Machine Learning

2021
Lotfollahi, M. ; Naghipourfar, M. ; Luecken, M. ; Khajavi, M. ; Büttner, M. ; Wagenstetter, M. ; Avsec, Z. ; Gayoso, A. ; Yosef, N. ; Interlandi, M. ; Rybakov, S. ; Misharin, A.V. ; Theis, F.J.
Mapping single-cell data to reference atlases by transfer learning.
Nat. Biotechnol., DOI: 10.1038/s41587-021-01001-7 (2021)
Fischer, D.S. ; Ansari, M. ; Wagner, K.I. ; Jarosch, S. ; Huang, Y. ; Mayr, C. ; Strunz, M. ; Lang, N.J. ; D'Ippolito, E. ; Hammel, M. ; Mateyka, L. ; Weber, S. ; Wolff, L.S. ; Witter, K. ; Fernandez, I.E. ; Leuschner, G. ; Milger, K. ; Frankenberger, M. ; Nowak, L. ; Heinig-Menhard, K. ; Koch, I. ; Stoleriu, M.-G. ; Hilgendorff, A. ; Behr, J. ; Pichlmair, A. ; Schubert, B. ; Theis, F.J. ; Busch, D.H. ; Schiller, H. B. ; Schober, K.
Single-cell RNA sequencing reveals ex vivo signatures of SARS-CoV-2-reactive T cells through 'reverse phenotyping'.
Nat. Commun. 12:4515 (2021)
Aliee, H. ; Theis, F.J.
AutoGeneS: Automatic gene selection using multi-objective optimization for RNA-seq deconvolution.
Cell Syst. 12, 706-715.e4 (2021)
Scheibner, K. ; Schirge, S. ; Burtscher, I. ; Büttner, M. ; Sterr, M. ; Yang, D. ; Böttcher, A. ; Ansarullah ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Cernilogar, F.M. ; Schotta, G. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.
Publisher Correction: Epithelial cell plasticity drives endoderm formation during gastrulation.
Nat. Cell Biol., DOI: 10.1038/s41556-021-00735-5 (2021)
Ditz, B. ; Boekhoudt, J.G. ; Aliee, H. ; Theis, F.J. ; Nawijn, M.C. ; Brandsma, C.A. ; Hiemstra, P.S. ; Timens, W. ; Tew, G.W. ; Grimbaldeston, M.A. ; Neighbors, M. ; Guryev, V. ; van den Berge, M. ; Faiz, A.
Comparison of genome-wide gene expression profiling by RNA Sequencing versus microarray in bronchial biopsies of COPD patients before and after inhaled corticosteroid treatment: Does it provide new insights?
ERJ Open Res. 7:00104-2021 (2021)
Ji, Y. ; Lotfollahi, M. ; Wolf, F.A. ; Theis, F.J.
Machine learning for perturbational single-cell omics.
Cell Syst. 12, 522-537 (2021)
Scheibner, K. ; Schirge, S. ; Burtscher, I. ; Büttner, M. ; Sterr, M. ; Yang, D. ; Böttcher, A. ; Ansarullah ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Cernilogar, F.M. ; Schotta, G. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.
Epithelial cell plasticity drives endoderm formation during gastrulation.
Nat. Cell Biol., DOI: 10.1038/s41556-021-00694-x (2021)
Warnat-Herresthal, S. ; Schultze, H. ; Shastry, K.L. ; Manamohan, S. ; Mukherjee, S. ; Garg, V. ; Sarveswara, R. ; Händler, K. ; Pickkers, P. ; Aziz, N.A. ; Ktena, S. ; Tran, F. ; Bitzer, M. ; Ossowski, S. ; Casadei, N. ; Herr, C. ; Petersheim, D. ; Behrends, U. ; Kern, F. ; Fehlmann, T. ; Schommers, P. ; Lehmann, C. ; Augustin, M. ; Rybniker, J. ; Altmüller, J. ; Mishra, N. ; Bernardes, J.P. ; Krämer, B.F. ; Bonaguro, L. ; Schulte-Schrepping, J. ; De Domenico, E. ; Siever, C. ; Kraut, M. ; Desai, M. ; Monnet, B. ; Saridaki, M. ; Siegel, C.M. ; Drews, A. ; Nuesch-Germano, M. ; Theis, H. ; Heyckendorf, J. ; Schreiber, S. ; Kim-Hellmuth, S. ; Nattermann, J. ; Skowasch, D. ; Kurth, I. ; Keller, A. ; Bals, R. ; Nürnberg, P. ; Rieß, O. ; Rosenstiel, P. ; Netea, M.G. ; Theis, F.J. ; Backes, M. ; Aschenbrenner, A.C. ; Ulas, T. ; Deutsche COVID-19 Omics Initiative (DeCOI) (De La Rosa Velázquez, I.A.) ; Breteler, M.M.B. ; Giamarellos-Bourboulis, E.J. ; Kox, M. ; Beck, M. ; Cheran, S. ; Woodacre, M.S. ; Lim Goh, E. ; Schultze, J.L.
Swarm Learning for decentralized and confidential clinical machine learning.
Nature (2021)
Klinger, E. ; Motta, A. ; Marr, C. ; Theis, F.J. ; Helmstaedter, M.
Cellular connectomes as arbiters of local circuit models in the cerebral cortex.
Nat. Commun. 12:2785 (2021)
Böttcher, A. ; Büttner, M. ; Tritschler, S. ; Sterr, M. ; Aliluev, A. ; Oppenländer, L. ; Burtscher, I. ; Sass, S. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Ziegenhain, C. ; Enard, W. ; Schamberger, A.C. ; Verhamme, F.M. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.
Author Correction: Non-canonical Wnt/PCP signalling regulates intestinal stem cell lineage priming towards enteroendocrine and Paneth cell fates.
Nat. Cell Biol. 23, 566-576 (2021)
Türei, D. ; Valdeolivas, A. ; Gul, L. ; Palacio-Escat, N. ; Klein, M. ; Ivanova, O. ; Ölbei, M. ; Gábor, A. ; Theis, F.J. ; Módos, D. ; Korcsmáros, T. ; Saez-Rodriguez, J.
Integrated intra- and intercellular signaling knowledge for multicellular omics analysis.
Mol. Syst. Biol. 17:e9923 (2021)
Suwandhi, L. ; Altun, I. ; Karlina, R. ; Miok, V. ; Wiedemann, T. ; Fischer, D.S. ; Walzthoeni, T. ; Lindner, C. ; Böttcher, A. ; Heinzmann, S.S. ; Israel, A. ; Khalil, A. ; Braun, A. ; Pramme-Steinwachs, I. ; Burtscher, I. ; Schmitt-Kopplin, P. ; Heinig, M. ; Elsner, M. ; Lickert, H. ; Theis, F.J. ; Ussar, S.
Asc-1 regulates white versus beige adipocyte fate in a subcutaneous stromal cell population.
Nat. Commun. 12:1588 (2021)
Weberpals, J. ; Becker, T. ; Davies, J. ; Schmich, F. ; Rüttinger, D. ; Theis, F.J. ; Bauer-Mehren, A.
Deep learning-based propensity scores for confounding control in comparative effectiveness research: A large-scale, real-world data study.
Epidemiology 32, 378-388 (2021)
Salinno, C. ; Büttner, M. ; Cota, P. ; Tritschler, S. ; Tarquis-Medina, M. ; Bastidas-Ponce, A. ; Scheibner, K. ; Burtscher, I. ; Böttcher, A. ; Theis, F.J. ; Bakhti, M. ; Lickert, H.
CD81 marks immature and dedifferentiated pancreatic β-cells.
Mol. Metab. 49:101188 (2021)
Mayr, C. ; Simon, L. ; Leuschner, G. ; Ansari, M. ; Schniering, J. ; Geyer, P.E. ; Angelidis, I. ; Strunz, M. ; Singh, P. ; Kneidinger, N. ; Reichenberger, F. ; Silbernagel, E. ; Böhm, S. ; Adler, H. ; Lindner, M. ; Maurer, B. ; Hilgendorff, A. ; Prasse, A. ; Behr, J. ; Mann, M. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.
Integrative analysis of cell state changes in lung fibrosis with peripheral protein biomarkers.
EMBO Mol. Med. 13:e12871 (2021)
Rajewsky, N. ; Almouzni, G. ; Gorski, S.A. ; Aerts, S. ; Amit, I. ; Bertero, M.G. ; Bock, C. ; Bredenoord, A.L. ; Cavalli, G. ; Chiocca, S. ; Clevers, H. ; de Strooper, B. ; Eggert, A. ; Ellenberg, J. ; Fernández, X.M. ; Figlerowicz, M. ; Gasser, S.M. ; Hubner, N. ; Kjems, J. ; Knoblich, J.A. ; Krabbe, G. ; Lichter, P. ; Linnarsson, S. ; Marine, J.C. ; Marioni, J.C. ; Marti-Renom, M.A. ; Netea, M.G. ; Nickel, D. ; Nollmann, M. ; Novak, H.R. ; Parkinson, H. ; Piccolo, S. ; Pinheiro, I. ; Pombo, A. ; Popp, C. ; Reik, W. ; Roman-Roman, S. ; Rosenstiel, P. ; Schultze, J.L. ; Stegle, O. ; Tanay, A. ; Testa, G. ; Thanos, D. ; Theis, F.J. ; Torres-Padilla, M.E. ; Valencia, A. ; Vallot, C. ; van Oudenaarden, A. ; Vidal, M. ; Voet, T. ; LifeTime Community (Schiller, H. B. ; Ziegler, A.-G.)
Publisher Correction: LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine (Nature, (2020), 587, 7834, (377-386), 10.1038/s41586-020-2715-9).
Nature 592:E8 (2021)
Lopez, J.P. ; Brivio, E. ; Santambrogio, A. ; De Donno, C. ; Kos, A. ; Peters, M. ; Rost, N. ; Czamara, D. ; Brückl, T.M. ; Roeh, S. ; Pöhlmann, M.L. ; Engelhardt, C. ; Ressle, A. ; Stoffel, R. ; Tontsch, A. ; Villamizar, J.M. ; Reincke, M. ; Riester, A. ; Sbiera, S. ; Fassnacht, M. ; Mayberg, H.S. ; Craighead, W.E. ; Dunlop, B.W. ; Nemeroff, C.B. ; Schmidt, M.V. ; Binder, E.B. ; Theis, F.J. ; Beuschlein, F. ; Andoniadou, C.L. ; Chen, A.
Single-cell molecular profiling of all three components of the HPA axis reveals adrenal ABCB1 as a regulator of stress adaptation.
Sci. Adv. 7:eabe4497 (2021)
Fischer, D.S. ; Dony, L. ; Moeed, A. ; König, M. ; Zappia, L. ; Tritschler, S. ; Holmberg, O. ; Aliee, H. ; Theis, F.J.
Sfaira accelerates data and model reuse in single cell genomics.
bioRxiv, DOI: 10.1101/2020.12.16.419036 (2021)
Palla, G. ; Spitzer, H. ; Klein, M. ; Fischer, D.S. ; Schaar, A. ; Kuemmerle, L. ; Rybakov, S. ; Ibarra Del Rio, I.A. ; Holmberg, O. ; Virshup, I. ; Richter, S. ; Theis, F.J.
Squidpy: A scalable framework for spatial single cell analysis.
bioRxiv, DOI: 10.1101/2021.02.19.431994 (2021)
Meier, F. ; Köhler, N. ; Brunner, A.D. ; Wanka, J.-M.H. ; Voytik, E. ; Strauss, M.T. ; Theis, F.J. ; Mann, M.
Deep learning the collisional cross sections of the peptide universe from a million experimental values.
Nat. Commun. 12:1185 (2021)
Thomas, J. ; Wang, R. ; Batra, R. ; Böhner, A. ; Garzorz-Stark, N. ; Eberlein, B. ; Theis, F.J. ; Biedermann, T. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Zink, A. ; Eyerich, K. ; Eyerich, S.
CD23 levels on B cells determine long-term therapeutic response in patients with atopic eczema treated with selective IgE immune apheresis.
J. Invest. Dermatol. 141, 681-685.e6 (2021)
Kunze, S. ; Cecil, A. ; Prehn, C. ; Möller, G. ; Ohlmann, A. ; Wildner, G. ; Thurau, S. ; Unger, K. ; Rößler, U. ; Hölter, S.M. ; Tapio, S. ; Wagner, F. ; Beyerlein, A. ; Theis, F.J. ; Zitzelsberger, H. ; Kulka, U. ; Adamski, J. ; Graw, J. ; Dalke, C.
Posterior subcapsular cataracts are a late effect after acute exposure to 0.5 Gy ionizing radiation in mice.
Int. J. Radiat. Biol. 97, 529-540 (2021)
Böttcher, A. ; Büttner, M. ; Tritschler, S. ; Sterr, M. ; Aliluev, A. ; Oppenländer, L. ; Burtscher, I. ; Sass, S. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Ziegenhain, C. ; Enard, W. ; Schamberger, A.C. ; Verhamme, F.M. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.
Non-canonical Wnt/PCP signalling regulates intestinal stem cell lineage priming towards enteroendocrine and Paneth cell fates.
Nat. Cell Biol. 23, 23-31 (2021)
Karlina, R. ; Lutter, D. ; Miok, V. ; Fischer, D.S. ; Altun, I. ; Schöttl, T. ; Schorpp, K.K. ; Israel, A. ; Cero, C. ; Johnson, J.W. ; Kapser-Fischer, I. ; Böttcher, A. ; Keipert, S. ; Feuchtinger, A. ; Graf, E. ; Strom, T.M. ; Walch, A.K. ; Lickert, H. ; Walzthoeni, T. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; García-Cáceres, C. ; Cypess, A.M. ; Ussar, S.
Identification and characterization of distinct brown adipocyte subtypes in C57BL/6J mice.
Life Sci. All. 4:e202000924 (2021)
Krautenbacher, N. ; Kabesch, M. ; Horak, E. ; Braun-Fahrländer, C. ; Genuneit, J. ; Boznanski, A. ; von Mutius, E. ; Theis, F.J. ; Fuchs, C. ; Ege, M.J. ; GABRIELA, PASTURE study groups
Asthma in farm children is more determined by genetic polymorphisms and in non-farm children by environmental factors.
Pediatr. Allergy Immunol. 32, 295-304 (2021)
2020
Conlon, T.M. ; John-Schuster, G. ; Heide, D. ; Pfister, D. ; Lehmann, M. ; Hu, Y. ; Ertüz, Z. ; López, M.A. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Mayr, C. ; Angelidis, I. ; Ciminieri, C. ; Costa, R. ; Kohlhepp, M.S. ; Guillot, A. ; Güneş, G. ; Jeridi, A. ; Funk, M.C. ; Beroshvili, G. ; Prokosch, S. ; Hetzer, J. ; Verleden, S.E. ; Alsafadi, H.N. ; Lindner, M. ; Burgstaller, G. ; Becker, L. ; Irmler, M. ; Dudek, M. ; Janzen, J. ; Goffin, E. ; Gosens, R. ; Knolle, P. ; Pirotte, B. ; Stöger, T. ; Beckers, J. ; Wagner, D.E. ; Singh, I. ; Theis, F.J. ; Hrabě de Angelis, M. ; O’Connor, T. ; Tacke, F. ; Boutros, M. ; Dejardin, E. ; Eickelberg, O. ; Schiller, H. B. ; Königshoff, M. ; Heikenwalder, M. ; Yildirim, A.Ö.
Publisher Correction: Inhibition of LTβR signalling activates WNT-induced regeneration in lung (Nature, (2020), 588, 7836, (151-156), 10.1038/s41586-020-2882-8).
Nature 589, E6 (2020)
Radon, K. ; Saathoff, E. ; Pritsch, M. ; Guggenbühl Noller, J.M. ; Kroidl, I. ; Olbrich, L. ; Thiel, V. ; Diefenbach, M. ; Riess, F. ; Förster, F. ; Theis, F.J. ; Wieser, A. ; Hoelscher, M. ; the KoCo19 collaboration group (Hasenauer, J. ; Fuchs, C. ; Castelletti, N. ; Zeggini, E. ; Laxy, M. ; Leidl, R. ; Schwettmann, L.)
Protocol of a population-based prospective COVID-19 cohort study Munich, Germany (KoCo19) (vol 20, 1036, 2020).
BMC Public Health 20:1335 (2020)
Chlis, N.-K. ; Rausch, L. ; Brocker, T. ; Kranich, J. ; Theis, F.J.
Predicting single-cell gene expression profiles of imaging flow cytometry data with machine learning.
Nucleic Acids Res. 48, 11335-11346 (2020)
Lotfollahi, M. ; Naghipourfar, M. ; Theis, F.J. ; Wolf, F.A.
Conditional out-of-distribution generation for unpaired data using transfer VAE.
Bioinformatics 36, 2, i610-i617 (2020)
Kranich, J. ; Chlis, N.-K. ; Rausch, L. ; Latha, A. ; Schifferer, M. ; Kurz, T. ; Foltyn-Arfa Kia, A. ; Simons, M. ; Theis, F.J. ; Brocker, T.
In vivo identification of apoptotic and extracellular vesicle-bound live cells using image-based deep learning.
J. Extra. Vesicles 9:1792683 (2020)
Chlis, N.-K. ; Karlas, A. ; Fasoula, N.-A. ; Kallmayer, M. ; Eckstein, H.H. ; Theis, F.J. ; Ntziachristos, V. ; Marr, C.
A sparse deep learning approach for automatic segmentation of human vasculature in multispectral optoacoustic tomography.
Photoacoustics 20:100203 (2020)
Ansari, M. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J.
Learning Tn5 sequence bias from ATAC-seq on naked chromatin.
Lect. Notes Comput. Sc. 12396 LNCS, 105-114 (2020)
Holmberg, O. ; Köhler, N. ; Martins, T. ; Siedlecki, J. ; Herold, T. ; Keidel, L. ; Asani, B. ; Schiefelbein, J. ; Priglinger, S. ; Kortuem, K.U. ; Theis, F.J.
Self-supervised retinal thickness prediction enables deep learning from unlabelled data to boost classification of diabetic retinopathy.
Nat. Mach. Intell. 2, 719-726 (2020)
Conlon, T.M. ; John-Schuster, G. ; Heide, D. ; Pfister, D. ; Lehmann, M. ; Hu, Y. ; Ertüz, Z. ; López, M.A. ; Ansari, M. ; Strunz, M. ; Mayr, C. ; Ciminieri, C. ; Costa, R. ; Kohlhepp, M.S. ; Guillot, A. ; Güneş, G. ; Jeridi, A. ; Funk, M.C. ; Beroshvili, G. ; Prokosch, S. ; Hetzer, J. ; Verleden, S.E. ; Alsafadi, H.N. ; Lindner, M. ; Burgstaller, G. ; Becker, L. ; Irmler, M. ; Dudek, M. ; Janzen, J. ; Goffin, E. ; Gosens, R. ; Knolle, P. ; Pirotte, B. ; Stöger, T. ; Beckers, J. ; Wagner, D.E. ; Singh, I. ; Theis, F.J. ; Hrabě de Angelis, M. ; O’Connor, T. ; Tacke, F. ; Boutros, M. ; Dejardin, E. ; Eickelberg, O. ; Schiller, H. B. ; Königshoff, M. ; Heikenwalder, M. ; Yildirim, A.Ö.
Inhibition of LTβR signalling activates WNT-induced regeneration in lung.
Nature 588, 151–156 (2020)
Rajewsky, N. ; Almouzni, G. ; Gorski, S.A. ; Aerts, S. ; Amit, I. ; Bertero, M.G. ; Bock, C. ; Bredenoord, A.L. ; Cavalli, G. ; Chiocca, S. ; Clevers, H. ; de Strooper, B. ; Eggert, A. ; Ellenberg, J. ; Fernández, X.M. ; Figlerowicz, M. ; Gasser, S.M. ; Hubner, N. ; Kjems, J. ; Knoblich, J.A. ; Krabbe, G. ; Lichter, P. ; Linnarsson, S. ; Marine, J.C. ; Marioni, J. ; Marti-Renom, M.A. ; Netea, M.G. ; Nickel, D. ; Nollmann, M. ; Novak, H.R. ; Parkinson, H. ; Piccolo, S. ; Pinheiro, I. ; Pombo, A. ; Popp, C. ; Reik, W. ; Roman-Roman, S. ; Rosenstiel, P. ; Schultze, J.L. ; Stegle, O. ; Tanay, A. ; Testa, G. ; Thanos, D. ; Theis, F.J. ; Torres-Padilla, M.E. ; Valencia, A. ; Vallot, C. ; van Oudenaarden, A. ; Vidal, M. ; Voet, T. ; LifeTime Community (Schiller, H. B.) ; LifeTime Community (Ziegler, A.-G.)
LifeTime and improving European healthcare through cell-based interceptive medicine.
Nature 587, 377–386 (2020)
Fischer, D.S. ; Wu, Y. ; Schubert, B. ; Theis, F.J.
Predicting antigen specificity of single T cells based on TCR CDR3 regions.
Mol. Syst. Biol. 16:e9416 (2020)
Strunz, M. ; Simon, L. ; Ansari, M. ; Kathiriya, J.J. ; Angelidis, I. ; Mayr, C. ; Tsidiridis, G. ; Lange, M. ; Mattner, L. ; Yee, M. ; Ogar, P. ; Sengupta, A. ; Kukhtevich, I. ; Schneider, R. ; Zhao, Z. ; Voss, C. ; Stöger, T. ; Neumann, J.H.L. ; Hilgendorff, A. ; Behr, J. ; O'Reilly, M. ; Lehmann, M. ; Burgstaller, G. ; Königshoff, M. ; Chapman, H.A. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.
Alveolar regeneration through a Krt8+transitional stem cell state that persists in human lung fibrosis.
Nat. Commun. 11:3559 (2020)
Bergen, V. ; Lange, M. ; Peidli, S. ; Wolf, F.A. ; Theis, F.J.
Generalizing RNA velocity to transient cell states through dynamical modeling.
Nat. Biotechnol. 38, 1408–1414 (2020)
Radon, K. ; Saathoff, E. ; Pritsch, M. ; Guggenbühl Noller, J.M. ; Kroidl, I. ; Olbrich, L. ; Thiel, V. ; Diefenbach, M. ; Riess, F. ; Förster, F. ; Theis, F.J. ; Wieser, A. ; Hoelscher, M. ; the KoCo19 collaboration group (Hasenauer, J. ; Castelletti, N. ; Zeggini, E. ; Laxy, M. ; Leidl, R. ; Schwettmann, L.) ; the KoCo19 collaboration group (Fuchs, C.)
Protocol of a population-based prospective COVID-19 cohort study Munich, Germany (KoCo19).
BMC Public Health 20:1036 (2020)
Müller, J.B. ; Geyer, P.E. ; Colaço, A.R. ; Treit, P.V. ; Strauss, M.T. ; Oroshi, M. ; Doll, S. ; Virreira Winter, S. ; Bader, J.M. ; Koehler, N. ; Theis, F.J. ; Santos, A. ; Mann, M.
The proteome landscape of the kingdoms of life.
Nature 582, 592–596 (2020)
Fischer, A. ; Koopmans, T. ; Ramesh, P. ; Christ, S. ; Strunz, M. ; Wannemacher, J. ; Aichler, M. ; Feuchtinger, A. ; Walch, A.K. ; Ansari, M. ; Theis, F.J. ; Schorpp, K.K. ; Hadian, K. ; Neumann, P.A. ; Schiller, H. B. ; Rinkevich, Y.
Post-surgical adhesions are triggered by calcium-dependent membrane bridges between mesothelial surfaces.
Nat. Commun. 11:3068 (2020)
Ziegler, C.G.K. ; Allon, S.J. ; Nyquist, S.K. ; Mbano, I.M. ; Miao, V.N. ; Tzouanas, C.N. ; Cao, Y. ; Yousif, A.S. ; Bals, J. ; Hauser, B.M. ; Feldman, J. ; Muus, C. ; Wadsworth, M.H. ; Kazer, S.W. ; Hughes, T.K. ; Doran, B. ; Gatter, G.J. ; Vukovic, M. ; Taliaferro, F. ; Mead, B.E. ; Guo, Z. ; Wang, J.P. ; Gras, D. ; Plaisant, M. ; Ansari, M. ; Angelidis, I. ; Adler, H. ; Sucre, J.M.S. ; Taylor, C.J. ; Lin, B. ; Waghray, A. ; Mitsialis, V. ; Dwyer, D.F. ; Buchheit, K.M. ; Boyce, J.A. ; Barrett, N.A. ; Laidlaw, T.M. ; Carroll, S.L. ; Colonna, L. ; Tkachev, V. ; Peterson, C.W. ; Yu, A. ; Zheng, H.B. ; Gideon, H.P. ; Winchell, C.G. ; Lin, P.L. ; Bingle, C.D. ; Snapper, S.B. ; Kropski, J.A. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B. ; Zaragosi, L.E. ; Barbry, P. ; Leslie, A. ; Kiem, H.P. ; Flynn, J.L. ; Fortune, S.M. ; Berger, B. ; Finberg, R.W. ; Kean, L.S. ; Garber, M. ; Schmidt, A.G. ; Lingwood, D. ; Shalek, A.K. ; Ordovas-Montanes, J.
SARS-CoV-2 receptor ACE2 is an interferon-stimulated gene in human airway epithelial cells and is detected in specific cell subsets across tissues.
Cell 181, 1016-1035 (2020)
Sachs, S. ; Bastidas-Ponce, A. ; Tritschler, S. ; Bakhti, M. ; Böttcher, A. ; Sánchez-Garrido, M.A. ; Tarquis Medina, M. ; Kleinert, M. ; Fischer, K. ; Jall, S. ; Harger, A. ; Bader, E. ; Roscioni, S. ; Ussar, S. ; Feuchtinger, A. ; Yesildag, B. ; Neelakandhan, A. ; Jensen, C.B. ; Cornu, M. ; Yang, B. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Tschöp, M.H. ; Theis, F.J. ; Hofmann, S.M. ; Müller, T.D. ; Lickert, H.
Author Correction: Targeted pharmacological therapy restores β-cell function for diabetes remission (Nature Metabolism, (2020), 2, 2, (192-209), 10.1038/s42255-020-0171-3).
Nat. Metab. 2, 380 (2020)
Kozak, E.L. ; Palit, S. ; Miranda Rodriguez, J.R. ; Janjic, A. ; Böttcher, A. ; Lickert, H. ; Enard, W. ; Theis, F.J. ; López-Schier, H.
Epithelial planar bipolarity emerges from Notch-mediated asymmetric inhibition of Emx2.
Curr. Biol. 30, 1142-1151 (2020)
Lähnemann, D. ; Köster, J. ; Szczurek, E. ; McCarthy, D.J. ; Hicks, S.C. ; Robinson, M.D. ; Vallejos, C.A. ; Campbell, K.R. ; Beerenwinkel, N. ; Mahfouz, A. ; Pinello, L. ; Skums, P. ; Stamatakis, A. ; Attolini, C.S.O. ; Aparicio, S. ; Baaijens, J. ; Balvert, M. ; Barbanson, B.d. ; Cappuccio, A. ; Corleone, G. ; Dutilh, B.E. ; Florescu, M. ; Guryev, V. ; Holmer, R. ; Jahn, K. ; Lobo, T.J. ; Keizer, E.M. ; Khatri, I. ; Kielbasa, S.M. ; Korbel, J.O. ; Kozlov, A.M. ; Kuo, T.H. ; Lelieveldt, B.P.F. ; Mandoiu, I.I. ; Marioni, J.C. ; Marschall, T. ; Mölder, F. ; Niknejad, A. ; Raczkowski, L. ; Reinders, M. ; Ridder, J.d. ; Saliba, A.E. ; Somarakis, A. ; Stegle, O. ; Theis, F.J. ; Yang, H. ; Zelikovsky, A. ; McHardy, A.C. ; Raphael, B.J. ; Shah, S.P. ; Schönhuth, A.
Eleven grand challenges in single-cell data science.
Genome Biol. 21:31 (2020)
Strunz, M. ; Simon, L. ; Ansari, M. ; Mattner, L. ; Angelidis, I. ; Mayr, C. ; Kathiriya, J. ; Yee, M. ; Ogar, P. ; Voss, C. ; Stöger, T. ; Kukhtevich, I. ; Schneider, R. ; Lehmann, M. ; Koenigshoff, M. ; Burgstaller, G. ; O'Reilly, M. ; Chapman, H. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.
Fate trajectory modeling reveals convergence of airway derived progenitors and AT2 cells on transient KRT8+alveolar cell state during lung regeneration.
Wound Repair Regen. 28, A7-A7 (2020)
van der Wijst, M. ; de Vries, D.H. ; Groot, H.E. ; Trynka, G. ; Hon, C.C. ; Bonder, M.J. ; Stegle, O. ; Nawijn, M.C. ; Idaghdour, Y. ; van der Harst, P. ; Ye, C.J. ; Powell, J. ; Theis, F.J. ; Mahfouz, A. ; Heinig, M. ; Franke, L.
The single-cell eQTLGen consortium.
eLife 9:e52155 (2020)
Angerer, P. ; Fischer, D.S. ; Theis, F.J. ; Scialdone, A. ; Marr, C.
Automatic identification of relevant genes from low-dimensional embeddings of single-cell RNA-seq data.
Bioinformatics 36, 4291-4295 (2020)
Raimundez-Alvarez, E. ; Keller, S. ; Ebert, K. ; Hug, S. ; Theis, F.J. ; Maier, D. ; Luber, B. ; Hasenauer, J.
Model-based analysis of response and resistance factors of cetuximab treatment in gastric cancer cell lines.
PLoS Comput. Biol. 16:e1007147 (2020)
Arloth, J. ; Eraslan, G. ; Andlauer, T.F.M. ; Martins, J. ; Iurato, S. ; Kühnel, B. ; Waldenberger, M. ; Frank, J. ; Gold, R. ; Hemmer, B. ; Luessi, F. ; Nischwitz, S. ; Paul, F. ; Wiendl, H. ; Gieger, C. ; Heilmann-Heimbach, S. ; Kacprowski, T. ; Laudes, M. ; Meitinger, T. ; Peters, A. ; Rawal, R. ; Strauch, K. ; Lucae, S. ; Müller-Myhsok, B. ; Rietschel, M. ; Theis, F.J. ; Binder, E.B. ; Müller, N.S.
DeepWAS: Multivariate genotype-phenotype associations by directly integrating regulatory information using deep learning.
PLoS Comput. Biol. 16:e1007616 (2020)
Sachs, S. ; Bastidas-Ponce, A. ; Tritschler, S. ; Bakhti, M. ; Böttcher, A. ; Sánchez-Garrido, M.A. ; Tarquis Medina, M. ; Kleinert, M. ; Fischer, K. ; Jall, S. ; Harger, A. ; Bader, E. ; Roscioni, S. ; Ussar, S. ; Feuchtinger, A. ; Yesildag, B. ; Neelakandhan, A. ; Jensen, C.B. ; Cornu, M. ; Yang, B. ; Finan, B. ; DiMarchi, R.D. ; Tschöp, M.H. ; Theis, F.J. ; Hofmann, S.M. ; Müller, T.D. ; Lickert, H.
Targeted pharmacological therapy restores β-cell function for diabetes remission.
Nat. Metab. 2, 192-209 (2020)
Lauffer, F. ; Jargosch, M. ; Baghin, V. ; Krause, L. ; Kempf, W. ; Absmaier-Kijak, M. ; Morelli, M. ; Madonna, S. ; Marsais, F. ; Lepescheux, L. ; Albanesi, C. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Biedermann, T. ; Vandeghinste, N. ; Steidl, S. ; Eyerich, K.
IL-17C amplifies epithelial inflammation in human psoriasis and atopic eczema.
J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. 34, 800-809 (2020)
Förster, K. ; Ertl-Wagner, B. ; Ehrhardt, H. ; Busen, H. ; Sass, S. ; Pomschar, A. ; Naehrlich, L. ; Schulze, A. ; Flemmer, A.W. ; Hübener, C. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Dietrich, O. ; Hilgendorff, A.
Altered relaxation times in MRI indicate bronchopulmonary dysplasia.
Thorax 75, 184-187 (2020)
Pitea, A. ; Kondofersky, I. ; Sass, S. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Unger, K.
Copy number aberrations from Affymetrix SNP 6.0 genotyping data-how accurate are commonly used prediction approaches?
Brief. Bioinform. 21, 272-281 (2020)
2019
Cruceanu, C. ; Dony, L. ; Kontira, A.C. ; Fischer, D.S. ; Roeh, S. ; DiGiaimo, R. ; Cappello, S. ; Theis, F.J. ; Binder, E.B.
Brain organoids as models of the developing human brain: deciphering the molecular signature of prenatal stress.
Eur. Neuropsychopharmacol. 29, S7-S8 (2019)
Thomas, J. ; Küpper, M. ; Batra, R. ; Jargosch, M. ; Atenhan, A. ; Baghin, V. ; Krause, L. ; Lauffer, F. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Eyerich, K. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Garzorz-Stark, N.
Is the humoral immunity dispensable for the pathogenesis of psoriasis? (vol 33, pg 115, 2019).
J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. 33, 2380-2380 (2019)
Theis, F.J. ; Ludwig, T.
Munich School for Data Science (MUDS) – Eine Graduiertenschule für Data Science in München.
Inf.-Spektrum, DOI: 10.1007/s00287-019-01220-y (2019)
Holmberg, O. ; Kortuem, K.U. ; Koehler, N. ; Theis, F.J.
Predicting retinal thickness from fundus images across modalities using deep learning.
Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 60 (2019)
Böttcher, A. ; Tritschler, S. ; Yang, K. ; Theis, F.J. ; Lickert, H. ; Wolf, E. ; Kemter, E.
Studying in vivo beta cell maturation in pigs by scRNAseq.
Xenotransplantation 26 (2019)
Arloth, J. ; Eraslan, G. ; Andlauer, T. ; Gieger, C. ; Gold, R. ; Heilmann-Heimbach, S. ; Kacprowski, T. ; Meitinger, T. ; Laudes, M. ; Luessi, F. ; Müller-Myhsok, B. ; Nischwitz, S. ; Peters, A. ; Paul, F. ; Rawal, R. ; Strauch, K. ; Wiendl, H. ; Hemmer, B. ; Theis, F.J. ; Binder, E. ; Müller, N.S.
Identification of functionally relevant genetic variants associated with multiple sclerosis using deep learning.
Mult. Scler. J. 25, 906-907 (2019)
Tetko, I.V. ; Theis, F.J. ; Karpov, P. ; Kůrková, V.
Preface.
Lect. Notes Comput. Sc. 11731 LNCS, v-vii (2019)
Rausch, L. ; Kranich, J. ; Chlis, N.-K. ; Schifferer, M. ; Simons, M. ; Theis, F.J. ; Brocker, T.
Analysis of EV-decorated CD8+T cells during viral infection.
Eur. J. Immunol. 49, 88-88 (2019)
Musumeci, A. ; Lutz, K. ; Dursun, E. ; Sie, C. ; Ziegenhain, C. ; Bagnoli, J. ; Luecken, M. ; Korn, T. ; Enard, W. ; Theis, F.J. ; Krug, A.
Identification of a DC precursor population with pDC and cDC potential responding to endosomal TLR stimulation with increased pDC output.
Eur. J. Immunol. 49, 48-48 (2019)
Bakhti, M. ; Scheibner, K. ; Tritschler, S. ; Bastidas-Ponce, A. ; Tarquis-Medina, M. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.
Establishment of a high-resolution 3D modeling system for studying pancreatic epithelial cell biology in vitro.
Mol. Metab. 30, 16-29 (2019)
Tetko, I.V. ; Theis, F.J. ; Karpov, P. ; Kůrková, V.
Preface.
Lect. Notes Comput. Sc. 11727 LNCS, v-vii (2019)
Tetko, I.V. ; Theis, F.J. ; Karpov, P. ; Kůrková, V.
Preface.
Lect. Notes Comput. Sc. 11728 LNCS, v-vii (2019)
Tetko, I.V. ; Theis, F.J. ; Karpov, P. ; Kůrková, V.
Preface.
Lect. Notes Comput. Sc. 11729 LNCS, v-vii (2019)
Mameishvili, E. ; Serafimidis, I. ; Iwaszkiewicz, S. ; Lesche, M. ; Reinhardt, S. ; Bölicke, N. ; Büttner, M. ; Stellas, D. ; Papadimitropoulou, A. ; Szabolcs, M. ; Anastassiadis, K. ; Dahl, A. ; Theis, F.J. ; Efstratiadis, A. ; Gavalas, A.
Aldh1b1 expression defines progenitor cells in the adult pancreas and is required for Kras-induced pancreatic cancer.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 116, 20679-20688 (2019)
Ashuach, T. ; Fischer, D.S. ; Kreimer, A. ; Ahituv, N. ; Theis, F.J. ; Yosef, N.
MPRAnalyze: Statistical framework for massively parallel reporter assays.
Genome Biol. 20:183 (2019)
Czamara, D. ; Eraslan, G. ; Lahti, J. ; Figueiredo, A.S. ; Girchenko, P. ; Lahti-Pulkkinen, M. ; Hämäläinen, E. ; Kajantie, E. ; Laivuori, H. ; Villa, P. ; Reynolds, R. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Räikkönen, K. ; Binder, E.
Genotype, prenatal environment or both-what shapes the newborn´s epigenome?
Eur. Neuropsychopharmacol. 29, 1037-1037 (2019)
Schaupp, S. ; Budde, M. ; Kondofersky, I. ; Papiol, S. ; Heilbronner, U. ; Gade, K. ; Anderson-Schmidt, H. ; Kalman, J. ; Senner, F. ; Andlauer, T.F.M. ; Rietschel, M. ; Degenhardt, F. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Schulze, T.
Polygenic risk score analysis of trajectories of cognitive performance in psychiatric patients.
Eur. Neuropsychopharmacol. 29, 1161-1161 (2019)
Schulte, E. ; Kondofersky, I. ; Budde, M. ; Adorjan, K. ; Aldinger, F. ; Anderson-Schmidt, H. ; Gade, K. ; Heilbronner, U. ; Kalman, J. ; Papiol, S. ; Theis, F.J. ; Falkai, P. ; Müller, N.S. ; Schulze, T.G.
Polygenic burden analysis of longitudinal clusters of psychopathological features in a cross-diagnostic group of individuals with severe mental illness.
Eur. Neuropsychopharmacol. 29, 1257-1258 (2019)
Weberpals, J. ; Becker, T. ; Schmich, F. ; Ruettinger, D. ; Theis, F.J. ; Bauer-Mehren, A.
Deep learning-based propensity score computation: Cohort study in second line treated advanced non-small cell lung cancer (aNSCLC) patients.
Pharmacoepidemiol. Drug Saf. 28, 585-586 (2019)
Tirier, S.M. ; Park, J. ; Preußer, F. ; Amrhein, L. ; Gu, Z. ; Steiger, S. ; Mallm, J.P. ; Krieger, T. ; Waschow, M. ; Eismann, B. ; Gut, M. ; Gut, I.G. ; Rippe, K. ; Schlesner, M. ; Theis, F.J. ; Fuchs, C. ; Ball, C.R. ; Glimm, H. ; Conrad, C.
Pheno-seq - linking visual features and gene expression in 3D cell culture systems.
Sci. Rep. 9:12367 (2019)
Lotfollahi, M. ; Wolf, F.A. ; Theis, F.J.
scGen predicts single-cell perturbation responses.
Nat. Methods 16, 715-721 (2019)
Uzbas, F. ; Opperer, F. ; Sönmezer, C. ; Shaposhnikov, D. ; Sass, S. ; Krendl, C. ; Angerer, P. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Drukker, M.
BART-Seq: cost-effective massively parallelized targeted sequencing for genomics, transcriptomics, and single-cell analysis.
Genome Biol. 20:155 (2019)
Caicedo, J.C. ; Roth, J. ; Goodman, A. ; Becker, T. ; Karhohs, K.W. ; Broisin, M. ; Molnar, C. ; McQuin, C. ; Singh, S. ; Theis, F.J. ; Carpenter, A.E.
Evaluation of deep learning strategies for nucleus segmentation in fluorescence images.
Cytometry A 95, 952-965 (2019)
Patil, S. ; Heuser, C. ; de Almeida, G.P. ; Theis, F.J. ; Zielinski, C.E.
Meeting the challenges of high-dimensional single-cell data analysis in immunology.
Front. Immunol. 10:1515 (2019)
Erhard, F. ; Baptista, M.A.P. ; Krammer, T. ; Hennig, T. ; Lange, M. ; Arampatzi, P. ; Jürges, C.S. ; Theis, F.J. ; Saliba, A.-E. ; Dölken, L.
scSLAM-seq reveals core features of transcription dynamics in single cells.
Nature 571, 419-423 (2019)
Hawe, J. ; Theis, F.J. ; Heinig, M.
Inferring interaction networks from multi-omics data.
Front. Genet. 10:535 (2019)
Tritschler, S. ; Büttner, M. ; Fischer, D.S. ; Lange, M. ; Bergen, V. ; Lickert, H. ; Theis, F.J.
Concepts and limitations for learning developmental trajectories from single cell genomics.
Development 146:dev170506 (2019)
Luecken, M. ; Theis, F.J.
Current best practices in single-cell RNA-seq analysis: A tutorial.
Mol. Syst. Biol. 15:e8746 (2019)
Vieira Braga, F.A. ; Kar, G. ; Berg, M. ; Carpaij, O.A. ; Polanski, K. ; Simon, L. ; Brouwer, S. ; Gomes, T. ; Hesse, L. ; Jiang, J. ; Fasouli, E.S. ; Efremova, M. ; Vento-Tormo, R. ; Talavera-López, C. ; Jonker, M.R. ; Affleck, K. ; Palit, S. ; Strzelecka, P.M. ; Firth, H.V. ; Mahbubani, K.T. ; Cvejic, A. ; Meyer, K.B. ; Saeb-Parsy, K. ; Luinge, M. ; Brandsma, C.A. ; Timens, W. ; Angelidis, I. ; Strunz, M. ; Koppelman, G.H. ; van Oosterhout, A.J. ; Schiller, H. B. ; Theis, F.J. ; van den Berge, M. ; Nawijn, M.C. ; Teichmann, S.A.
A cellular census of human lungs identifies novel cell states in health and in asthma.
Nat. Med. 25, 1153-1163 (2019)
Czamara, D. ; Eraslan, G. ; Page, C.M. ; Lahti, J. ; Lahti-Pulkkinen, M. ; Hämäläinen, E. ; Kajantie, E. ; Laivuori, H. ; Villa, P.M. ; Reynolds, R.M. ; Nystad, W. ; Håberg, S.E. ; London, S.J. ; O'Donnell, K.J. ; Garg, E. ; Meaney, M.J. ; Entringer, S. ; Wadhwa, P.D. ; Buss, C. ; Jones, M.J. ; Lin, D.T.S. ; MacIsaac, J.L. ; Kobor, M.S. ; Koen, N. ; Zar, H.J. ; Koenen, K.C. ; Dalvie, S. ; Stein, D.J. ; Kondofersky, I. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Räikkönen, K. ; Binder, E.B.
Integrated analysis of environmental and genetic influences on cord blood DNA methylation in new-borns.
Nat. Commun. 10:2548 (2019)
Bastidas-Ponce, A. ; Tritschler, S. ; Dony, L. ; Scheibner, K. ; Tarquis-Medina, M. ; Salinno, C. ; Schirge, S. ; Burtscher, I. ; Böttcher, A. ; Theis, F.J. ; Lickert, H. ; Bakhti, M.
Comprehensive single cell mRNA profiling reveals a detailed roadmap for pancreatic endocrinogenesis.
Development 146:dev173849 (2019)
Theis, F.J. ; Lickert, H.
A map of beta-cell differentiation.
Nature 569, 342-343 (2019)
Matejka, K. ; Stückler, F. ; Salomon, M. ; Ensenauer, R. ; Reischl, E. ; Hoerburger, L. ; Grallert, H. ; Kastenmüller, G. ; Peters, A. ; Daniel, H. ; Krumsiek, J. ; Theis, F.J. ; Hauner, H. ; Laumen, H.
Dynamic modelling of an ACADS genotype in fatty acid oxidation - Application of cellular models for the analysis of common genetic variants.
PLoS ONE 14:e0216110 (2019)
Schiller, H. B. ; Montoro, D.T. ; Simon, L. ; Rawlins, E.L. ; Meyer, K.B. ; Strunz, M. ; Vieira Braga, F. ; Timens, W. ; Koppelman, G.H. ; Budinger, G.R.S. ; Burgess, J.K. ; van den Berge, M. ; Theis, F.J. ; Regev, A. ; Kaminski, N. ; Rajagopal, J. ; Teichmann, S.A. ; Misharin, A.V. ; Nawijn, M.C.
The Human Lung Cell Atlas: A high-resolution reference map of the human lung in health and disease.
Am. J. Respir. Cell Mol. Biol. 61, 31-41 (2019)
Laimighofer, M. ; Lickert, R. ; Fuerst, R. ; Theis, F.J. ; Winkler, C. ; Bonifacio, E. ; Ziegler, A.-G. ; Krumsiek, J.
Common patterns of gene regulation associated with Cesarean section and the development of islet autoimmunity - indications of immune cell activation.
Sci. Rep. 9:6250 (2019)
Eraslan, G. ; Avsec, Ž. ; Gagneur, J. ; Theis, F.J.
Deep learning: New computational modelling techniques for genomics.
Nat. Rev. Genet. 20, 389-403 (2019)
Fischer, D.S. ; Fiedler, A. ; Kernfeld, E.M. ; Genga, R.M.J. ; Bastidas-Ponce, A. ; Bakhti, M. ; Lickert, H. ; Hasenauer, J. ; Maehr, R. ; Theis, F.J.
Inferring population dynamics from single-cell RNA-sequencing time series data.
Nat. Biotechnol. 37, 461-468 (2019)
Krautenbacher, N. ; Flach, N. ; Böck, A. ; Laubhahn, K. ; Laimighofer, M. ; Theis, F.J. ; Ankerst, D.P. ; Fuchs, C. ; Schaub, B.
A strategy for high-dimensional multivariable analysis classifies childhood asthma phenotypes from genetic, immunological, and environmental factors.
Allergy 74, 1364-1373 (2019)
Wang, R. ; Thomas, J. ; Batra, R. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
CD23 is a biomarker of clinical response to IgE-specific immunoadsorption in patients with severe atopic eczema.
Exp. Dermatol. 28, E29-E30 (2019)
Wolf, F.A. ; Hamey, F.K. ; Plass, M. ; Solana, J. ; Dahlin, J.S. ; Göttgens, B. ; Rajewsky, N. ; Simon, L. ; Theis, F.J.
PAGA: Graph abstraction reconciles clustering with trajectory inference through a topology preserving map of single cells.
Genome Biol. 20:59 (2019)
Fröhlich, F. ; Reiser, A. ; Fink, L. ; Woschée, D. ; Ligon, T. ; Theis, F.J. ; Rädler, J.O. ; Hasenauer, J.
Publisher Correction: Multi-experiment nonlinear mixed effectmodeling of single-cell translation kinetics after transfection.
NPJ Syst. Biol. Appl. 5:11 (2019)
Angelidis, I. ; Simon, L. ; Fernandez, I.E. ; Strunz, M. ; Mayr, C. ; Greiffo, F.R. ; Tsitsiridis, G. ; Ansari, M. ; Graf, E. ; Strom, T.M. ; Nagendran, M. ; Desai, T. ; Eickelberg, O. ; Mann, M. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.
An atlas of the aging lung mapped by single cell transcriptomics and deep tissue proteomics.
Nat. Commun. 10:963 (2019)
Sheng, X. ; Nenseth, H.Z. ; Qu, S. ; Kuzu, O.F. ; Frahnow, T. ; Simon, L. ; Greene, S. ; Zeng, Q. ; Fazli, L. ; Rennie, P.S. ; Mills, I.G. ; Danielsen, H. ; Theis, F.J. ; Patterson, J.B. ; Jin, Y. ; Saatcioglu, F.
IRE1α-XBP1s pathway promotes prostate cancer by activating c-MYC signaling.
Nat. Commun. 10:323 (2019)
Eraslan, G. ; Simon, L. ; Mircea, M. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J.
Single-cell RNA-seq denoising using a deep count autoencoder.
Nat. Commun. 10:390 (2019)
Kaderali, L. ; Theis, F.J. ; Ganusov, V.V. ; Ciupe, S.M. ; Mehr, R. ; Ribeiro, R.M. ; Hernandez-Vargas, E.A.
Editorial: Integrative computational systems biology approaches in immunology and medicine.
Front. Microbiol. 9:3338 (2019)
Büttner, M. ; Miao, Z. ; Wolf, F.A. ; Teichmann, S.A. ; Theis, F.J.
A test metric for assessing single-cell RNA-seq batch correction.
Nat. Methods 16, 43-49 (2019)
Tischler, J. ; Gruhn, W.H. ; Reid, J. ; Allgeyer, E. ; Buettner, F. ; Marr, C. ; Theis, F.J. ; Simons, B.D. ; Wernisch, L. ; Surani, M.A.
Metabolic regulation of pluripotency and germ cell fate through alpha-ketoglutarate.
EMBO J. 38:e99518 (2019)
Thomas, J. ; Küpper, M. ; Batra, R. ; Jargosch, M. ; Atenhan, A. ; Baghin, V. ; Krause, L. ; Lauffer, F. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Eyerich, K. ; Eyerich, S. ; Garzorz-Stark, N.
Is the humoral immunity dispensable for the pathogenesis of psoriasis?
J. Eur. Acad. Dermatol. Venereol. 33, 115-122 (2019)
2018
Backofen, R. ; Costa, F. ; Theis, F.J. ; Marr, C. ; Preusse, M. ; Becker, C. ; Saunders, S. ; Palme, K. ; Dovzhenko, O.
MicroRNA as an integral part of cell communication: Regularized target prediction and network prediction.
In: Lecture Notes in Bioengineerin. 2018. 85-100
Müller, N.S. ; Sass, S. ; Offermann, B. ; Singh, A. ; Knauer, S. ; Schüttler, A. ; Minardi, J.N. ; Theis, F.J. ; Busch, H. ; Boerries, M.
Information theoretic concepts to unravel cell–cell communication.
In: Lecture Notes in Bioengineering. 2018. 115-136
Kyncl, M. ; Bast, L. ; Henkel, L. ; Theis, F.J. ; Oostendorp, R.A.J. ; Marr, C. ; Goetze, K.S.
Data driven computational modeling of hematopoiesis in myelodysplastic syndromes unveils differences in hematopoietic stem cell kinetics compared to age-matched healthy controls.
Blood 132 (2018)
Hross, S. ; Theis, F.J. ; Sixt, M. ; Hasenauer, J.
Mechanistic description of spatial processes using integrative modelling of noise-corrupted imaging data.
J. R. Soc. Interface 15:20180600 (2018)
Bast, L. ; Calzolari, F. ; Strasser, M. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J. ; Ninkovic, J. ; Marr, C.
Increasing neural stem cell division asymmetry and quiescence are predicted to contribute to the age-related decline in neurogenesis.
Cell Rep. 25, 3231-3240.e8 (2018)
Fröhlich, F. ; Reiser, A. ; Fink, L. ; Woschée, D. ; Ligon, T. ; Theis, F.J. ; Rädler, J.O. ; Hasenauer, J.
Multi-experiment nonlinear mixed effect modeling of single-cell translation kinetics after transfection.
NPJ Syst. Biol. Appl. 5 (2018)
Fröhlich, F. ; Kessler, T. ; Weindl, D. ; Shadrin, A. ; Schmiester, L. ; Hache, H. ; Muradyan, A. ; Schütte, M. ; Lim, J.H. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; Lehrach, H. ; Wierling, C. ; Lange, B. ; Hasenauer, J.
Efficient parameter estimation enables the prediction of drug response using a mechanistic pan-cancer pathway model.
Cell Syst. 7, 567-579 (2018)
Foerster, K. ; Ertl-Wagner, B. ; Sass, S. ; Stoecklein, S. ; Schoeppe, F. ; Dietrich, O. ; Pomschar, A. ; Schulze, A. ; Huebener, C. ; Theis, F.J. ; Ehrhardt, H. ; Flemmer, A. ; Hilgendorff, A.
Quantitative MRI measurements to detect pulmonary hypertension in bronchopulomnary dysplasia.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 197 (2018)
Foerster, K. ; Sass, S. ; Pomschar, A. ; Ehrhardt, H. ; Naehrlich, L. ; Schulze, A. ; Flemmer, A. ; Huebener, C. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Dietrich, O. ; Ertl-Wagner, B. ; Hilgendorff, A.
Diagnosis of bronchopulmonary dysplasia using magnetic resonance imaging analysis.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 197 (2018)
Nawijn, M.C. ; Rajagopal, J. ; Koppelman, G.H. ; van den Berge, M. ; Rose-Zerilli, M.J. ; Holloway, J.W. ; Schultze, J.L. ; Barbry, P. ; Teichmann, S.A. ; Prabhakar, S. ; Theis, F.J. ; Schiller, H. B.
The human lung cell atlas: A comprehensive reference map for all cell types in the healthy human lung.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 197 (2018)
Fischer, D.S. ; Theis, F.J. ; Yosef, N.
Impulse model-based differential expression analysis of time course sequencing data.
Nucleic Acids Res. 46:e119 (2018)
Neschen, S. ; Wu, M. ; Fuchs, C. ; Kondofersky, I. ; Theis, F.J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Häring, H.-U. ; Sartorius, T.
Impact of brain fatty acid signaling on peripheral insulin action in mice.
Exp. Clin. Endocrinol. Diabet. 126, 20-29 (2018)
Do, K.T. ; Wahl, S. ; Raffler, J. ; Molnos, S. ; Laimighofer, M. ; Adamski, J. ; Suhre, K. ; Strauch, K. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Langenberg, C. ; Stewart, I.D. ; Theis, F.J. ; Grallert, H. ; Kastenmüller, G. ; Krumsiek, J.
Characterization of missing values in untargeted MS-based metabolomics data and evaluation of missing data handling strategies.
Metabolomics 14:128 (2018)
Feigelman, J ; Weindl, D. ; Theis, F.J. ; Marr, C. ; Hasenauer, J.
LNA++: Linear noise approximation with first and second order sensitivities.
In: Lecture Notes in Computer Science (16th International Conference on Computational Methods in Systems Biology, 12-14 September 2018, Brno; Czech Republic). 2018. 300-306 ( ; 11095 LNBI)
Thomas, J. ; Kuepper, M.K. ; Batra, R. ; Jargosch, M. ; Atenhan, A. ; Baghin, V. ; Krause, L. ; Lauffer, F. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, K. ; Eyerich, S. ; Garzorz-Stark, N.
The role of humoral immunity in the pathogenesis of psoriasis.
Allergy 73, 732-733 (2018)
Jarasch, A. ; Glaser, A. ; Häring, H.-U. ; Roden, M. ; Schürmann, A. ; Solimena, M. ; Theis, F.J. ; Tschöp, M.H. ; Wess, G. ; Hrabě de Angelis, M.
Mit Big Data zur personalisierten Diabetesprävention.
Diabetologe 14, 486-492 (2018)
Ballnus, B. ; Schaper, S. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Bayesian parameter estimation for biochemical reaction networks using region-based adaptive parallel tempering.
Bioinformatics 34, 494-501 (2018)
Colomé-Tatché, M. ; Theis, F.J.
Statistical single cell multi-omics integration.
Curr. Opin. Syst. Biol. 7, 54-59 (2018)
Strasser, M. ; Hoppe, P.S. ; Loeffler, D. ; Kokkaliaris, K.D. ; Schroeder, T. ; Theis, F.J. ; Marr, C.
Lineage marker synchrony in hematopoietic genealogies refutes the PU.1/GATA1 toggle switch paradigm.
Nat. Commun. 9:2697 (2018)
Simon, L. ; Karg, S. ; Westermann, A.J. ; Engel, M. ; Elbehery, A.H.A. ; Hense, B.A. ; Heinig, M. ; Deng, L. ; Theis, F.J.
MetaMap: An atlas of metatranscriptomic reads in human disease-related RNA-seq data.
GigaScience 7, 1-8 (2018)
Hastreiter, S. ; Skylaki, S. ; Loeffler, D. ; Reimann, A. ; Hilsenbeck, O. ; Hoppe, P.S. ; Coutu, D.L. ; Kokkaliaris, K.D. ; Schwarzfischer, M. ; Anastassiadis, K. ; Theis, F.J. ; Schroeder, T.
Inductive and selective effects of GSK3 and MEK inhibition on nanog heterogeneity in embryonic stem cells.
Stem Cell Rep. 10, 58-69 (2018)
Plass, M. ; Solana, J. ; Wolf, F.A. ; Ayoub, S. ; Misios, A. ; Glažar, P. ; Obermayer, B. ; Theis, F.J. ; Kocks, C. ; Rajewsky, N.
Cell type atlas and lineage tree of a whole complex animal by single-cell transcriptomics.
Science 360:eaaq1723 (2018)
Apweiler, R. ; Beissbarth, T. ; Berthold, M.R. ; Blüthgen, N. ; Burmeister, Y. ; Dammann, O. ; Deutsch, A.J. ; Feuerhake, F. ; Franke, A. ; Hasenauer, J. ; Hoffmann, S. ; Höfer, T. ; Jansen, P.L.M. ; Kaderali, L. ; Klingmüller, U. ; Koch, I. ; Kohlbacher, O. ; Kuepfer, L. ; Lammert, F. ; Maier, D. ; Pfeifer, N. ; Radde, N. ; Rehm, M. ; Roeder, I. ; Saez-Rodriguez, J. ; Sax, U. ; Schmeck, B.T. ; Schuppert, A. ; Seilheimer, B. ; Theis, F.J. ; Vera, J. ; Wolkenhauer, O.
Whither systems medicine?
Exp. Mol. Med. 50:e453 (2018)
Lauffer, F. ; Jargosch, M. ; Krause, L. ; Garzorz-Stark, N. ; Franz, R. ; Roenneberg, S. ; Böhner, A. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Biedermann, T. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
Type I immune response induces keratinocyte necroptosis and is associated with interface dermatitis.
J. Invest. Dermatol., DOI: 10.1016/j.jid.2018.02.034 (2018)
Benedetti, E. ; Pučić-Baković, M. ; Keser, T. ; Wahl, A. ; Hassinen, A. ; Yang, J.Y. ; Liu, L. ; Trbojević-Akmačić, I. ; Razdorov, G. ; Štambuk, J. ; Klarić, L. ; Ugrina, I. ; Selman, M.H.J. ; Wuhrer, M. ; Rudan, I. ; Polasek, O. ; Hayward, C. ; Grallert, H. ; Strauch, K. ; Peters, A. ; Meitinger, T. ; Gieger, C. ; Vilaj, M. ; Boons, G.J. ; Moremen, K.W. ; Ovchinnikova, T. ; Bovin, N. ; Kellokumpu, S. ; Theis, F.J. ; Lauc, G. ; Krumsiek, J.
Erratum: Publisher Correction: Network inference from glycoproteomics data reveals new reactions in the IgG glycosylation pathway (Nature communications (2017) 8 1 (1483)).
Nat. Commun. 9:706 (2018)
Wolf, F.A. ; Angerer, P. ; Theis, F.J.
SCANPY: Large-scale single-cell gene expression data analysis.
Genome Biol. 19:15 (2018)
Stirm, L. ; Huypens, P. ; Sass, S. ; Batra, R. ; Fritsche, L. ; Brucker, S. ; Abele, H. ; Hennige, A.M. ; Theis, F.J. ; Beckers, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Fritsche, A. ; Häring, H.-U. ; Staiger, H.
Maternal whole blood cell miRNA-340 is elevated in gestational diabetes and inversely regulated by glucose and insulin.
Sci. Rep. 8:1366 (2018)
Gonzalez-Vallinas, M. ; Rodriguez-Paredes, M. ; Albrecht, M. ; Sticht, C. ; Stichel, D. ; Gutekunst, J. ; Pitea, A. ; Sass, S. ; Sánchez-Rivera, F.J. ; Bermejo, J.L. ; Schmitt, J. ; De La Torre, C. ; Warth, A. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Gretz, N. ; Muley, T. ; Meister, M. ; Tschaharganeh, D.F. ; Schirmacher, P. ; Matthäus, F. ; Breuhahn, K.
Epigenetically regulated chromosome 14q32 miRNA cluster induces metastasis and predicts poor prognosis in lung adenocarcinoma patients.
Mol. Cancer Res. 16, 390-402 (2018)
Dalke, C. ; Neff, F. ; Bains, S.K. ; Bright, S. ; Lord, D.J. ; Reitmeir, P. ; Rößler, U. ; Samaga, D. ; Unger, K. ; Braselmann, H. ; Wagner, F. ; Greiter, M. ; Gomolka, M. ; Hornhardt, S. ; Kunze, S. ; Kempf, S.J. ; Garrett, L. ; Hölter, S.M. ; Wurst, W. ; Rosemann, M. ; Azimzadeh, O. ; Tapio, S. ; Aubele, M. ; Theis, F.J. ; Hoeschen, C. ; Slijepcevic, P. ; Kadhim, M. ; Atkinson, M.J. ; Zitzelsberger, H. ; Kulka, U. ; Graw, J.
Lifetime study in mice after acute low-dose ionizing radiation: A multifactorial study with special focus on cataract risk.
Radiat. Environ. Biophys. 57, 99-113 (2018)
Förster, K. ; Sass, S. ; Ehrhardt, H. ; Mous, D.S. ; Rottier, R.J. ; Oak, P. ; Schulze, A. ; Flemmer, A.W. ; Gronbach, J. ; Hübener, C. ; Desai, T. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Hilgendorff, A.
Early identification of bronchopulmonary dysplasia using novel biomarkers by proteomic screening.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 197, 1076-1080 (2018)
Garzorz-Stark, N. ; Lauffer, F. ; Krause, L. ; Thomas, J. ; Atenhan, A. ; Franz, R. ; Roenneberg, S. ; Boehner, A. ; Jargosch, M. ; Batra, R. ; Müller, N.S. ; Haak, S. ; Groß, C. ; Groß, O. ; Traidl-Hoffmann, C. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Biedermann, T. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
Toll-like receptor 7/8 agonists stimulate plasmacytoid dendritic cells to initiate T(H)17-deviated acute contact dermatitis in human subjects.
J. Allergy Clin. Immunol. 141, 1320-1333.e11 (2018)
Frohnert, B.I. ; Laimighofer, M. ; Krumsiek, J. ; Theis, F.J. ; Winkler, C. ; Norris, J.M. ; Ziegler, A.-G. ; Rewers, M.J. ; Steck, A.K.
Prediction of type 1 diabetes using a genetic risk model in the Diabetes Autoimmunity Study in the Young.
Pediatr. Diabetes 19, 277-283 (2018)
2017
Regev, A. ; Teichmann, S.A. ; Lander, E.S. ; Amit, I. ; Benoist, C. ; Birney, E. ; Bodenmiller, B. ; Campbell, P.J. ; Carninci, P. ; Clatworthy, M. ; Clevers, H. ; Deplancke, B. ; Dunham, I. ; Eberwine, J. ; Eils, R. ; Enard, W. ; Farmer, A. ; Fugger, L. ; Göttgens, B. ; Hacohen, N. ; Haniffa, M. ; Hemberg, M. ; Kim, S.K. ; Klenerman, P. ; Kriegstein, A. ; Lein, E. ; Linnarsson, S. ; Lundberg, E. ; Lundeberg, J. ; Majumder, P. ; Marioni, J.C. ; Merad, M. ; Mhlanga, M. ; Nawijn, M.C. ; Netea, M. ; Nolan, G. ; Pe'er, D. ; Phillipakis, A. ; Ponting, C.P. ; Quake, S.R. ; Reik, W. ; Rozenblatt-Rosen, O. ; Sanes, J.R. ; Satija, R. ; Schumacher, T.N. ; Shalek, A.K. ; Shapiro, E. ; Sharma, P. ; Shin, J.W. ; Stegle, O. ; Stratton, M.R. ; Stubbington, M.J.T. ; Theis, F.J. ; Uhlén, M. ; van Oudenaarden, A. ; Wagner, A. ; Watt, F.M. ; Weissman, J.S. ; Wold, B.J. ; Xavier, R.J. ; Yosef, N.
The Human Cell Atlas.
eLife 6:e27041 (2017)
Benedetti, E. ; Pučić-Baković, M. ; Keser, T. ; Wahl, A. ; Hassinen, A. ; Yang, J.Y. ; Liu, L. ; Trbojević-Akmačić, I. ; Razdorov, G. ; Štambuk, J. ; Klarić, L. ; Ugrina, I. ; Selman, M.H.J. ; Wuhrer, M. ; Rudan, I. ; Polasek, O. ; Hayward, C. ; Grallert, H. ; Strauch, K. ; Peters, A. ; Meitinger, T. ; Gieger, C. ; Vilaj, M. ; Boons, G.J. ; Moremen, K.W. ; Ovchinnikova, T. ; Bovin, N. ; Kellokumpu, S. ; Theis, F.J. ; Lauc, G. ; Krumsiek, J.
Network inference from glycoproteomics data reveals new reactions in the IgG glycosylation pathway.
Nat. Commun. 8:1483 (2017)
Dirmeier, S. ; Fuchs, C. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J.
netReg: Network-regularized linear models for biological association studies.
Bioinformatics 34, 896-898 (2017)
Sobotta, S. ; Raue, A. ; Huang, X. ; Vanlier, J. ; Jünger, A. ; Bohl, S. ; Albrecht, U. ; Hahnel, M.J. ; Wolf, S. ; Müller, N.S. ; D'Alessandro, L.A. ; Mueller-Bohl, S. ; Boehm, M.E. ; Lucarelli, P. ; Bonefas, S. ; Damm, G. ; Seehofer, D. ; Lehmann, W.D. ; Rose-John, S. ; van der Hoeven, F. ; Gretz, N. ; Theis, F.J. ; Ehlting, C. ; Bode, J.G. ; Timmer, J. ; Schilling, M. ; Klingmüller, U.
Model based targeting of IL-6-induced inflammatory responses in cultured primary hepatocytes to improve application of the JAK inhibitor ruxolitinib.
Front. Physiol. 8:775 (2017)
Krendl, C. ; Shaposhnikov, D. ; Rishko, V. ; Ori, C. ; Ziegenhain, C. ; Sass, S. ; Simon, L. ; Müller, N.S. ; Straub, T. ; Brooks, K.E. ; Chavez, S.L. ; Enard, W. ; Theis, F.J. ; Drukker, M.
GATA2/3-TFAP2A/C transcription factor network couples human pluripotent stem cell differentiation to trophectoderm with repression of pluripotency.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 114, E9579-E9588 (2017)
Angerer, P. ; Simon, L. ; Tritschler, S. ; Wolf, F.A. ; Fischer, D. ; Theis, F.J.
Single cells make big data: New challenges and opportunities in transcriptomics.
Curr. Opin. Syst. Biol. 4, 85-91 (2017)
Molnos, S. ; Baumbach, C. ; Wahl, S. ; Müller-Nurasyid, M. ; Strauch, K. ; Wang-Sattler, R. ; Waldenberger, M. ; Meitinger, T. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Suhre, K. ; Peters, A. ; Grallert, H. ; Theis, F.J. ; Gieger, C.
pulver: An R package for parallel ultra-rapid p-value computation for linear regression interaction terms.
BMC Bioinformatics 18:429 (2017)
Garzorz-Stark, N. ; Lauffer, F. ; Krause, L. ; Gross, O. ; Traidl-Hoffmann, C. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C. ; Biedermann, T. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
TLR7/8 agonists stimulate plasmacytoid dendritic cells to initiate a Th17-deviated acute contact dermatitis in humans.
J. Invest. Dermatol. 137, S275-S275 (2017)
Lauffer, F. ; Jargosch, M. ; Krause, L. ; Garzorz-Stark, N. ; Franz, R. ; Roenneberg, S. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
Interface Dermatitis is characterized by a type I immune response and an epidermal reaction to IFN-gamma and TNF-alpha.
J. Invest. Dermatol. 137, S254-S254 (2017)
Eulenberg, P. ; Köhler, N. ; Blasi, T. ; Filby, A. ; Carpenter, A.E. ; Rees, P. ; Theis, F.J. ; Wolf, F.A.
Reconstructing cell cycle and disease progression using deep learning.
Nat. Commun. 8:463 (2017)
Krautenbacher, N. ; Theis, F.J. ; Fuchs, C.
Correcting classifiers for sample selection bias in two-phase case-control studies.
Comput. Math. Methods Med. 2017:7847531 (2017)
Tritschler, S. ; Theis, F.J. ; Lickert, H. ; Böttcher, A.
Systematic single-cell analysis provides new insights into heterogeneity and plasticity of the pancreas.
Mol. Metab. 6, 974-990 (2017)
Budde, M. ; Kondofersky, I. ; Adorjan, K. ; Aldinger, F. ; Anderson-Schmidt, H. ; Andlauer, T.F. ; Flatau, L. ; Gade, K. ; Heilbronner, U. ; Kalman, J. ; Papiol, S. ; Theis, F.J. ; Falkai, P. ; Müller, N.S. ; Schulze, T.G.
Integrating polygenic allele burden information and phenomic data to characterize complex disease trajectories in severe mental illness.
Eur. Neuropsychopharmacol. 27, 3, S406 (2017)
Heilbronner, U. ; Jain, G. ; Kaurani, L. ; Kondofersky, I. ; Budde, M. ; Gade, K. ; Kalman, J. ; Adorjan, K. ; Aldinger, F. ; Anderson-Schmidt, H. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Falkai, P. ; Fischer, A. ; Schulze, T.G.
The Role of micrornas in the course of servere mental disorders.
Eur. Neuropsychopharmacol. 27, 3, S456-S457 (2017)
Comes, A. ; Aldinger, F. ; Kondofersky, I. ; Adorjan, K. ; Anderson-Schmidt, H. ; Andlauer, T.F. ; Budde, M. ; Gade, K. ; Heilbronner, U. ; Kalman, J. ; Papiol, S. ; Theis, F.J. ; Falkai, P. ; Müller, N.S. ; Schulze, T.G.
Polygenic burden analysis of longitudinal clusters of quality of life and functioning in patients with severe mental illness.
Eur. Neuropsychopharmacol. 27, 3, S408-S409 (2017)
Schulte, E. ; Kondofersky, I. ; Budde, M. ; Adorjan, K. ; Aldinger, F. ; Anderson-Schmidt, H. ; Andlauer, T.F. ; Gade, K. ; Heilbronner, U. ; Kalman, J. ; Papiol, S. ; Theis, F.J. ; Falkai, P. ; Müller, N.S. ; Schulze, T.G.
Polygenic burden analysis of longitudinal clusters of psychopathological features in a cross-diagnostic group of individuals with severe mental illness.
Eur. Neuropsychopharmacol. 27, 3, S401-S402 (2017)
Kazeroonian, A. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
A scalable moment-closure approximation for large-scale biochemical reaction networks.
Bioinformatics 33, i293-i300 (2017)
Peng, T. ; Thorn, K. ; Schroeder, T. ; Wang, L. ; Theis, F.J. ; Marr, C. ; Navab, N.
A BaSiC tool for background and shading correction of optical microscopy images.
Nat. Commun. 8:14836 (2017)
Milger, K. ; Götschke, J. ; Krause, L. ; Nathan, P. ; Alessandrini, F. ; Tufman, A. ; Fischer, R. ; Bartel, S. ; Theis, F.J. ; Behr, J. ; Dehmel, S. ; Müller, N.S. ; Kneidinger, N. ; Krauss-Etschmann, S.
Identification of a plasma miRNA biomarker-signature for allergic asthma: A translational approach.
Allergy 72, 1962-1971 (2017)
Ballnus, B. ; Hug, S. ; Hatz, K. ; Görlitz, L. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J.
Comprehensive benchmarking of Markov chain Monte Carlo methods for dynamical systems.
BMC Syst. Biol. 11:63 (2017)
Conlon, T.M. ; Hackl, M. ; Bartel, J. ; Krumsiek, J. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Theis, F.J. ; Eickelberg, O. ; Yildirim, A.Ö.
2d cross-omics integrated enrichment analysis of human and mice COPD lungs reveal novel pathological mechanisms of disease progression.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 195 (2017)
Bartel, S. ; Schulz, N. ; Alessandrini, F. ; Schamberger, A.C. ; Pagel, P. ; Theis, F.J. ; Milger, K. ; Nößner, E. ; Stick, S.M. ; Kicic, A. ; Eickelberg, O. ; Freishtat, R.J. ; Krauss-Etschmann, S.
Pulmonary microRNA profiles identify involvement of Creb1 and Sec14l3 in bronchial epithelial changes in allergic asthma.
Sci. Rep. 7:46026 (2017)
Chlis, N.-K. ; Wolf, F.A. ; Theis, F.J.
Model-based branching point detection in single-cell data by K-Branches clustering.
Bioinformatics 33, 3211-3219 (2017)
Hilgendorff, A. ; Foerster, K. ; Sass, S. ; Stoecklein, S. ; Dietrich, O. ; Pomschar, A. ; Schulze, A. ; Huebener, C. ; Theis, F.J. ; Erhardt, H. ; Flemmer, A.W. ; Ertl-Wagner, B.
Discrimination of pulmonary changes in neonatal chronic lung disease by a new Mri score.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 195 (2017)
Piasecka, J. ; Hennig, H. ; Theis, F.J. ; Rees, P. ; Summers, H.D. ; Thornton, C.A.
Label free identification of peripheral blood eosinophils using high-throughput imaging flow cytometry.
J. Allergy Clin. Immunol. 139, AB163-AB163 (2017)
Florea, A.M. ; Varghese, E. ; McCallum, J.E. ; Mahgoub, S. ; Helmy, I. ; Varghese, S. ; Gopinath, N. ; Sass, S. ; Theis, F.J. ; Reifenberger, G. ; Büsselberg, D.
Calcium-regulatory proteins as modulators of chemotherapy in human neuroblastoma.
Oncotarget 8, 22876-22893 (2017)
Kuepper, M.K. ; Thomas, J. ; Krause, L. ; Müller, N.S. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, K. ; Eyerich, S. ; Garzorz-Stark, N.
Characterization of multiple B cell subsets in peripheral blood and skin biopsies of psoriasis patients identifies a correlation of plasma and regulatory B cells and disease severity.
Exp. Dermatol. 26, E69-E70 (2017)
Garzorz-Stark, N. ; Krause, L. ; Lauffer, F. ; Atenhan, A. ; Thomas, J. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Biedermann, T. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
The imiquimod model as a model for psoriasis and/or eczema in humans?
Exp. Dermatol. 26, E68-E68 (2017)
Lauffer, F. ; Krause, L. ; Franz, R. ; Garzorz-Stark, N. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
Interface dermatitis shows a distinctive molecular signature independent from individual disease background.
Exp. Dermatol. 26, E61-E61 (2017)
Blasi, T. ; Buettner, F. ; Strasser, M. ; Marr, C. ; Theis, F.J.
CgCorrect: A method to correct for confounding cell-cell variation due to cell growth in single-cell transcriptomics.
Phys. Biol. 14:036001 (2017)
Hilsenbeck, O. ; Schwarzfischer, M. ; Loeffler, D. ; Dimopoulos, S. ; Hastreiter, S. ; Marr, C. ; Theis, F.J. ; Schroeder, T.
fastER: A user-friendly tool for ultrafast and robust cell segmentation in large-scale microscopy.
Bioinformatics 33, 2020-2028 (2017)
Buggenthin, F. ; Buettner, F. ; Hoppe, P.S. ; Endele, M. ; Kroiss, M. ; Strasser, M. ; Schwarzfischer, M. ; Loeffler, D. ; Kokkaliaris, K.D. ; Hilsenbeck, O. ; Schroeder, T. ; Theis, F.J. ; Marr, C.
Prospective identification of hematopoietic lineage choice by deep learning.
Nat. Methods, DOI: 10.1038/nmeth.4182 (2017)
Jagiella, N. ; Rickert, D. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Parallelization and high-performance computing enables automated statistical inference of multi-scale models.
Cell Syst. 4, 194–206.e9 (2017)
Fröhlich, F. ; Theis, F.J. ; Rädler, J.O. ; Hasenauer, J.
Parameter estimation for dynamical systems with discrete events and logical operations.
Bioinformatics 33, 1049-1056 (2017)
Fröhlich, F. ; Kaltenbacher, B. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Scalable parameter estimation for genome-scale biochemical reaction networks.
PLoS Comput. Biol. 13:e1005331 (2017)
von Toerne, C. ; Laimighofer, M. ; Achenbach, P. ; Beyerlein, A. ; de Las Heras Gala, T. ; Krumsiek, J. ; Theis, F.J. ; Ziegler, A.-G. ; Hauck, S.M.
Peptide serum markers in islet autoantibody-positive children.
Diabetologia 60, 287-295 (2017)
Senís, E. ; Mockenhaupt, S. ; Rupp, D. ; Bauer, T. ; Paramasivam, N. ; Knapp, B. ; Gronych, J. ; Grosse, S.D. ; Windisch, M.P. ; Schmidt, F. ; Theis, F.J. ; Eils, R. ; Lichter, P. ; Schlesner, M. ; Bartenschlager, R. ; Grimm, D.
TALEN/CRISPR-mediated engineering of a promoterless anti-viral RNAi hairpin into an endogenous miRNA locus.
Nucleic Acids Res. 45:e3 (2017)
2016
Förster, K. ; Sass, S. ; Dietrich, O. ; Pomschar, A. ; Nährlich, L. ; Schulze, A. ; Flemmer, A.W. ; Ehrhardt, H. ; Hübener, C. ; Eickelberg, O. ; Theis, F.J. ; Ertl-Wagner, B. ; Hilgendorff, A.
LSC Abstract – Early biomarkers indicating the development of neonatal chronic lung disease defined by clinical and imaging parameters.
Eur. Respir. J. 48, PP104 (2016)
Much, D. ; Beyerlein, A. ; Kindt, A. ; Krumsiek, J. ; Rossbauerl, M. ; Hofelich, A. ; Hivner, S. ; Herbst, M. ; Römisch-Margl, W. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Theis, F.J. ; Ziegler, A.-G. ; Hummel, S.
Lactation is associated with altered metabolomic signatures in women with gestational diabetes.
Diabetologia 59, S187-S187 (2016)
Stoecker, K. ; Sass, S. ; Theis, F.J. ; Hauner, H. ; Pfaffl, M.W.
Inhibition of fat cell differentiation in 3T3-L1 pre-adipocytes by all-trans retinoic acid: Integrative analysis of transcriptomic and phenotypic data.
Biomol. Detect. Quantif. 11, 31-44 (2016)
Huypens, P. ; Sass, S. ; Wu, M. ; Dyckhoff, D. ; Tschöp, M.H. ; Theis, F.J. ; Marschall, S. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J.
Epigenetic germline inheritance of diet-induced obesity and insulin resistance.
Obstet. Gynecol. Surv. 71, 719-720 (2016)
Luber, B. ; Keller, S. ; Zwingenberger, G. ; Ebert, K. ; Maier, D. ; Geier, B. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J. ; Huge, S. ; Meyer-Hermann, M. ; Dehghany, J. ; Walch, A.K. ; Aichler, M. ; Lordick, F. ; Haffner, I.
Identification of predictive response and resistance factors to targeted therapy in gastric cancer using a systems medicine approach.
Eur. J. Cancer 68, S135-S135 (2016)
Fröhlich, F. ; Shadrin, A. ; Kessler, T. ; Wierling, C. ; Heinig, M. ; Theis, F.J. ; Lange, B.M. ; Lehrach, H. ; Hasenauer, J.
Large-scale modeling of cancer signaling: Mechanistic modeling meets Big Data.
Eur. J. Cancer 68, S44-S44 (2016)
Hross, S. ; Fiedler, A. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Quantitative comparison of competing PDE models for Pomlp dynamics in fission yeast.
In: (Foundations of Systems Biology in Engineering - FOSBE 2016, 9—12 October 2016, Magdeburg). 2016. 264-269 (IFAC PapersOnline ; 49-26)
Kong, B. ; Bruns, P. ; Behler, N. ; Schlitter, A.M. ; Friess, H. ; Erkan, M. ; Theis, F.J. ; Esposito, I. ; Michalski, C.W. ; Kleeff, J.
Oncogenic Kras promotes early pancreatic carcinogenesis by perpetuating elements of natural inflammatory response.
Pancreatol. 16, S. 11 (2016)
González-Valllinas, M. ; Albrecht, M. ; Pitea, A. ; Rodriguez-Paredes, M. ; Stichel, D. ; Sass, S. ; Gutekunst, J. ; Schmitt, J. ; Muley, T. ; Meister, M. ; Warth, A. ; Schirmacher, P. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Matthäus, F. ; Breuhahn, K.
Abstract 1945: Identification of a miRNA/mRNA network driving non-small cell lung cancer (NSCLC) dissemination.
Cancer Res. 76 (2016)
Sacher, A. ; Theis, F.J.
Einzigartige Zellen: Computerbasierte Methoden verbessern die Einzelzell-Analyse.
Laborpraxis, DOI: undefined (2016)
Theis, F.J.
Big Data for small cells -  neue Software zur Beobachtung einzelner Zellen.
https://www.bsse.ethz.ch/csd/software/ttt-and-qtfy.html (2016)
Feigelman, J. ; Ganscha, S. ; Hastreiter, S. ; Schwarzfischer, M. ; Filipczyk, A. ; Schröder, T. ; Theis, F.J. ; Marr, C. ; Claassen, M.
Analysis of cell lineage trees by exact bayesian inference identifies negative autoregulation of nanog in mouse embryonic stem cells.
Cell Syst. 3, 480-490 (2016)
Bortsova, G. ; Sterr, M. ; Wang, L. ; Milletari, F. ; Navab, N. ; Böttcher, A. ; Lickert, H. ; Theis, F.J. ; Peng, T.
Mitosis detection in intestinal crypt images with hough forest and conditional random fields.
Lect. Notes Comput. Sc. 10019, 287-295 (2016)
Thomas, J. ; Garzorz-Stark, N. ; Kuepper, L. ; Krause, L. ; Müller, N.S. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, K. ; Eyerich, S.
Characterization of multiple B cell subsets in peripheral blood of psoriasis patients identifies a correlation of plasma and regulatory B cells with disease severity.
Exp. Dermatol. 25, 27-28 (2016)
Lauffer, F. ; Krause, L. ; Franz, R. ; Garzorz-Stark, N. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
A distinct molecular signature of interface dermatitis as determined by gene expression analysis combined with disease independent histological phenotyping.
Exp. Dermatol. 25, 30-31 (2016)
Kuepper, M.K. ; Thomas, J. ; Garzorz-Stark, N. ; Krause, L. ; Müller, N.S. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, K. ; Eyerich, S.
Characterization of multiple B cell subsets in peripheral blood of psoriasis patients identifies a correlation of regulatory B cells and disease severity.
J. Invest. Dermatol. 136, S217-S217 (2016)
Lauffer, F. ; Krause, L. ; Franz, R. ; Garzorz-Stark, N. ; Biedermann, T. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
Interface dermatitis shows a distinctive molecular signature independent from individual disease background.
J. Invest. Dermatol. 136, S219-S219 (2016)
Kong, B. ; Bruns, P. ; Behler, N.A. ; Chang, L. ; Schlitter, A.M. ; Cao, J. ; Gewies, A. ; Ruland, J. ; Fritzsche, S. ; Valkovskaya, N. ; Jian, Z. ; Regel, I. ; Raulefs, S. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Friess, H. ; Erkan, M. ; Müller, N.S. ; Roth, S. ; Hackert, T. ; Esposito, I. ; Theis, F.J. ; Kleeff, J. ; Michalski, C.W.
Dynamic landscape of pancreatic carcinogenesis reveals early molecular networks of malignancy.
Gut 67, 146-156 (2016)
Fiedler, A. ; Raeth, S. ; Theis, F.J. ; Hausser, A. ; Hasenauer, J.
Tailored parameter optimization methods for ordinary differential equation models with steady-state constraints.
BMC Syst. Biol. 10:80 (2016)
Haghverdi, L. ; Büttner, M. ; Wolf, F.A. ; Buettner, F. ; Theis, F.J.
Diffusion pseudotime robustly reconstructs lineage branching.
Nat. Methods 13, 845-848 (2016)
Carpenter, A. ; Eddy, S.E. ; Flicek, P. ; Gymrek, M. ; Hammell, M. ; Jaqaman, K. ; Jenkins, J. ; Koller, D. ; Lappalainen, T. ; Oshlack, A. ; Shamir, R. ; Singh, M. ; Teichmann, S. ; Theis, F.J. ; Troyanskaya, O.
What is the key best practice for collaborating with a computational biologist?
Cell Syst. 3, 7-11 (2016)
Theis, F.J.
Zelle unter Beobachtung: "Mit der Software können wir die Entwicklung im Video studieren".
MEDICA Magazin, DOI: undefined (2016)
Fröhlich, F. ; Thomas, P. ; Kazeroonian, A. ; Theis, F.J. ; Grima, R. ; Hasenauer, J.
Inference for stochastic chemical kinetics using moment equations and system size expansion.
PLoS Comput. Biol. 12:e1005030 (2016)
Sacher, A. ; Theis, F.J.
Von lernfähigen Maschinen lernen.
Laborjournal 7-8, 59-61 (2016)
Much, D. ; Beyerlein, A. ; Kindt, A. ; Krumsiek, J. ; Stückler, F. ; Rossbauer, M. ; Hofelich, A. ; Wiesenäcker, D. ; Hivner, S. ; Herbst, M. ; Römisch-Margl, W. ; Prehn, C. ; Adamski, J. ; Kastenmüller, G. ; Theis, F.J. ; Ziegler, A.-G. ; Hummel, S.
Lactation is associated with altered metabolomic signatures in women with gestational diabetes.
Diabetologia 59, 2193-2202 (2016)
Hilsenbeck, O. ; Schwarzfischer, M. ; Skylaki, S. ; Schauberger, B. ; Hoppe, P.S. ; Loeffler, D. ; Kokkaliaris, K.D. ; Hastreiter, S. ; Skylaki, E. ; Filipczyk, A. ; Strasser, M. ; Buggenthin, F. ; Feigelman, J. ; Krumsiek, J. ; van den Berg, A.J. ; Endele, M. ; Etzrodt, M. ; Marr, C. ; Theis, F.J. ; Schroeder, T.
Software tools for single-cell tracking and quantification of cellular and molecular properties.
Nat. Biotechnol. 34, 703-706 (2016)
Hoppe, P.S. ; Schwarzfischer, M. ; Loeffler, D. ; Kokkaliaris, K.D. ; Hilsenbeck, O. ; Moritz, N. ; Endele, M. ; Filipczyk, A. ; Gambardella, A. ; Ahmed, N. ; Etzrodt, M. ; Coutu, D.L. ; Rieger, M.A. ; Marr, C. ; Strasser, M. ; Schauberger, B. ; Burtscher, I. ; Ermakova, O. ; Bürger, A. ; Lickert, H. ; Nerlov, C. ; Theis, F.J. ; Schroeder, T.
Early myeloid lineage choice is not initiated by random PU.1 to GATA1 protein ratios.
Nature 535, 299-302 (2016)
Scheel, C. ; Linnemann, J.R. ; Miura, H. ; Meixner, L.K. ; Irmier, M. ; Kloos, U.J. ; Hirschi, B. ; Bartsch, H.S. ; Sass, S. ; Beckers, J. ; Theis, F.J. ; Gabka, C. ; Sotlar, K.
A force-sensitive organoid assay to quantify regenerative potential of single primary human mammary cells.
Cancer Res. 76:P1-06-02 (2016)
Garzorz-Stark, N. ; Krause, L. ; Lauffer, F. ; Atenhan, A. ; Thomas, J. ; Stark, S.P. ; Franz, R. ; Weidinger, S. ; Balato, A. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Ring, J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Biedermann, T. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
A novel molecular disease classifier for psoriasis and eczema.
Exp. Dermatol. 25, 767-774 (2016)
Styczynski, M.P. ; Theis, F.J.
Systems biology - the intersection of experiments and computation, underpinning biotechnology.
Curr. Opin. Biotechnol. 39, IV-VI (2016)
Krause, L. ; Mourantchanian, V. ; Brockow, K. ; Theis, F.J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Knapp, B. ; Müller, N.S. ; Eyerich, S.
A computational model to predict severity of atopic eczema from 30 serum proteins.
J. Allergy Clin. Immunol. 138, 1207-1210.e2 (2016)
Theis, F.J.
Das ist der Zyklus der Systembiologie.
Laborjournal 23, 22-25 (2016)
Krumsiek, J. ; Bartel, J. ; Theis, F.J.
Computational approaches for systems metabolomics.
Curr. Opin. Biotechnol. 39, 198-206 (2016)
Geissen, E.M. ; Hasenauer, J. ; Heinrich, S. ; Hauf, S. ; Theis, F.J. ; Radde, N.
MEMO - multi-experiment mixture model analysis of censored data.
Bioinformatics 32, 2464-2472 (2016)
Kondofersky, I. ; Theis, F.J. ; Fuchs, C.
Inferring catalysis in biological systems.
IET Syst. Biol. 10, 210-218 (2016)
Rolle-Kampczyk, U.E. ; Krumsiek, J. ; Otto, W. ; Röder, S.W. ; Kohajda, T. ; Borte, M. ; Theis, F.J. ; Lehmann, I. ; von Bergen, M.
Metabolomics reveals effects of maternal smoking on endogenous metabolites from lipid metabolism in cord blood of newborns.
Metabolomics 12:76 (2016)
Haffner, I. ; Luber, B. ; Maier, D. ; Geier, B. ; Theis, F.J. ; Meyer-Hermann, M. ; Walch, A.K. ; Kretzschmar, A.K. ; von Weikersthal, L.F. ; Knorrenschild, J.R. ; Schierle, K. ; Wittekind, C. ; Lordick, F.
Clinical validation of response and resistance factor candidates to targeted therapy in Gastric Cancer (GC).
Oncol. Res. Treat. 39, 16-17 (2016)
Preusse, M. ; Theis, F.J. ; Müller, N.S.
miTALOS v2: Analyzing tissue specific microRNA function.
PLoS ONE 11:e0151771 (2016)
Huypens, P. ; Sass, S. ; Wu, M. ; Dyckhoff, D. ; Tschöp, M.H. ; Theis, F.J. ; Marschall, S. ; Hrabě de Angelis, M. ; Beckers, J.
Epigenetic germline inheritance of diet-induced obesity and insulin resistance.
Nat. Genet. 48, 497-499 (2016)
Laimighofer, M. ; Krumsiek, J. ; Buettner, F. ; Theis, F.J.
Unbiased prediction and feature selection in high-dimensional survival regression.
J. Comput. Biol. 23, 279-290 (2016)
Kazeroonian, A. ; Fröhlich, F. ; Raue, A. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
CERENA: ChEmical REaction Network Analyzer - a toolbox for the simulation and analysis of stochastic chemical kinetics.
PLoS ONE 11:e0146732 (2016)
Jung, B. ; Padula, D. ; Burtscher, I. ; Landerer, C. ; Lutter, D. ; Theis, F.J. ; Messias, A.C. ; Geerlof, A. ; Sattler, M. ; Kremmer, E. ; Boldt, K. ; Ueffing, M. ; Lickert, H.
Pitchfork and Gprasp2 target smoothened to the primary cilium for Hedgehog pathway activation.
PLoS ONE 11:e0149477 (2016)
Stojcheva, N. ; Schechtmann, G. ; Sass, S. ; Roth, P. ; Florea, A.M. ; Stefanski, A. ; Stühler, K. ; Wolter, M. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J. ; Weller, M.G. ; Reifenberger, G. ; Happold, C.
MicroRNA-138 promotes acquired alkylator resistance in glioblastoma by targeting the Bcl-2-interacting mediator BIM.
Oncotarget 7, 12937-12950 (2016)
Blasi, T. ; Feller, C. ; Feigelman, J. ; Hasenauer, J. ; Imhof, A. ; Theis, F.J. ; Becker, P.B. ; Marr, C.
Combinatorial histone acetylation patterns are generated by motif-specific reactions.
Cell Syst. 2, 49-58 (2016)
Blasi, T. ; Hennig, H. ; Summers, H.D. ; Theis, F.J. ; Cerveira, J. ; Patterson, J.O. ; Davies, D. ; Filby, A. ; Carpenter, A.E. ; Rees, P.
Label-free cell cycle analysis for high-throughput imaging flow cytometry.
Nat. Commun. 7:10256 (2016)
Hug, S. ; Schmidl, D. ; Li, W.B. ; Greiter, M. ; Theis, F.J.
Bayesian model selection methods and their application to biological ODE systems.
In: Geris, L.* ; Gomez-Cabrero, D.* [Eds.]: Uncertainty in Biology : A Computational Modeling Approach. Berlin; Heidelberg: Springer, 2016. 243-268 (Stud. Mechanobiol. Tiss. Engineering Biomater. ; 17)
Angerer, P. ; Haghverdi, L. ; Büttner, M. ; Theis, F.J. ; Marr, C. ; Buettner, F.
Destiny: Diffusion maps for large-scale single-cell data in R.
Bioinformatics 32, 1241-1243 (2016)
Willmann, S. ; Müller, N.S. ; Engert, S. ; Sterr, M. ; Burtscher, I. ; Raducanu, A. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Sass, S. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.
The global gene expression profile of the secondary transition during pancreatic development.
Mech. Dev. 139, 51-64 (2016)
Zissler, U.M. ; Chaker, A. ; Effner, R. ; Ulrich, M. ; Guerth, F. ; Piontek, G. ; Dietz, K. ; Regn, M. ; Knapp, B. ; Theis, F.J. ; Heine, H. ; Suttner, K. ; Schmidt-Weber, C.B.
Interleukin-4 and interferon-γ orchestrate an epithelial polarization in the airways.
Mucosal Immunol. 9, 917-926 (2016)
Conlon, T.M. ; Bartel, J. ; Ballweg, K. ; Günter, S. ; Prehn, C. ; Krumsiek, J. ; Meiners, S. ; Theis, F.J. ; Adamski, J. ; Eickelberg, O. ; Yildirim, A.Ö.
Metabolomics screening identifies reduced L-carnitine to be associated with progressive emphysema.
Clin. Sci. 130, 273-287 (2016)
Miettinen, J. ; Illner, K. ; Nordhausen, K. ; Oja, H. ; Taskinen, S. ; Theis, F.J.
Separation of uncorrelated stationary time series using autocovariance matrices.
J. Time Ser. Anal. 37, 337-354 (2016)
Kong, B. ; Wu, W. ; Cheng, T. ; Schlitter, A.M. ; Qian, C. ; Bruns, P. ; Jian, Z. ; Jager, C. ; Regel, I. ; Raulefs, S. ; Behler, N. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Friess, H. ; Erkan, M. ; Siveke, J.T. ; Tannapfel, A. ; Hahn, S.A. ; Theis, F.J. ; Esposito, I. ; Kleeff, J. ; Michalski, C.W.
A subset of metastatic pancreatic ductal adenocarcinomas depends quantitatively on oncogenic Kras/Mek/Erk-induced hyperactive mTOR signalling.
Gut 65, 647-657 (2016)
2015
Bartel, S. ; Schulz, N. ; Schamberger, A.C. ; Alessandrini, F. ; Pagel, P. ; Theis, F.J. ; Milger, K. ; Nößner, E. ; Stick, S.M. ; Kicic, A. ; Eickelberg, O. ; Freishtat, R.J. ; Krauss-Etschmann, S.
SEC14-like 3 is decreased in airway ciliated cells in experimental and paediatric asthma.
In:. 2015. 69-A24 (Pneumologe)
Sass, S. ; Pitea, A. ; Unger, K. ; Hess, J. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J.
MicroRNA-target network inference and local network enrichment analysis identify two microRNA clusters with distinct functions in head and neck squamous cell carcinoma.
Int. J. Mol. Sci. 16, 30204-30222 (2015)
Wang, L. ; Belagiannis, V. ; Marr, C. ; Theis, F.J. ; Yang, G.Z. ; Navab, N.
Anatomic-landmark detection using graphical context modelling.
In: Proceedings (12th IEEE International Symposium on Biomedical Imaging, ISBI 2015, 16-19 April 2015, Brooklyn, United States). 2015. 1304-1307
Loos, C. ; Marr, C. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Approximate bayesian computation for stochastic single-cell time-lapse data using multivariate test statistics.
Lect. Notes Comput. Sc. 9308, 52-63 (2015)
Marr, C. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J.
Models and methods for systems biology and systems medicine: The Institute of Computational Biology at the Helmholtz Zentrum München.
Systembiologie.de 9, 40-43 (2015)
Preusse, M. ; Marr, C. ; Saunders, S. ; Maticzka, D. ; Lickert, H. ; Backofen, R. ; Theis, F.J.
SimiRa: A tool to identify coregulation between microRNAs and RNA-binding proteins.
RNA Biol. 12, 998-1009 (2015)
Filipczyk, A. ; Marr, C. ; Hastreiter, S. ; Feigelman, J. ; Schwarzfischer, M. ; Hoppe, P.S. ; Loeffler, D. ; Kokkaliaris, K.D. ; Endele, M. ; Schauberger, B. ; Hilsenbeck, O. ; Skylaki, S. ; Hasenauer, J. ; Anastassiadis, K. ; Theis, F.J. ; Schroeder, T.
Network plasticity of pluripotency transcription factors in embryonic stem cells.
Nat. Cell Biol. 17, 1235-1246 (2015)
Strasser, M. ; Feigelman, J. ; Theis, F.J. ; Marr, C.
Inference of spatiotemporal effects on cellular state transitions from time-lapse microscopy.
BMC Syst. Biol. 9:61 (2015)
Ilmonen, P. ; Nordhausen, K. ; Oja, H. ; Theis, F.J.
An affine equivariant robust second-order BSS method.
Lect. Notes Comput. Sc. 9237, 328-335 (2015)
Garzorz, N.V. ; Krause, L. ; Lauffer, F. ; Atenhan, A. ; Thomas, J. ; Theis, F.J. ; Biedermann, T. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
Molecular diagnostics of psoriasis and eczema-a novel approach to establish personalised therapy.
J. Invest. Dermatol. 135, S1 (2015)
Meyer, S.U. ; Sass, S. ; Müller, N.S. ; Krebs, S. ; Bauersachs, S. ; Kaiser, S. ; Blum, H. ; Thirion, C. ; Krause, S. ; Theis, F.J. ; Pfaffl, M.W.
Integrative analysis of MicroRNA and mRNA data reveals an orchestrated function of MicroRNAs in skeletal myocyte differentiation in response to TNF-α or IGF1.
PLoS ONE 10:e0135284 (2015)
Krumsiek, J. ; Mittelstraß, K. ; Do, K.T. ; Stückler, F. ; Ried, J.S. ; Adamski, J. ; Peters, A. ; Illig, T. ; Kronenberg, F. ; Friedrich, N. ; Nauck, M. ; Pietzner, M. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Suhre, K. ; Gieger, C. ; Grallert, H. ; Theis, F.J. ; Kastenmüller, G.
Gender-specific pathway differences in the human serum metabolome.
Metabolomics 11, 1815-1833 (2015)
Müller, S. ; Raulefs, S. ; Bruns, P. ; Afonso-Grunz, F. ; Plötner, A. ; Thermann, R. ; Jager, C. ; Schlitter, A.M. ; Kong, B. ; Regel, I. ; Roth, W.K. ; Rotter, B. ; Hoffmeier, K. ; Kahl, G.F. ; Koch, I. ; Theis, F.J. ; Kleeff, J. ; Winter, P. ; Michalski, C.W.
Erratum to: Next-generation sequencing reveals novel differentially regulated mRNAs, lncRNAs, miRNAs, sdRNAs and a piRNA in pancreatic cancer.
Mol. Cancer 14:144 (2015)
Raue, A. ; Steiert, B. ; Schelker, M. ; Kreutz, C. ; Maiwald, T. ; Hass, H. ; Vanlier, J. ; Tönsing, C. ; Adlung, L. ; Engesser, R. ; Mader, W. ; Heinemann, T. ; Hasenauer, J. ; Schilling, M. ; Höfer, T. ; Klipp, E. ; Theis, F.J. ; Klingmüller, U. ; Schöberl, B. ; Timmer, J.
Data2Dynamics: A modeling environment tailored to parameter estimation in dynamical systems.
Bioinformatics 31, 3558-3560 (2015)
Hasenauer, J. ; Jagiella, N. ; Hross, S. ; Theis, F.J.
Data-driven modelling of biological multi-scale processes.
J. Coupled Syst. Multiscale Dyn. 3, 101-121 (2015)
Masserdotti, G. ; Gillotin, S. ; Sutor, B. ; Drechsel, D. ; Irmler, M. ; Jørgensen, H.F. ; Sass, S. ; Theis, F.J. ; Beckers, J. ; Berninger, B. ; Guillemot, F. ; Götz, M.
Transcriptional mechanisms of proneural factors and REST in regulating neuronal reprogramming of astrocytes.
Cell Stem Cell 17, 74-88 (2015)
Bartel, J. ; Krumsiek, J. ; Schramm, K. ; Adamski, J. ; Gieger, C. ; Herder, C. ; Carstensen, M. ; Peters, A. ; Rathmann, W. ; Roden, M. ; Strauch, K. ; Suhre, K. ; Kastenmüller, G. ; Prokisch, H. ; Theis, F.J.
The human blood metabolome-transcriptome interface.
PLoS Genet. 11:e1005274 (2015)
Ocone, A. ; Haghverdi, L. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J.
Reconstructing gene regulatory dynamics from high-dimensional single-cell snapshot data.
Bioinformatics 31, i89-i96 (2015)
Linnemann, J. ; Miura, H. ; Meixner, L.K. ; Irmler, M. ; Kloos, U. ; Hirschi, B. ; Bartsch, H.S. ; Sass, S. ; Beckers, J. ; Theis, F.J. ; Gabka, C. ; Sotlar, K. ; Scheel, C.
Quantification of regenerative potential in primary human mammary epithelial cells.
Development 142, 3239-3251 (2015)
Sadic, D. ; Schmidt, K. ; Groh, S. ; Kondofersky, I. ; Ellwart, J.W. ; Fuchs, C. ; Theis, F.J. ; Schotta, G.
Atrx promotes heterochromatin formation at retrotransposons.
EMBO Rep. 16, 836-850 (2015)
Wilson, N.K. ; Kent, D.G. ; Buettner, F. ; Shehata, M. ; Macaulay, I.C. ; Calero-Nieto, F.J. ; Sánchez Castillo, M. ; Oedekoven, C.A. ; Diamanti, E. ; Schulte, R. ; Ponting, C.P. ; Voet, T. ; Caldas, C. ; Stingl, J. ; Green, A.R. ; Theis, F.J. ; Göttgens, B.
Combined single-cell functional and gene expression analysis resolves heterogeneity within stem cell populations.
Cell Stem Cell 16, 712-724 (2015)
Haghverdi, L. ; Buettner, F. ; Theis, F.J.
Diffusion maps for high-dimensional single-cell analysis of differentiation data.
Bioinformatics 31, 2989-2998 (2015)
Barbosa, J.S. ; Sanchez-Gonzalez, R. ; di Giaimo, R. ; Baumgart, E.V. ; Theis, F.J. ; Götz, M. ; Ninkovic, J.
Live imaging of adult neural stem cell behavior in the intact and injured zebrafish brain.
Science 348, 789-793 (2015)
Kondofersky, I. ; Fuchs, C. ; Theis, F.J.
Identifying latent dynamic components in biological systems.
IET Syst. Biol. 9, 193-203 (2015)
Müller, S. ; Raulefs, S. ; Bruns, P. ; Afonso-Grunz, F. ; Plötner, A. ; Thermann, R. ; Jager, C. ; Schlitter, A.M. ; Kong, B. ; Regel, I. ; Roth, W.K. ; Rotter, B. ; Hoffmeier, K. ; Kahl, G.F. ; Koch, I. ; Theis, F.J. ; Kleeff, J. ; Winter, P. ; Michalski, C.W.
Next-generation sequencing reveals novel differentially regulated mRNAs, lncRNAs, miRNAs, sdRNAs and a piRNA in pancreatic cancer.
Mol. Cancer 14:94 (2015)
Helmbrecht, M.S. ; Soellner, H. ; Castiblanco-Urbina, M.A. ; Winzeck, S. ; Sundermeier, J. ; Theis, F.J. ; Fouad, K. ; Huber, A.B.
A critical period for postnatal adaptive plasticity in a model of motor axon miswiring.
PLoS ONE 10:e0123643 (2015)
Theis, F.J. ; Ugelvig, L.V. ; Marr, C. ; Cremer, S.
Opposing effects of allogrooming on disease transmission in ant societies.
Philos. Trans. R. Soc. B - Biol. Sci. 370, DOI: 10.1098/rstb.2014.0108 (2015)
Wahl, S. ; Vogt, S. ; Stückler, F. ; Krumsiek, J. ; Bartel, J. ; Kacprowski, T. ; Schramm, K. ; Carstensen, M. ; Rathmann, W. ; Roden, M. ; Jourdan, C. ; Kangas, A.J. ; Soininen, P. ; Ala-Korpela, M. ; Nöthlings, U. ; Boeing, H. ; Theis, F.J. ; Meisinger, C. ; Waldenberger, M. ; Suhre, K. ; Homuth, G. ; Gieger, C. ; Kastenmüller, G. ; Illig, T. ; Linseisen, J. ; Peters, A. ; Prokisch, H. ; Herder, C. ; Thorand, B. ; Grallert, H.
Multi-omic signature of body weight change: Results from a population-based cohort study.
BMC Med. 13:48 (2015)
Hug, S. ; Schwarzfischer, M. ; Hasenauer, J. ; Marr, C. ; Theis, F.J.
An adaptive scheduling scheme for calculating Bayes factors with thermodynamic integration using Simpson’s rule.
Stat. Comp. 26, 663-677 (2015)
Calzolari, F. ; Michel, J. ; Baumgart, E.V. ; Theis, F.J. ; Götz, M. ; Ninkovic, J.
Fast clonal expansion and limited neural stem cell self-renewal in the adult subependymal zone.
Nat. Neurosci. 18, 490-492 (2015)
Moignard, V. ; Woodhouse, S. ; Haghverdi, L. ; Lilly, A.J. ; Tanaka, Y. ; Wilkinson, A.C. ; Buettner, F. ; Macaulay, I.C. ; Jawaid, W. ; Diamanti, E. ; Nishikawa, S.I. ; Piterman, N. ; Kouskoff, V. ; Theis, F.J. ; Fisher, J. ; Gottgens, B.
Decoding the regulatory network of early blood development from single-cell gene expression measurements.
Nat. Biotechnol. 33, 269-276 (2015)
Illner, K. ; Miettinen, J. ; Fuchs, C. ; Taskinen, S. ; Nordhausen, K. ; Oja, H. ; Theis, F.J.
Model selection using limiting distributions of second-order blind source separation algorithms.
Signal Process. 113, 95-103 (2015)
Kong, B. ; Bruns, P. ; Raulefs, S. ; Rieder, S. ; Paul, L. ; da Costa, O.P. ; Buch, T. ; Theis, F.J. ; Michalski, C.W. ; Kleeff, J.
Metabolism gene signatures and surgical site infections in abdominal surgery.
Int. J. Surg. 14, 67-74 (2015)
Buettner, F. ; Natarajan, K.N. ; Casale, F.P. ; Proserpio, V. ; Scialdone, A. ; Theis, F.J. ; Teichmann, S.A. ; Marioni, J.C. ; Stegle, O.
Computational analysis of cell-to-cell heterogeneity in single-cell RNA-sequencing data reveals hidden subpopulations of cells.
Nat. Biotechnol. 33, 155-160 (2015)
Schmidt, J. ; Panzilius, E. ; Bartsch, H.S. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Kari, V. ; Linnemann, J. ; Dragoi, D. ; Hirschi, B. ; Kloos, U. ; Sass, S. ; Theis, F.J. ; Kahlert, S. ; Johnsen, S.A. ; Sotlar, K. ; Scheel, C.
Stem-cell-like properties and epithelial plasticity arise as stable traits after transient Twist1 activation.
Cell Rep. 10, 131-139 (2015)
Do, K.T. ; Kastenmüller, G. ; Mook-Kanamori, D.O. ; Yousri, N.A. ; Theis, F.J. ; Suhre, K. ; Krumsiek, J.
Network-based approach for analyzing intra- and interfluid metabolite associations in human blood, urine, and saliva.
J. Proteome Res. 14, 1183-1194 (2015)
Sass, S. ; Buettner, F. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J.
RAMONA: A web application for gene set analysis on multilevel omics data.
Bioinformatics 31, 128-130 (2015)
2014
Kazeroonian, A. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Modeling of stochastic biological processes with non-polynomial propensities using non-central conditional moment equation.
IFAC PapersOnline 19, 1729-1735 (2014)
Reversat, A. ; Buggenthin, F. ; Merrin, J. ; Leithner, A. ; de Vries, I. ; Theis, F.J. ; Marr, C. ; Sixt, M.
Morphodynamic analysis of T lymphocyte migration in confined microenvironments.
Mol. Biol. Cell 25:P537 (2014)
Quaranta, M. ; Knapp, B. ; Garzoz, N. ; Mattii, M. ; Pullabhatla, V. ; Pennino, D. ; Andres, C. ; Traidl-Hoffmann, C. ; Cavani, A. ; Theis, F.J. ; Ring, J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
Intraindividual genome expression analysis reveals opposing immune reaction in psoriasis and eczema.
Br. J. Dermatol. 171, E135 (2014)
Fröhlich, F. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Uncertainty analysis for non-identifiable dynamical systems: Profile likelihoods, bootstrapping and more.
Lect. Notes Comput. Sc. 8859, 61-72 (2014)
Fröhlich, F. ; Hross, S. ; Theis, F.J. ; Hasenauer, J.
Radial basis function approximations of Bayesian parameter posterior densities for uncertainty analysis.
Lect. Notes Comput. Sc. 8859, 73-85 (2014)
Winkler, C. ; Krumsiek, J. ; Buettner, F. ; Angermüller, C. ; Giannopoulou, E.Z. ; Theis, F.J. ; Ziegler, A.-G. ; Bonifacio, E.
Erratum to: Feature ranking of type 1 diabetes susceptibility genes improves prediction of type 1 diabetes.
Diabetologia 58, 206 (2014)
Waldera-Lupa, D.M. ; Kalfalah, F. ; Florea, A.M. ; Sass, S. ; Kruse, F.E. ; Rieder, V. ; Tigges, J. ; Fritsche, E. ; Krutmann, J. ; Busch, H. ; Boerries, M. ; Meyer, H.E. ; Boege, F. ; Theis, F.J. ; Reifenberger, G. ; Stühler, K.
Proteome-wide analysis reveals an age-associated cellular phenotype of in situ aged human fibroblasts.
Aging 6, 856-878 (2014)
Khakhutskyy, V. ; Schwarzfischer, M. ; Hubig, N. ; Plant, C. ; Marr, C. ; Rieger, M.A. ; Schröder, T. ; Theis, F.J.
Centroid clustering of cellular lineage trees.
Lect. Notes Comput. Sc. 8649, 15-29 (2014)
Illner, K. ; Fuchs, C. ; Theis, F.J.
Bayesian blind source separation applied to the lymphocyte pathway.
In: Gillli, M.* ; Gonzalez-Rodriguez, G.* ; Nieto-Reyes, A.* [Eds.]: Proccedings (21st International Conference on Computational Statistics (COMPSTAT2014), 19-22 August 2014, Geneva, Switzerland). 2014. 625-632
Illner, K. ; Fuchs, C. ; Theis, F.J.
Single-cell analysis: Biology at high resolution.
Sep. Sci. Appl. 34, 24-26 (2014)
Illner, K. ; Fuchs, C. ; Theis, F.J.
Einzelzellanalysen: Biologie in Hochauflösung.
GIT Fachz. Lab. 9, 28-30 (2014)
Illner, K. ; Fuchs, C. ; Theis, F.J.
Bayesian blind source separation for data with network structure.
J. Comput. Biol. 21, 855-865 (2014)
Röck, K. ; Tigges, J. ; Sass, S. ; Schütze, A. ; Florea, A.M. ; Fender, A.C. ; Theis, F.J. ; Krutmann, J. ; Boege, F. ; Fritsche, E. ; Reifenberger, G. ; Fischer, J.W.
miR-23a-3p causes cellular senescence by targeting hyaluronan synthase2: Possible implication for skin aging.
J. Invest. Dermatol. 135, 369-377 (2014)
Bartel, S. ; Schulz, N. ; Alessandrini, F. ; Theis, F.J. ; Eickelberg, O. ; Kicic, A. ; Freishtat, R.J. ; Krauss-Etschmann, S.
MicroRNA-based identification of epithelial SEC14L3 loss in experimental and human paediatric asthma.
Allergy 69, 40-41 (2014)
Winkler, C. ; Krumsiek, J. ; Buettner, F. ; Angermüller, C. ; Giannopoulou, E.Z. ; Theis, F.J. ; Ziegler, A.-G. ; Bonifacio, E.
Feature ranking of type 1 diabetes susceptibility genes improves prediction of type 1 diabetes.
Diabetologia 57, 2521-2529 (2014)
Matthes, M. ; Preusse, M. ; Zhang, J. ; Schechter, J. ; Mayer, D. ; Lentes, B. ; Theis, F.J. ; Prakash, N. ; Wurst, W. ; Trümbach, D.
Mouse IDGenes: A reference database for genetic interactions in the developing mouse brain.
Database 2014:bau083 (2014)
Thalheimer, F.B. ; Wingert, S. ; de Giacomo, P. ; Haetscher, N. ; Brill, B. ; Theis, F.J. ; Hennighausen, L. ; Schroeder, T. ; Rieger, M.
Cytokine-regulated GADD45G induces differentiation and lineage selection in hematopoietic stem cells.
Exp. Hematol. 42, S57 (2014)
Moignard, V. ; Woodhouse, S. ; Haghverdi, L. ; Lilly, J. ; Tanaka, Y. ; Wilkinson, A. ; Buettner, F. ; Nishikawa, S. ; Piterman, N. ; Kouskoff, V. ; Theis, F.J. ; Fisher, J. ; Göttgens, B.
Decoding the transcriptional program for blood development from whole tissue single-cell gene expression measurements.
Exp. Hematol. 42, S52 (2014)
Vinnikov, I.A. ; Hajdukiewicz, K. ; Reymann, J. ; Beneke, J. ; Czajkowski, R. ; Roth, L.C. ; Novak, M. ; Roller, A. ; Dörner, N. ; Starkuviene, V. ; Theis, F.J. ; Erfle, H. ; Schütz, G. ; Grinevich, V. ; Konopka, W.
Hypothalamic miR-103 protects from hyperphagic obesity in mice.
J. Neurosci. 34, 10659-10674 (2014)
Garzorz-Stark, N. ; Knapp, B. ; Quaranta, M. ; Mattii, M. ; Theis, F.J. ; Ring, J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
Eczema ≠ eczema: The transcriptional heterogeneity of eczema.
Br. J. Dermatol. 170, E19 (2014)
Quaranta, M. ; Eyerich, S. ; Knapp, B. ; Nasorri, F. ; Scarponi, C. ; Mattii, M. ; Garzorz-Stark, N. ; Harlfinger, A.T. ; Jaeger, T. ; Grosber, M. ; Pennino, D. ; Mempel, M. ; Schnopp, C. ; Theis, F.J. ; Albanesi, C. ; Cavani, A. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Ring, J. ; Eyerich, K.
Allergic contact dermatitis in psoriasis patients: Typical, delayed, and non-interacting.
PLoS ONE 9:e101814 (2014)
Feigelman, J. ; Theis, F.J. ; Marr, C.
MCA: Multiresolution Correlation Analysis, a graphical tool for subpopulation identification in single-cell gene expression data.
BMC Bioinformatics 15:240 (2014)
Quaranta, M. ; Knapp, B. ; Garzorz-Stark, N. ; Mattii, M. ; Pullabhatla, V. ; Pennino, D. ; Andres, C. ; Traidl-Hoffmann, C. ; Cavani, A. ; Theis, F.J. ; Ring, J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
Intraindividual genome expression analysis reveals a specific molecular signature of psoriasis and eczema.
Sci. Transl. Med. 6:244ra90 (2014)
Garzorz, N.V. ; Quaranta, M. ; Knapp, B. ; Mattii, M. ; Andres, C. ; Theis, F.J. ; Ring, J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
Intra-individual genome expression analysis reveals a specific molecular signature of psoriasis and eczema.
J. Invest. Dermatol. 134, S1 (2014)
Hasenauer, J. ; Hasenauer, C. ; Hucho, T. ; Theis, F.J.
ODE constrained mixture modelling: A method for unraveling subpopulation structures and dynamics.
PLoS Comput. Biol. 10:e1003686 (2014)
Thalheimer, F.B. ; Wingert, S. ; de Giacomo, P. ; Haetscher, N. ; Rehage, M. ; Brill, B. ; Theis, F.J. ; Hennighausen, L. ; Schroeder, T. ; Rieger, M.A.
Cytokine-regulated GADD45G induces differentiation and lineage selection in hematopoietic stem cells.
Stem Cell Rep. 3, 34-43 (2014)
Ried, J.S. ; Shin, S.Y. ; Krumsiek, J. ; Illig, T. ; Theis, F.J. ; Spector, T.D. ; Adamski, J. ; Wichmann, H.-E. ; Strauch, K. ; Soranzo, N. ; Suhre, K. ; Gieger, C.
Novel genetic associations with serum level metabolites identified by phenotype set enrichment analyses.
Hum. Mol. Genet. 23, 5847-5857 (2014)
Meyer, S.U. ; Stoecker, K. ; Sass, S. ; Theis, F.J. ; Pfaffl, M.W.
Posttranscriptional regulatory networks: From expression profiling to integrative analysis of mRNA and microRNA data.
Methods Mol. Biol. 1160, 165-188 (2014)
Shin, S.Y. ; Fauman, E.B. ; Petersen, A.-K. ; Krumsiek, J. ; Santos, R. ; Huang, J. ; Arnold, M. ; Erte, I. ; Forgetta, V. ; Yang, T.P. ; Walter, K. ; Menni, C. ; Chen, L. ; Vasquez, L. ; Valdes, A.M. ; Hyde, C.L. ; Wang, V. ; Ziemek, D. ; Roberts, P. ; Xi, L. ; Grundberg, E. ; Waldenberger, M. ; Richards, J.B. ; Mohney, R.P. ; Milburn, M.V. ; John, S.L. ; Trimmer, J. ; Theis, F.J. ; Overington, J.P. ; Suhre, K. ; Brosnan, M.J. ; Gieger, C. ; Kastenmüller, G. ; Spector, T.D. ; Soranzo, N.
An atlas of genetic influences on human blood metabolites.
Nat. Genet. 46, 543-550 (2014)
Quaranta, M. ; Knapp, B. ; Theis, F.J. ; Ring, J. ; Schmidt-Weber, C.B. ; Eyerich, S. ; Eyerich, K.
Intra-individual genome expression analysis reveals a specific molecular signature of psoriasis and eczema.
Exp. Dermatol. 23, E20 (2014)
Buettner, F. ; Moignard, V. ; Göttgens, B. ; Theis, F.J.
Probabilistic PCA of censored data: Accounting for uncertainties in the visualisation of high-throughput single-cell qPCR data.
Bioinformatics 30, 1867-1875 (2014)
Baumann, S. ; Rockstroh, M. ; Bartel, J. ; Krumsiek, J. ; Otto, W. ; Jungnickel, H. ; Potratz, S. ; Luch, A. ; Wilscher, E. ; Theis, F.J. ; von Bergen, M. ; Tomm, J.M.
Subtoxic concentrations of benzo[a]pyrene induce metabolic changes and oxidative stress in non-activated and affect the mTOR pathway in activated Jurkat T cells.
J. Integr. OMICS, DOI: 10.5584/jiomics.v4i1.157 (2014)
Yang, D. ; Lutter, D. ; Burtscher, I. ; Uetzmann, L. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.
miR-335 promotes mesendodermal lineage segregation and shapes a transcription factor gradient in the endoderm.
Development 141, 514-525 (2014)
Bajikar, S.S. ; Fuchs, C. ; Roller, A. ; Theis, F.J. ; Janes, K.A.
Parameterizing cell-to-cell regulatory heterogeneities via stochastic transcriptional profiles.
Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 111, E626-E635 (2014)
Bonifacio, E. ; Krumsiek, J. ; Winkler, C. ; Theis, F.J. ; Ziegler, A.-G.
A strategy to find gene combinations that identify children who progress rapidly to type 1 diabetes after islet autoantibody seroconversion.
Acta Diabetol. 51, 403-411 (2014)
Hasenauer, J. ; Wolf, V. ; Kazeroonian, A. ; Theis, F.J.
Method of conditional moments (MCM) for the chemical master equation: A unified framework for the method of moments and hybrid stochastic-deterministic models.
J. Math. Biol. 69, 687-735 (2014)
Albrecht, E. ; Waldenberger, M. ; Krumsiek, J. ; Evans, A.M. ; Jeratsch, U. ; Breier, M. ; Adamski, J. ; Koenig, W. ; Zeilinger, S. ; Fuchs, C. ; Klopp, N. ; Theis, F.J. ; Wichmann, H.-E. ; Suhre, K. ; Illig, T. ; Strauch, K. ; Peters, A. ; Gieger, C. ; Kastenmüller, G. ; Döring, A. ; Meisinger, C.
Metabolite profiling reveals new insights into the regulation of serum urate in humans.
Metabolomics 10, 141-151 (2014)
2013
Kong, B. ; Wu, W. ; Cheng, T. ; Schlitter, A.M. ; Bruns, P. ; Jaeger, C. ; Regel, I. ; Raulefs, S. ; Behler, N. ; Irmler, M. ; Beckers, J. ; Erkan, M. ; Theis, F.J. ; Esposito, I. ; Kleeff, J. ; Michalski, C.W.
Identification and characterization of an Aldh1a3-positive subtype of pancreatic ductal adenocarcinoma mediated by oncogenic Krasg12d/Erk-Mtor axis.
Pancreas 42, 1360-1361 (2013)
Kong, B. ; Behler, N. ; Bruns, P. ; Schlitter, A.M. ; Valkovska, N. ; Fritzsche, S. ; Raulefs, S. ; Regel, I. ; Erkan, M. ; Theis, F.J. ; Esposito, I. ; Kleeff, J. ; Michalski, C.W.
Pancreatic progenitor expansion, mesenchymal cell proliferation and inflammation are required during early carcinogenesis.
Pancreas 42, 1360 (2013)
Kuruoglu, E.E. ; Theis, F.J.
Dependent component analysis.
EURASIP J. Adv. Signal Process. 2013:185 (2013)
Vehlow, C. ; Hasenauer, J. ; Krämer, A. ; Raue, A. ; Hug, S. ; Timmer, J. ; Radde, N. ; Theis, F.J. ; Weiskopf, D.
iVUN: Interactive Visualization of Uncertain biochemical reaction Networks.
BMC Bioinformatics 14:S2 (2013)
Bartel, S. ; Schulz, N. ; Theis, F.J. ; Alessandrini, F. ; Takenaka, S. ; Eickelberg, O. ; Krauss-Etschmann, S.
SEC14L3 is de-regulated in murine experimental asthma via miRNA-mediated down-regulation of CREB.
Allergy 68, 233-233 (2013)
Bartel, J. ; Krumsiek, J. ; Theis, F.J.
Statistical methods for the analysis of high-throughput metabolomics data.
Comp. Struc. Biotech. J. 4:e201301009 (2013)
Kazeroonian, A. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J.
Parameter estimation for stochastic biochemical processes: A comparison of moment equation and fintie state projection.
In: Autio, R.* ; Shmulevich, I.* ; Strimmer, K.* ; Wiuf, C.* ; Sarbu, S.* ; Yli-Harja, O.* [Eds.]: Proceedings of the WCSB 2013 (10th International Workshop on Computational Systems Biology, 10 - 12 June 2013, Tampere, Finland). Tampere: Tampere International Center for Signal Processing, 2013. 66-73 (TICSP Series ; 63)
Sass, S. ; Buettner, F. ; Müller, N.S. ; Theis, F.J.
A modular framework for gene set analysis integrating multilevel omics data.
Nucleic Acids Res. 41, 9622-9633 (2013)
Buggenthin, F. ; Marr, C. ; Schwarzfischer, M. ; Hoppe, P.S. ; Hilsenbeck, O. ; Schroeder, T. ; Theis, F.J.
An automatic method for robust and fast cell detection in bright field images from high-throughput microscopy.
BMC Bioinformatics 14:297 (2013)
Raue, A. ; Schilling, M. ; Bachmann, J. ; Matteson, A. ; Schelker, M. ; Kaschek, D. ; Hug, S. ; Kreutz, C. ; Harms, B.D. ; Theis, F.J. ; Klingmüller, U. ; Timmer, J.
Lessons learned from quantitative dynamical modeling in systems biology.
PLoS ONE 8:e74335 (2013)
Bartel, S. ; Schulz, N. ; Theis, F.J. ; Alessandrini, F. ; Takenaka, S. ; Eickelberg, O. ; Krauss-Etschmann, S.
miRNA-based identification of SEC14L3 deregulation in murine experimental asthma.
Eur. Respir. J. 42 (2013)
Hock, S. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J.
Modeling of 2D diffusion processes based on microscopy data: Parameter estimation and practical identifiability analysis.
BMC Bioinformatics 14:S7 (2013)
Andres, C. ; Hasenauer, J. ; Ahn, H.S. ; Joseph, E.K. ; Isensee, J. ; Theis, F.J. ; Allgöwer, F. ; Levine, J.D. ; Dib-Hajj, S.D. ; Waxman, S.G. ; Hucho, T.
Wound-healing growth factor, basic FGF, induces Erk1/2-dependent mechanical hyperalgesia.
Pain 154, 2216-2226 (2013)
Rinck, A. ; Preusse, M. ; Laggerbauer, B. ; Lickert, H. ; Engelhardt, S. ; Theis, F.J.
The human transcriptome is enriched for miRNA-binding sites located in cooperativity-permitting distance.
RNA Biol. 10, 1125-1135 (2013)
Hock, S. ; Ng, Y.K. ; Hasenauer, J. ; Wittmann, D.M. ; Lutter, D. ; Trümbach, D. ; Wurst, W. ; Prakash, N. ; Theis, F.J.
Sharpening of expression domains induced by transcription and microRNA regulation within a spatio-temporal model of mid-hindbrain boundary formation.
BMC Syst. Biol. 7:48 (2013)
Hug, S. ; Raue, A. ; Hasenauer, J. ; Bachmann, J. ; Klingmüller, U. ; Timmer, J. ; Theis, F.J.
High-dimensional Bayesian parameter estimation: Case study for a model of JAK2/STAT5 signaling.
Math. Biosci. 246, 293-304 (2013)
Schmidl, D. ; Czado, C. ; Hug, S. ; Theis, F.J.
A vine-copula based adaptive MCMC sampler for efficient inference of dynamical systems.
Bayesian Anal. 8, 1-22 (2013)
Schmidl, D. ; Czado, C. ; Hug, S. ; Theis, F.J.
Rejoinder on "A vine-copula based adaptive MCMC sampler for efficient inference of dynamical systems".
Bayesian Anal. 8, 33-42 (2013)
Wittmann, D.M. ; Hock, S. ; Theis, F.J.
Truth-content and phase transitions of random boolean networks with generic logics.
SIAM J. Appl. Dyn. Syst. 12, 315-351 (2013)
Rickert, D. ; Fricker, N. ; Lavrik, I.N. ; Theis, F.J.
Systematic complexity reduction of signaling models and application to a CD95 signaling model for apoptosis.
In: Lavrik, I.N.* [Eds.]: Systems Biology of Apoptosis. New York: Springer, 2013. 57-84
Moignard, V. ; Macaulay, I.C. ; Swiers, G. ; Buettner, F. ; Schütte, J. ; Calero-Nieto, F.J. ; Kinston, S. ; Joshi, A. ; Hannah, R. ; Theis, F.J. ; Jacobsen, S.E. ; de Bruijn, M.F. ; Göttgens, B.
Characterization of transcriptional networks in blood stem and progenitor cells using high-throughput single-cell gene expression analysis.
Nat. Cell Biol. 15, 363-372 (2013)
Bardehle, S. ; Krüger, M. ; Buggenthin, F. ; Schwausch, J. ; Ninkovic, J. ; Clevers, H. ; Snippert, H.J. ; Theis, F.J. ; Meyer-Luehmann, M. ; Bechmann, I. ; Dimou, L. ; Götz, M.
Live imaging of astrocyte responses to acute injury reveals selective juxtavascular proliferation.
Nat. Neurosci. 16, 580-586 (2013)
Vehlow, C. ; Hasenauer, J. ; Theis, F.J. ; Weiskopf, D.
Visualizing edge-edge relations in graphs.
In: Proceedings of the 6th IEEE Pacific Visualization Symposium (IEEE PacificVis 2013 : 27.02.-01.03.2013, Sydney, Australia). Sydney, Australia: Univ. Sydney, 2013. 201-208
Ried, J.S. ; Baurecht, H. ; Stückler, F. ; Krumsiek, J. ; Gieger, C. ; Heinrich, J. ; Kabesch, M. ; Prehn, C. ; Peters, A. ; Rodriguez, E. ; Schulz, H. ; Strauch, K. ; Suhre, K. ; Wang-Sattler, R. ; Wichmann, H.-E. ; Theis, F.J. ; Illig, T. ; Adamski, J. ; Weidinger, S.
Integrative genetic and metabolite profiling analysis suggests altered phosphatidylcholine metabolism in asthma.
Allergy 68, 629-636 (2013)
Xu, T. ; Holzapfel, C. ; Dong, X. ; Bader, E. ; Yu, Z. ; Prehn, C. ; Perstorfer, K. ; Jaremek, M. ; Römisch-Margl, W. ; Rathmann, W. ; Li, Y. ; Wichmann, H.-E. ; Wallaschofski, H. ; Ladwig, K.-H. ; Theis, F.J. ; Suhre, K. ; Adamski, J. ; Illig, T. ; Peters, A. ; Wang-Sattler, R.
Effects of smoking and smoking cessation on human serum metabolite profile: Results from the KORA cohort study.
BMC Med. 11:60 (2013)
Köttgen, A. ; Albrecht, E. ; Teumer, A. ; Vitart, V. ; Krumsiek, J. ; Hundertmark, C. ; Pistis, G. ; Ruggiero, D. ; O'Seaghdha, C.M. ; Haller, T. ; Yang, Q. ; Tanaka, T. ; Johnson, A.D. ; Kutalik, Z. ; Smith, A.V. ; Shi, J. ; Struchalin, M. ; Middelberg, R.P. ; Brown, M.J. ; Gaffo, A.L. ; Pirastu, N. ; Li, G. ; Hayward, C. ; Zemunik, T. ; Huffman, J. ; Yengo, L. ; Zhao, J.H. ; Demirkan, A. ; Feitosa, M.F. ; Liu, X. ; Malerba, G. ; Lopez, L.M. ; van der Harst, P. ; Li, X. ; Kleber, M.E. ; Hicks, A.A. ; Nolte, I.M. ; Johansson, A. ; Murgia, F. ; Wild, S.H. ; Bakker, S.J. ; Peden, J.F. ; Dehghan, A. ; Steri, M. ; Tenesa, A. ; Lagou, V. ; Salo, P. ; Mangino, M. ; Rose, L.M. ; Lehtimäki, T. ; Woodward, O.M. ; Okada, Y. ; Tin, A. ; Müller, C. ; Oldmeadow, C. ; Putku, M. ; Czamara, D. ; Kraft, P. ; Frogheri, L. ; Thun, G.A. ; Grotevendt, A. ; Gislason, G.K. ; Harris, T.B. ; Launer, L.J. ; McArdle, P. ; Shuldiner, A.R. ; Boerwinkle, E. ; Coresh, J. ; Schmidt, H. ; Schallert, M. ; Martin, N.G. ; Montgomery, G.W. ; Kubo, M. ; Nakamura, Y. ; Munroe, P.B. ; Samani, N.J. ; Jacobs, D.R. J.r. ; Liu, K. ; D'Adamo, P. ; Ulivi, S. ; Rotter, J.I. ; Psaty, B.M. ; Vollenweider, P. ; Waeber, G. ; Campbell, S. ; Devuyst, O. ; Navarro, P. ; Kolcic, I. ; Hastie, N. ; Balkau, B. ; Froguel, P. ; Esko, T. ; Salumets, A. ; Khaw, K.T. ; Langenberg, C. ; Wareham, N.J. ; Isaacs, A. ; Kraja, A. ; Zhang, Q. ; Wild, P.S. ; Scott, R.J. ; Holliday, E.G. ; Org, E. ; Viigimaa, M. ; Bandinelli, S. ; Metter, J.E. ; Lupo, A. ; Trabetti, E. ; Sorice, R. ; Döring, A. ; Lattka, E. ; Strauch, K. ; Theis, F.J. ; Waldenberger, M. ; Wichmann, H.-E. ; Davies, G. ; Gow, A.J. ; Bruinenberg, M. ; LifeLines Cohort Study () ; Stolk, R.P. ; Kooner, J.S. ; Zhang, W. ; Winkelmann, B.R. ; Boehm, B.O. ; Lucae, S. ; Penninx, B.W. ; Smit, J.H. ; Curhan, G. ; Mudgal, P. ; Plenge, R.M. ; Portas, L. ; Persico, I. ; Kirin, M. ; Wilson, J.F. ; Leach, I.M. ; van Gilst, W.H. ; Goel, A. ; Ongen, H. ; Hofman, A. ; Rivadeneira, F. ; Uitterlinden, A.G. ; Imboden, M. ; von Eckardstein, A. ; Cucca, F. ; Nagaraja, R. ; Piras, M.G. ; Nauck, M. ; Schurmann, C. ; Budde, K. ; Ernst, F. ; Farrington, S.M. ; Theodoratou, E. ; Prokopenko, I. ; Stumvoll, M. ; Jula, A. ; Perola, M. ; Salomaa, V. ; Shin, S.Y. ; Spector, T.D. ; Sala, C. ; Ridker, P.M. ; Kähönen, M. ; Viikari, J. ; Hengstenberg, C. ; Nelson, C.P. ; Gieger, C. ; CARDIoGRAM Consortium (Wichmann, H.-E. ; Illig, T. ; Döring, A. ; Meisinger, C. ; Klopp, N. ; Peters, A. ; Meitinger, T.) ; DIAGRAM Consortium (Huth, C. ; Thorand, B. ; Meitinger, T. ; Gieger, C. ; Klopp, N. ; Grallert, H. ; Wichmann, H.-E. ; Illig, T. ; Petersen, A.-K.) ; ICBP Consortium () ; MAGIC Investigators (Wichmann, H.-E. ; Illig, T. ; Meisinger, C. ; Gieger, C. ; Thorand, B. ; Grallert, H.) ; Meschia, J.F. ; Nalls, M.A. ; Sharma, P. ; Singleton, A.B. ; Kamatani, N. ; Zeller, T. ; Burnier, M. ; Attia, J. ; Laan, M. ; Klopp, N. ; Hillege, H.L. ; Kloiber, S. ; Choi, H. ; Pirastu, M. ; Tore, S. ; Probst-Hensch, N.M. ; Völzke, H. ; Gudnason, V. ; Parsa, A. ; Schmidt, R. ; Whitfield, J.B. ; Fornage, M. ; Gasparini, P. ; Siscovick, D.S. ; Polasek, O. ; Campbell, H. ; Rudan, I. ; Bouatia-Naji, N. ; Metspalu, A. ; Loos, R.J. ; van Duijn, C.M. ; Borecki, I.B. ; Ferrucci, L. ; Gambaro, G. ; Deary, I.J. ; Wolffenbuttel, B.H. ; Chambers, J.C. ; Marz, W. ; Pramstaller, P.P. ; Snieder, H. ; Gyllensten, U. ; Wright, A.F. ; Navis, G. ; Watkins, H. ; Witteman, J.C. ; Sanna, S. ; Schipf, S. ; Dunlop, M.G. ; Tönjes, A. ; Ripatti, S. ; Soranzo, N. ; Toniolo, D. ; Chasman, D.I. ; Raitakari, O. ; Kao, W.H. ; Ciullo, M. ; Fox, C.S. ; Caulfield, M. ; Bochud, M.
Genome-wide association analyses identify 18 new loci associated with serum urate concentrations.
Nat. Genet. 45, 145-154 (2013)
Altmaier, E. ; Emeny, R.T. ; Krumsiek, J. ; Lacruz, M.E. ; Lukaschek, K. ; Häfner, S. ; Kastenmüller, G. ; Römisch-Margl, W. ; Prehn, C. ; Mohney, R.P. ; Evans, A.M. ; Milburn, M.V. ; Illig, T. ; Adamski, J. ; Theis, F.J. ; Suhre, K. ; Ladwig, K.-H.
Metabolomic profiles in individuals with negative affectivity and social inhibition: A population-based study of Type D personality.
Psychoneuroendocrinology 38, 1299-1309 (2013)
Raue, A. ; Kreutz, C. ; Theis, F.J. ; Timmer, J.
Joining forces of Bayesian and frequentist methodology: A study for inference in the presence of non-identiability.
Philos. Trans. R. Soc. A - Math. Phys. Eng. Sci. 371:20110544 (2013)
2012
Cichocki, A. ; Theis, F.J. ; Yeredor, A. ; Zibulevsky, M.
Preface.
Lect. Notes Comput. Sc. 7191, V-VII (2012)
Gutch, H.W. ; Gruber, P. ; Yeredor, A. ; Theis, F.J.
ICA over finite fields - separability and algorithms.
Signal Process. 92, 1796-1808 (2012)
Ruepp, A. ; Kowarsch, A. ; Theis, F.J.
PhenomiR: MicroRNAs in human diseases and biological processes.
Methods Mol. Biol. 822, 249-260 (2012)
Nordhausen, K. ; Gutch, H.W. ; Oja, H. ; Theis, F.J.
Joint diagonalization of several scatter matrices for ICA.
In: Theis, F.J. ; Cichocki, A.* ; Yeredor, A* ; Zibulevsky, M.* [Eds.]: Proceedings (10th international conference on Latent Variable Analysis and Signal Separation). Heidelberg: Springer, 2012. 172-179 (Lecture Notes in Computer Science ; 7191)
Chursov, A. ; Kopetzky, S.J. ; Leshchiner, I. ; Kondofersky, I. ; Theis, F.J. ; Frishman, D. ; Shneider, A.
Specific temperature-induced perturbations of secondary mRNA structures are associated with the cold-adapted temperature-sensitive phenotype of influenza A virus.
RNA Biol. 9, 1266-1274 (2012)
Gutch, H.W. ; Theis, F.J.
To infinity and beyond: On ICA over Hilbert Spaces.
In: Theis, F.J. ; Cichocki, A.* ; Yeredor, A* ; Zibulevsky, M.* [Eds.]: Proceedings (10th International Conference, LVA/ICA 2012, 12-15 March 2012, Tel Aviv, Israel). Heidelberg: Springer, 2012. 180-187 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 7191)
Plant, C.C. ; Mai Thai, S. ; Shao, J. ; Theis, F.J. ; Meyer-Bäse, A. ; Böhm, C.
Measuring non-Gaussianity by phi-transformed and fuzzy histograms.
Adv. Artif. Neural Syst. 2012:962105 (2012)
Krumsiek, J. ; Stückler, F. ; Kastenmüller, G. ; Theis, F.J.
Systems biology meets metabolism.
In: Suhre, K.* [Eds.]: Genetics Meets Metabolomics: from Experiment to Systems Biology. New York: Springer, 2012. 281-313
Winkler, C. ; Krumsiek, J. ; Lempainen, J. ; Achenbach, P. ; Grallert, H. ; Giannopoulou, E.Z. ; Bunk, M. ; Theis, F.J. ; Bonifacio, E. ; Ziegler, A.-G.
A strategy for combining minor genetic susceptibility genes to improve prediction of disease in type 1 diabetes.
Genes Immun. 13, 549-555 (2012)
Krumsiek, J. ; Suhre, K. ; Evans, A.M. ; Mitchell, M.W. ; Mohney, R.P. ; Milburn, M.V. ; Wägele, B. ; Römisch-Margl, W. ; Illig, T. ; Adamski, J. ; Gieger, C. ; Theis, F.J. ; Kastenmüller, G.
Mining the unknown: A systems approach to metabolite identification combining genetic and metabolic information.
PLoS Genet. 8:e1003005 (2012)
Theis, F.J.
Bayesian fuzzy clustering of colored graphs.
In: Theis, F.J. ; Cichocki, A.* ; Yeredor, A* ; Zibulevsky, M.* [Eds.]: Proceedings (10th international conference on Latent Variable Analysis and Signal Separation). Heidelberg: Springer, 2012. 528-535 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 7191)
Hug, S. ; Theis, F.J.
Bayesian inference of latent causes in gene regulatory dynamics.
In: Theis, F.J. ; Cichocki, A.* ; Yeredor, A* ; Zibulevsky, M.* [Eds.]: Proceedings (10th international conference on Latent Variable Analysis and Signal Separation). Heidelberg: Springer, 2012. 520-527 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 7191)
Illner, K. ; Fuchs, C. ; Theis, F.J.
Blind source separation using latent gaussian graphical models.
In: Larjo, A.* ; Schober, S.* ; Farhan, M.* ; Bossert, M.* ; Yli-Harja, O.* [Eds.]: Proceedings (Ninth International Workshop on Computational Systems Biology, WCSB 2012, June 4-6, 2012, Ulm, Germany). Tampere, Finnland: Tampere International Center for Signal Processing, 2012. 43-46 (Proc. WCSB ; 61)
Gutch, H.W. ; Theis, F.J.
Uniqueness of linear factorizations into independent subspaces.
J. Multivar. Anal. 112, 48-62 (2012)
Marr, C. ; Strasser, M. ; Schwarzfischer, M. ; Schroeder, T. ; Theis, F.J.
Multi-scale modeling of GMP differentiation based on single-cell genealogies.
FEBS J. 279, 3488-3500 (2012)
Petersen, A.-K. ; Krumsiek, J. ; Wägele, B. ; Theis, F.J. ; Wichmann, H.-E. ; Gieger, C. ; Suhre, K.
On the hypothesis-free testing of metabolite ratios in genome-wide and metabolome-wide association studies.
BMC Bioinformatics 13:120 (2012)
Schmidl, D. ; Hug, S. ; Li, W.B. ; Greiter, M. ; Theis, F.J.
Bayesian model selection validates a biokinetic model for zirconium processing in humans.
BMC Syst. Biol. 6:95 (2012)
Buettner, F. ; Theis, F.J.
A novel approach for resolving differences in single-cell gene expression patterns from zygote to blastocyst.
Bioinformatics 28, i626-i632 (2012)
Sterz, K. ; Scherer, G. ; Krumsiek, J. ; Theis, F.J. ; Ecker, J.
Identification and quantification of 1-hydroxybutene-2-yl mercapturic acid in human urine by UPLC- HILIC-MS/MS as a novel biomarker for 1,3-butadiene exposure.
Chem. Res. Toxicol. 25, 1565-1567 (2012)
Peng, C. ; Li, N. ; Ng, Y.K. ; Zhang, J. ; Meier, F. ; Theis, F.J. ; Merkenschlager, M. ; Chen, W. ; Wurst, W. ; Prakash, N.
A unilateral negative feedback loop between miR-200 microRNAs and Sox2/E2F3 controls neural progenitor cell-cycle exit and differentiation.
J. Neurosci. 32, 13292-13308 (2012)
Krumsiek, J. ; Suhre, K. ; Illig, T. ; Adamski, J. ; Theis, F.J.
Bayesian independent component analysis recovers pathway signatures from blood metabolomics data.
J. Proteome Res. 11, 4120-4131 (2012)
Jourdan, C. ; Petersen, A.-K. ; Gieger, C. ; Döring, A. ; Illig, T. ; Wang-Sattler, R. ; Meisinger, C. ; Peters, A. ; Adamski, J. ; Prehn, C. ; Suhre, K. ; Altmaier, E. ; Kastenmüller, G. ; Römisch-Margl, W. ; Theis, F.J. ; Krumsiek, J. ; Wichmann, H.-E. ; Linseisen, J.
Body fat free mass is associated with the serum metabolite profile in a population-based study.
PLoS ONE 7:e40009 (2012)
Konrad, M. ; Vyleta, M.L. ; Theis, F.J. ; Stock, M. ; Tragust, S. ; Klatt, M. ; Drescher, V. ; Marr, C. ; Ugelvig, L.V. ; Cremer, S.
Social transfer of pathogenic fungus promotes active immunisation in ant colonies.
PLoS Biol. 10:e1001300 (2012)
Strasser, M. ; Theis, F.J. ; Marr, C.
Stability and multiattractor dynamics of a toggle switch based on a two-stage model of stochastic gene expression.
Biophys. J. 102, 19-29 (2012)
Krug, S. ; Kastenmüller, G. ; Stückler, F. ; Rist, M.J. ; Skurk, T. ; Sailer, M. ; Raffler, J. ; Römisch-Margl, W. ; Adamski, J. ; Prehn, C. ; Frank, T. ; Engel, K.-H. ; Hofmann, T. ; Luy, B. ; Zimmermann, R. ; Moritz, F. ; Schmitt-Kopplin, P. ; Krumsiek, J. ; Kremer, W. ; Huber, F. ; Oeh, U. ; Theis, F.J. ; Szymczak, W. ; Hauner, H. ; Suhre, K. ; Daniel, H.
The dynamic range of the human metabolome revealed by challenges.
FASEB J. 26, 2607-2619 (2012)
Meyer-Bäse, A. ; Cappendijk, S. ; Theis, F.J.
Uncertain gene regulatory networks simplified by gramian-based approach.
In: Arabnia, H.R.* ; Tran, Q.-N.* [Eds.]: Proceedings (2011 International Conference on Bioinformatics & Computational Biology (BIOCOMP '11), 18-21 July 2011, Las Vegas, USA). Athens, GA, USA: CSREA Press, 2012. 751-759
Lutter, D. ; Bruns, P. ; Theis, F.J.
An ensemble approach for inferring semi-quantitative regulatory dynamics for the differentiation of mouse embryonic stem cells using prior knowledge.
In: Goryanin, I.I.* ; Goryachev, A.B.* [Eds.]: Advances in Systems Biology. New York: Springer, 2012. 247-260 (Adv. Exp. Med. Biol. ; 736)
Grady, D. ; Brune, R. ; Thiemann, C. ; Theis, F.J. ; Brockmann, D.
Modularity maximization and tree clustering: Novel ways to determine effective geographic borders.
In: Thai, M.T.* ; Pardalos, P.M.* [Eds.]: Handbook of Optimization in Complex Networks. Theory and Applications. New York, NJ: Springer, 2012. 169-208 (Optimization and Its Applications ; 57)
Burtscher, I. ; Barkey, W. ; Schwarzfischer, M. ; Theis, F.J. ; Lickert, H.
The Sox17-mCherry fusion mouse line allows visualization of endoderm and vascular endothelial development.
Genesis 50, 496-505 (2012)
2011
Vincent, E. ; Araki, S. ; Theis, F.J. ; Nolte, G. ; Bofill, P. ; Sawada, H. ; Ozerov, A. ; Gowreesunker, V. ; Lutter, D. ; Duong, N.Q.K.
The signal separation evaluation campaign (2007-2010): Achievements and remaining challenges.
Signal Process. 92, 1928-1936 (2011)
Meyer-Bäse, A. ; Plant, C. ; Krumsiek, J. ; Theis, F.J. ; Emmett, M. ; Conrad, C.A.
Stability analysis of hybrid stochastic gene regulatory networks.
In: Arabnia, H.R.* ; Tran, Q.-N.* [Eds.]: Proceedings (The 2011 International Conference on Bioinformatics and Computational Biology). Elsevier, 2011. ( ; Proceedings of BIOCOMP'11)
Lang, E.W. ; Schachtner, R. ; Lutter, D. ; Herold, D. ; Kodewitz, A. ; Blöchl, F. ; Theis, F.J. ; Keck, I.R. ; Górriz Sáez, J.M. ; Gomez, P. ; Gómez Vilda, P. ; Tomé, A.M.
Exploratory matrix factorization techniques for large scale biomedical data sets.
In: Górriz, J.M.* ; Lang, E.W.* ; Ramirez, J.* [Eds.]: Recent Advances in Biomedical Signal Processing. Sharjah: Bentham Science, 2011. 26-47
Theis, F.J. ; Kawanabe, M. ; Müller, K.-R.
Uniqueness of non-Gaussianity-based dimension reduction.
IEEE Trans. Signal Process. 59, 4478 - 4482 (2011)
Breindl, C. ; Waldherr, S. ; Wittmann, D.M. ; Theis, F.J. ; Allgoewer, F.
Steady-state robustness of qualitative gene regulation networks.
Int. J. Robust Nonlin. 21, 1742-1758 (2011)
Müller, N.S. ; Krumsiek, J. ; Theis, F.J. ; Böhm, C. ; Meyer-Bäse, A.
Gaussian graphical modeling reveals specific lipid correlations in glioblastoma cells.
Proc. SPIE 8058:805819 (2011)
Schwarzfischer, M. ; Marr, C. ; Krumsiek, J. ; Hoppe, P.S. ; Schroeder, T. ; Theis, F.J.
Efficient fluorescence image normalization for time lapse movies.
In: Proceedings (Microscopic Image Analysis with Applications in Biology, 2nd September 2011, Heidelberg, Germany). Heidelberg: MIAAB, 2011. http://www.miaab.org/miaab-2011-
Blöchl, F. ; Theis, F.J. ; Vega-Redondo, F. ; Fisher, E.
Vertex centralities in input-output networks reveal the structure of modern economies.
Phys. Rev. E 83:046127 (2011)
Krumsiek, J. ; Wittmann, D.M. ; Theis, F.J.
From discrete to continuous gene regulation models - a tutorial using the odefy toolbox.
Applications of MATLAB in Science and Engineering. Rijeka: InTech, 2011. 35-60
Kowarsch, A. ; Preusse, M. ; Marr, C. ; Theis, F.J.
miTALOS: Analyzing the tissue-specific regulation of signaling pathways by human and mouse microRNAs.
RNA 17, 809-819 (2011)
Theis, F.J. ; Latif, N. ; Wong, P. ; Frishman, D.
Complex principal component and correlation structure of 16 yeast genomic variables.
Mol. Biol. Evol. 28, 2501-2512 (2011)
Wittmann, D.M. ; Theis, F.J.
Dynamic regimes of random fuzzy logic networks.
New J. Phys. 13:013041 (2011)
Gutch, H.W. ; Krumsiek, J. ; Theis, F.J.
An ISA algorithm with unknown group sizes successfully identifies biologically meaningful clusters in metabolomics data.
In: Eur. Signal Process. Conf (19th European Signal Processing Conference, 29 August - 2 September 2011, Barcelona). Barcelona: EUSIPCO, 2011. 1733-1737
Sass, S. ; Dietmann, S. ; Burk, U.C. ; Brabletz, S. ; Lutter, D. ; Kowarsch, A. ; Mayer, K.F.X. ; Brabletz, T. ; Ruepp, A. ; Theis, F.J. ; Wang, Y.
MicroRNAs coordinately regulate protein complexes.
BMC Syst. Biol. 5:136 (2011)
Hennig, H. ; Fleischmann, R. ; Fredebohm, A. ; Hagmayer, Y. ; Nagler, J. ; Witt, A. ; Theis, F.J. ; Geisel, T.
The nature and perception of fluctuations in human musical rhythms.
PLoS ONE 6:e26457 (2011)
Krumsiek, J. ; Marr, C. ; Schroeder, T. ; Theis, F.J.
Hierarchical differentiation of myeloid progenitors is encoded in the transcription factor network.
PLoS ONE 6:e22649 (2011)
Mittelstraß, K. ; Ried, J.S. ; Yu, Z. ; Krumsiek, J. ; Gieger, C. ; Prehn, C. ; Römisch-Margl, W. ; Polonikov, A. ; Peters, A. ; Theis, F.J. ; Meitinger, T. ; Kronenberg, F. ; Weidinger, S. ; Wichmann, H.-E. ; Suhre, K. ; Wang-Sattler, R. ; Adamski, J. ; Illig, T.
Discovery of sexual dimorphisms in metabolic and genetic biomarkers.
PLoS Genet. 7:e1002215 (2011)
Laaser, I. ; Theis, F.J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Kolb, H.-J. ; Adamski, J.
Huge splicing frequency in human Y chromosomal UTY gene.
OMICS 15, 141-154 (2011)
Krumsiek, J. ; Suhre, K. ; Illig, T. ; Adamski, J. ; Theis, F.J.
Gaussian graphical modeling reconstructs pathway reactions from high-throughput metabolomics data.
BMC Syst. Biol. 5:21 (2011)
Lang, E.W. ; Schachtner, R. ; Lutter, D. ; Herold, D. ; Kodewitz, A. ; Blöchl, F. ; Theis, F.J. ; Keck, I.R. ; Górriz Sáez, J.M. ; Gómez Vilda, P. ; Tomé, A.M.
Exploratory matrix factorization techniques for large scale biomedical data sets.
In: Górriz, J.M.* ; Lang, E.W.* ; Ramirez, J.* [Eds.]: Recent Advances in Biomedical Signal Processing. Oak Park, IL: Bentham Science Publishers, 2011. 26-47
Raia, V. ; Schilling, M. ; Böhm, M. ; Hahn, B. ; Kowarsch, A. ; Raue, A. ; Sticht, C. ; Bohl, S. ; Saile, M. ; Möller, P. ; Gretz, N. ; Timmer, J. ; Theis, F.J. ; Lehmann, W.D. ; Lichtner, P. ; Klingmüller, U.
Dynamic mathematical modeling of IL13-induced signaling in Hodgkin and primary mediastinal B-Cell lymphoma allows prediction of therapeutic targets.
Cancer Res. 71, 693-704 (2011)
Theis, F.J. ; Bohl, S. ; Klingmüller, U.
Theoretical analysis of time-to-peak responses in biological reaction networks.
Bull. Math. Biol. 73, 978-1003 (2011)
Baskaran, T. ; Blöchl, F. ; Brück, T. ; Theis, F.J.
The Heckscher-Ohlin model and the network structure of international trade.
Int. Rev. Econom. Finance 20, 135-145 (2011)
Blöchl, F. ; Wittmann, D.M. ; Theis, F.J.
Effective parameters determining the information flow in hierarchical biological systems.
Bull. Math. Biol. 73, 706-725 (2011)
Blöchl, F. ; Rascle, A. ; Kastner, J. ; Witzgall, R. ; Lang, E.W. ; Theis, F.J.
Are we to integrate previous information into microarray analyses? Interpretation of a Lmx1b-knockout experiment.
In: Górriz, J.M.* ; Lang, E.W.* ; Ramirez, J.* [Eds.]: Recent Advances in Biomedical Signal Processing. Hilversum: Bentham Science Publishers, 2011. 157-170
2010
Theis, F.J. ; Meyer-Bäse, A.
Foundations of medical imaging and signal recording.
In: Biomedical Signal Analysis - Contemporary Methods and Applications. Cambridge, MA: MIT Press, 2010. 1-28
Meyer-Bäse, A. ; Theis, F.J. ; Emmett, M.R.
Robust stability analysis and design under consideration of multiple feedback loops of the tryptophan regulatory network of Escherichia coli.
Adv. Exp. Med. Biol. 680, 189-197 (2010)
Kowarsch, A. ; Blöchl, F. ; Bohl, S. ; Saile, M. ; Gretz, N. ; Klingmüller, U. ; Theis, F.J.
Knowledge-based matrix factorization temporally resolves the cellular responses to IL-6 stimulation.
BMC Bioinformatics 11:585 (2010)
Wittmann, D.M. ; Marr, C. ; Theis, F.J.
Biologically meaningful update rules increase the critical connectivity of generalized Kauffman networks.
J. Theor. Biol. 266, 436-448 (2010)
Krumsiek, J. ; Pölsterl, S. ; Wittmann, D.M. ; Theis, F.J.
Odefy - from discrete to continuous models.
BMC Bioinformatics 11, 1-10:233 (2010)
Gutch, H.W. ; Maehara, T. ; Theis, F.J.
Second order subspace analysis and simple decompositions.
In: Vigneron, V.* ; Zarzoso, V.* ; Moreau, E.* [Eds.]: Proceedings (Latent variable analysis and signal separation : 9th international conference, 27-30 September 2010, St. Malo, France). Berlin: Springer, 2010. 370-377 ( ; 6365)
Thiemann, C. ; Theis, F.J. ; Grady, D. ; Brune, R. ; Brockmann, D.
The structure of borders in a small world.
PLoS ONE 5:e15422 (2010)
Araki, S. ; Ozerov, A. ; Gowreesunker, V. ; Sawada, H. ; Theis, F.J. ; Nolte, G. ; Lutter, D. ; Duong, N.Q.K.
The 2010 signal separation evaluation campaign (SiSEC2010): Audio source separation.
In: Vigneron, V.* ; Zarzoso, V.* ; Moreau, E.* [Eds.]: Latent variable analysis and signal separation (Latent variable analysis and signal separation 9th international conference, 27-30 September 2010, St. Malo, France). Berlin: Springer, 2010. 114-122 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 6365)
Araki, S. ; Theis, F.J. ; Nolte, G. ; Lutter, D. ; Ozerov, A. ; Gowreesunker, V. ; Sawada, H. ; Duong, N.Q.K.
The 2010 signal separation evaluation campaign (SiSEC2010): Biomedical source separation.
In: Vigneron, V.* ; Zarzoso, V.* ; Moreau, E.* [Eds.]: Proceedings (Latent variable analysis and signal separation : 9th international conference, 27-30 September 2010, St. Malo, France). Berlin: Springer, 2010. 123-130 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 6365)
Gutch, H.W. ; Gruber, P. ; Theis, F.J.
ICA over finite fields.
In: Vigneron, V.* ; Zarzoso, V.* ; Moreau, E.* [Eds.]: Proceedings (Latent variable analysis and signal separation : 9th international conference, 27-30 September 2010, St. Malo, France). Berlin: Springer, 2010. 645-652 ( ; 6365)
Blöchl, F. ; Kowarsch, A. ; Theis, F.J.
Second-order source separation based on prior knowledge realized in a graph model.
In: Vigneron, V.* ; Zarzoso, V.* ; Moreau, E.* [Eds.]: Proceedings (Latent variable analysis and signal separation : 9th international conference, 27-30 September 2010, St. Malo, France). Berlin: Springer, 2010. 434-441 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 6365)
Mewes, H.-W. ; Ruepp, A. ; Theis, F.J. ; Rattei, T. ; Walter, M.C. ; Frishman, D. ; Suhre, K. ; Spannagl, M. ; Mayer, K.F.X. ; Stuempflen, V. ; Antonov, A.
MIPS: Curated databases and comprehensive secondary data resources in 2010.
Nucleic Acids Res. 39, 1, D220-D224 (2010)
Theis, F.J. ; Müller, N.S. ; Plant, C. ; Böhm, C.
Robust second-order source separation identifies experimental responses in biomedical imaging.
In: Vigneron, V.* [Eds.]: Proceedings (Latent variable analysis and signal separation : 9th international conference, 27-30 September 2010, St. Malo, France). Heidelberg: Springer, 2010. 466-473 (LNCS; 6365)
Theis, F.J.
Colored subspace analysis: Dimension reduction based on a signal's autocorrelation structure.
IEEE Trans. Circuits Syst. I-Regul. Pap. 57, 1463-1474 (2010)
Hartsperger, M.L. ; Blöchl, F. ; Stuempflen, V. ; Theis, F.J.
Structuring heterogeneous biological information using fuzzy clustering of k-partite graphs.
BMC Bioinformatics 11:522 (2010)
Kowarsch, A. ; Marr, C. ; Schmidl, D. ; Ruepp, A. ; Theis, F.J.
Tissue-specific target analysis of disease-associated microRNAs in human signaling pathways.
PLoS ONE 5:e11154 (2010)
Blöchl, F. ; Hartsperger, M.L. ; Stuempflen, V. ; Theis, F.J.
Uncovering the structure of heterogeneus biological data: Fuzzy graph partitioning in the k-partite setting.
In: Schomburg, D.* ; Grote, A.* [Eds.]: Proceedings (German Conference on Bioinformatics 2010). Bonn: Ges. f. Inform., 2010. 31-40 ( ; P-173)
Ruepp, A. ; Kowarsch, A. ; Schmidl, D. ; Buggenthin, F. ; Brauner, B. ; Dunger, I. ; Fobo, G. ; Frishman, G. ; Montrone, C. ; Theis, F.J.
PhenomiR: A knowledgebase for microRNA expression in diseases and biological processes.
Genome Biol. 11:R6 (2010)
Konopka, W. ; Kiryk, A. ; Novak, M. ; Herwerth, M. ; Parkitna, J.R. ; Wawrzyniak, M. ; Kowarsch, A. ; Michaluk, P. ; Dzwonek, J. ; Arnsperger, T. ; Wilczynski, G. ; Merkenschlager, M. ; Theis, F.J. ; Köhr, G. ; Kaczmarek, L. ; Schütz, G.
MicroRNA loss enhances learning and memory in mice.
J. Neurosci. 30, 14835-14842 (2010)
Plant, C. ; Theis, F.J. ; Meyer-Bäse, A. ; Böhm, C.
Information-theoretic model selection for independent components.
In: Vigneron, V.* ; Zarzoso, V.* ; Moreau, E.* [Eds.]: Proceedings (Latent variable analysis and signal separation : 9th international conference, 27-30 September 2010, St. Malo, France). Berlin: Springer, 2010. 254-262 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 6365)
Blöchl, F. ; Theis, F.J. ; Vega-Redondo, F. ; Fisher, E.O'N.
Which sectors of a modern economy are most central?
In: Empirical and theoretical methods. München: ifo Institut für Wirtschaftsforschung e.V., 2010. 1-20 (CESifo working paper series ; 3175)
Meyer-Bäse, A. ; Plant, C. ; Cappendijk, S. ; Theis, F.J.
Robust stability analysis of multi-time scale genetic regulatory networks under parametric uncertainties.
In: Proceedings (BIOCOMP'10 - The 2010 International Conference on Bioinformatics & Computational Biology). Las Vegas (Nevada): CSREA Press, 2010.
Lutter, D. ; Marr, C. ; Krumsiek, J. ; Lang, E.W. ; Theis, F.J.
Intronic microRNAs support their host genes by mediating synergistic and antagonistic regulatory effects.
BMC Genomics 11:224 (2010)
Kreuzpointner, L. ; Simon, P. ; Theis, F.J.
The ad coefficient as a descriptive measure of the within-group agreement of ratings.
Br. J. Math. Stat. Psychol. 63, 341-360 (2010)
Theis, F.J. ; Meyer- Bäse, A.
Biomedical signal analysis: Contemporary methods and applications.
Cambridge, Mass.: MIT Press, 2010. 432 S.
Marr, C. ; Theis, F.J. ; Liebovitch, L.S. ; Hütt, M.-T.
Patterns of subnet usage reveal distinct scales of regulation in the transcriptional regulatory network of Escherichia coli.
PLoS Comput. Biol. 6, 31:e1000836 (2010)
Ansorg, M. ; Blöchl, F. ; zu Castell, W. ; Theis, F.J. ; Wittmann, D.M.
Gene regulation at the Mid-Hindbrain Boundary: Study of a mathematical model in the stationary limit.
Int. J. Biomath. Biostat. 1, 9-21 (2010)
Franke, R. ; Theis, F.J. ; Klamt, S.
From binary to multivalued to continuous models: The lac operon as a case study.
J. Integr. Bioinform. 7:151 (2010)
2009
Blöchl, F. ; Theis, F.J.
Estimating hidden influences in metabolic and gene regulatory networks.
In: Adali, T.* [Eds.]: Independent Component Analysis and Signal Separation. Berlin: Springer, 2009. 387-394 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 5441)
Theis, F.J. ; Cason, T.P. ; Absil, P.A.
Soft dimension reduction for ICA by joint diagonalization on the Stiefel manifold.
In: Adali, T.* [Eds.]: Independent Component Analysis and Signal Separation. Berlin: Springer, 2009. 354-361 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 5441)
Theis, F.J. ; Neher, R. ; Zeug, A.
Blind decomposition of spectral imaging microscopy: A study on artificial and real test data.
In: Adali, T.* [Eds.]: Proceedings (Independent Component Analysis and Signal Separation). Berlin: Springer, 2009. 548-556 (Lecture Notes in Computer Science ; 5441)
Wittmann, D.M. ; Blöchl, F. ; Trümbach, D. ; Wurst, W. ; Prakash, N. ; Theis, F.J.
Spatial analysis of expression patterns predicts genetic interactions at the mid-hindbrain boundary.
PLoS Comput. Biol. 5:e1000569 (2009)
Wittmann, D.M. ; Schmidl, D. ; Blöchl, F. ; Theis, F.J.
Reconstruction of graphs based on random walks.
Theor. Comput. Sci. 410, 3826-3838 (2009)
Klamt, S. ; Haus, U.-U. ; Theis, F.J.
Hypergraphs and cellular networks.
PLoS Comput. Biol. 5:e1000385 (2009)
Neher, R.A. ; Mitkovski, M. ; Kirchhoff, F. ; Neher, E. ; Theis, F.J. ; Zeug, A.
Blind source separation techniques for the decomposition of multiply labeled fluorescence images.
Biophys. J. 96, 3791-3800 (2009)
Wittmann, D.M. ; Krumsiek, J. ; Saez-Rodriguez, J. ; Lauffenburg, D.A. ; Klam, S. ; Theis, F.J.
Transforming Boolean models to continuous models: Methodology and application to T-cell receptor signaling.
BMC Syst. Biol. 3, 98:98 (2009)
Gruber, P. ; Gutch, H.W. ; Theis, F.J.
Hierarchical extraction of independent subspaces of unknown dimensions.
In: Adali, T.* [Eds.]: Independent Component Analysis and Signal Separation. Berlin: Springer, 2009. 259-266 (Lect. Notes Comput. Sc. ; 5441)
Georgiev, P.G. ; Theis, F.J.
Optimization techniques for data representions with biomedical applications.
In: Romejin, H.E.* ; Pardalos, P.M.* [Eds.]: Handbook of Optimization in Medicine. New York: Springer, 2009. 1-38 (Springer Optimization and Its Applications ; 26)
Georgiev, P.G. ; Theis, F.J.
Optimization techniques for data representations with biomedical applications.
In: Pardalos, P.M.* ; Romejin, H.E.* [Eds.]: Handbook of Optimization in Medicine. New York: Springer Science + Business Media B.V., 2009. 253-290
Webb, K.J. ; Norton, W.H.J. ; Trümbach, D. ; Meijer, A.H. ; Ninkovic, J. ; Topp, S. ; Heck, D. ; Marr, C. ; Wurst, W. ; Theis, F.J. ; Spaink, H.P. ; Bally-Cuif, L.
Zebrafish reward mutants reveal novel transcripts mediating the behavioral effects of amphetamine.
Genome Biol. 10:R81 (2009)
Gruber, P. ; Meyer-Bäse, A. ; Foo, S. ; Theis, F.J.
ICA, kernel methods and nonnegativity: New paradigms for dynamical component analysis of fMRI data.
Eng. Appl. Artif. Intel. 22, 497-504 (2009)
2008
Brockmann, D. ; Theis, F.J.
Money Circulation, Trackable Items, and the Emergence of Universal Human Mobility Patterns.
IEEE Pervasive Comput. 7, 28-35 (2008)
Wong, P. ; Althammer, S. ; Hildebrand, A. ; Kirschner, A. ; Pagel, P. ; Geissler, B. ; Smialowski, P. ; Blöchl, F. ; Oesterheld, M. ; Schmidt, T. ; Strack, N. ; Theis, F.J. ; Ruepp, A. ; Frishman, D.
An evolutionary and structural characterization of mammalian protein complex organization.
BMC Genomics 9:629 (2008)
Begemann, M. ; Sargin, D. ; Rossner, M.J. ; Bartels, C. ; Theis, F.J. ; Wichert, S.P. ; Stender, N. ; Fischer, B. ; Sperling, S. ; Stawicki, S. ; Wiedl, A. ; Falkai, P. ; Nave, K.A. ; Ehrenreich, H.
Episode-specific differential gene expression of peripheral blood mononuclear cells in rapid cycling supports novel treatment approaches.
Mol. Med. 14, 546-552 (2008)
Adamcio, B. ; Sargin, D. ; Stradomska, A. ; Medrihan, L. ; Gertler, C. ; Theis, F.J. ; Zhang, M. ; Müller, M. ; Hassouna, I. ; Hannke, K. ; Sperling, S. ; Radyushkin, K. ; El-Kordi, A. ; Schulze, L. ; Ronnenberg, A. ; Wolf, F. ; Brose, N. ; Rhee, J.S. ; Zhang, W. ; Ehrenreich, H.
Erythropoietin enhances hippocampal long-term potentiation and memory.
BMC Biol. 6:37 (2008)
Lutter, D. ; Ugocsai, P. ; Grandl, M. ; Orso, E. ; Theis, F.J. ; Lang, E.W. ; Schmitz, G.
Analyzing M-CSF dependent monocyte/macrophage differentiation: expression modes and meta-modes derived from an independent component analysis.
BMC Bioinformatics 9:100 (2008)
Theis, F.J. ; Gruber, P. ; Keck, I.R. ; Lang, E.W.
A robust model for spatiotemporal dependencies.
Neurocomp. 71, 2209-2216 (2008)
Schachtner, R. ; Lutter, D. ; Knollmüller, P. ; Tomé, A.M. ; Theis, F.J. ; Schmitz, G. ; Stetter, M. ; Vilda, P.G. ; Lang, E.W.
Knowledge-based gene expression classification via matrix factorization.
Bioinformatics 24, 1688-1697 (2008)
2007
Gutch, H.W. ; Theis, F.J.
Independent subspace analysis is unique, given irreducibility.
Lect. Notes Comput. Sc. 4666, 49-56 (2007)
Kawanabe, M. ; Theis, F.J.
Joint low-rank approximation for extracting non-Gaussian subspaces.
Signal Process. 87, 1890-1903 (2007)
Theis, F.J. ; Kawanabe, M.
Colored subspace analysis.
Lect. Notes Comput. Sc. 4666, 121-128 (2007)
Theis, F.J. ; Georgiev, P. ; Cichocki, A.
Robust sparse component analysis based on a generalized Hough transform.
EURASIP J. Adv. Signal Process. 2007:052105 (2007)

* external authors, # joint first authors, ° joint corresponding authors