P. ; Allgöwer, F.
Procedia Comp. Sci. 1, 1649-1657 (2010)
Hasenauer, J. ; Waldherr, S. ; Doszczak, M. ; Scheurich, P. ; Allgöwer, F.
In: Kothare, M.* ; Tade, M.* ; Moses, O.* ; Wouwer, A.* ; Smets, I.* [Eds.]: Proceedings (Proc. of the 9th Int. Symp. on Dynamics and Control of Process Syst.). 2010. 320-325 ( ; 9)
Krämer, A. ; Hasenauer, J. ; Allgöwer, F. ; Radde, N.
In: Proceedings (Proc. of the IEEE Int. Conf. on Control Applications, CCA, September 8-10, 2010). 2010. 493-498
Schittler, D. ; Hasenauer, J. ; Allgöwer, F. ; Waldherr, S.
Chaos 20:045121 (2010)
2009
Waldherr, S. ; Hasenauer, J. ; Allgöwer, F.
In: Walter, E.* [Eds.]: Proceedings (Proc. of the 15th IFAC Symp. on Syst. Ident.). 2009. 1265-1270 ( ; 15)

# joint first author
* external author
° corresponding author

We use cookies to improve your experience on our Website. We need cookies to continuously improve the services, to enable certain features and when embedding services or content of third parties, such as video player. By using our website, you agree to the use of cookies. We use different types of cookies. You can personalize your cookie settings here:

Show detail settings
Please find more information in our privacy statement.

There you may also change your settings later.