Barrier diseases

2018
Subramanian, V. ; Borchard, S. ; Azimzadeh, O. ; Sievert, W. ; Merl-Pham, J. ; Mancuso, M. ; Pasquali, E. ; Multhoff, G. ; Popper, B. ; Zischka, H. ; Atkinson, M.J. ; Tapio, S.
PPARα is necessary for radiation-induced activation of noncanonical TGFβ signaling in the heart.
J. Proteome Res. 17, 1677-1689 (2018)
Marozava, S. ; Vargas-López, R. ; Tian, Y. ; Merl-Pham, J. ; Braster, M. ; Meckenstock, R.U. ; Smidt, H. ; Röling, W.F.M. ; Westerhoff, H.V.
Metabolic flexibility of a prospective bioremediator: Desulfitobacterium hafniense Y51 challenged in chemostats.
Environ. Microbiol., accepted (2018)
Frik, J. ; Merl-Pham, J. ; Plesnila, N. ; Mattugini, N. ; Kjell, J. ; Kraska, J. ; Gómez, R.M. ; Hauck, S.M. ; Sirko, S. ; Götz, M.
Cross-talk between monocyte invasion and astrocyte proliferation regulates scarring in brain injury.
EMBO Rep. 19:e45294 (2018)
Mattugini, N. ; Merl-Pham, J. ; Petrozziello, E. ; Schindler, L. ; Bernhagen, J. ; Hauck, S.M. ; Götz, M.
Influence of white matter injury on gray matter reactive gliosis upon stab wound in the adult murine cerebral cortex.
Glia, accepted (2018)
Sarrach, S. ; Huang, Y. ; Niedermeyer, S. ; Hachmeister, M. ; Fischer, L. ; Gille, S. ; Pan, M. ; Mack, B. ; Kranz, G. ; Libl, D. ; Merl-Pham, J. ; Hauck, S.M. ; Paoluzzi Tomada, E. ; Kieslinger, M. ; Jeremias, I. ; Scialdone, A. ; Gires, O.
Spatiotemporal patterning of EpCAM is important for murine embryonic endo-And mesodermal differentiation.
Sci. Rep. 8:1801 (2018)
2017
Philipp, J. ; Azimzadeh, O. ; Subramanian, V. ; Merl-Pham, J. ; Lowe, D. ; Hladik, D. ; Erbeldinger, N. ; Ktitareva, S. ; Fournier, C. ; Atkinson, M.J. ; Raj, K. ; Tapio, S.
Radiation-induced endothelial inflammation is transferred via the secretome to recipient cells in a STAT-mediated process.
J. Proteome Res. 16, 3903-3916 (2017)
Mutschelknaus, L. ; Azimzadeh, O. ; Heider, T. ; Winkler, K. ; Vetter, M. ; Kell, R. ; Tapio, S. ; Merl-Pham, J. ; Huber, S.M. ; Edalat, L. ; Radulović, V. ; Anastasov, N. ; Atkinson, M.J. ; Mörtl, S.
Radiation alters the cargo of exosomes released from squamous head and neck cancer cells to promote migration of recipient cells.
Sci. Rep. 7:12423 (2017)
Azimzadeh, O. ; Subramanian, V. ; Ständer, S. ; Merl-Pham, J. ; Lowe, D. ; Barjaktarovic, Z. ; Mörtl, S. ; Raj, K. ; Atkinson, M.J. ; Tapio, S.
Proteome analysis of irradiated endothelial cells reveals persistent alteration in protein degradation and the RhoGDI and NO signalling pathways.
Int. J. Radiat. Biol. 93, 920-928 (2017)
Mattugini, N. ; Ohlig, S. ; Merl-Pham, J. ; Kannaiyan, N. ; Hauck, S.M. ; Rossner, M.J. ; Götz, M.
Differences of grey and white matter astrocytes in the intact and injured cerebral cortex.
Glia 65, E404-E405 (2017)
Welk, V. ; Meul, T. ; Merl-Pham, J. ; Korfei, M. ; Koch, I. ; Semren, N. ; Guenther, A. ; Lindner, M. ; Hauck, S.M. ; Eickelberg, O. ; Meiners, S.
Proteasomal activator 200 (pa200) regulates cellular proliferation: A putative role for Ipf and lung cancer pathogenesis.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 195 (2017)
Obermann, J. ; Priglinger, C.S. ; Merl-Pham, J. ; Geerlof, A. ; Priglinger, S.G. ; Götz, M. ; Hauck, S.M.
Proteome-wide identification of glycosylation-dependent interactors of Galectin-1 and Galectin-3 on mesenchymal retinal pigment epithelial cells.
Mol. Cell. Proteomics 16, 1528-1546 (2017)
Yentrapalli, R. ; Merl-Pham, J. ; Azimzadeh, O. ; Mutschelknaus, L. ; Peters, C. ; Hauck, S.M. ; Atkinson, M.J. ; Tapio, S. ; Mörtl, S.
Quantitative changes in the protein and miRNA cargo of plasma exosome-like vesicles after exposure to ionizing radiation.
Int. J. Radiat. Biol. 7, 1-12 (2017)
Mossina, A. ; Lukas, C. ; Merl-Pham, J. ; Uhl, F.E. ; Mutze, K. ; Schamberger, A.C. ; Staab-Weijnitz, C.A. ; Jia, J. ; Yildirim, A.Ö. ; Königshoff, M. ; Hauck, S.M. ; Eickelberg, O. ; Meiners, S.
Cigarette smoke alters the secretome of lung epithelial cells.
Proteomics 17:1600243 (2017)
Subramanian, V. ; Seemann, I. ; Merl-Pham, J. ; Hauck, S.M. ; Stewart, F. ; Atkinson, M.J. ; Tapio, S. ; Azimzadeh, O.
The role of TGF beta and PPAR alpha signalling pathways in radiation response of locally exposed heart: Integrated global transcriptomics and proteomics analysis.
J. Proteome Res. 16, 307-318 (2017)
Barjaktarovic, Z. ; Merl-Pham, J. ; Azimzadeh, O. ; Kempf, S.J. ; Raj, K. ; Atkinson, M.J. ; Tapio, S.
Low-dose radiation differentially regulates protein acetylation and histone deacetylase expression in human coronary artery endothelial cells.
Int. J. Radiat. Biol. 93, 156-164 (2017)
Azimzadeh, O. ; Azizova, T.V. ; Merl-Pham, J. ; Subramanian, V. ; Bakshi, M.V. ; Moseeva, M. ; Zubkova, O. ; Hauck, S.M. ; Anastasov, N. ; Atkinson, M.J. ; Tapio, S.
A dose-dependent perturbation in cardiac energy metabolism is linked to radiation-induced ischemic heart disease in Mayak nuclear workers.
Oncotarget 8, 9067-9078 (2017)
2016
Deeg, C.A. ; Uhl, P.B. ; Amann, B. ; Blutke, A. ; Renner, S. ; Hirmer, S. ; Merl-Pham, J. ; Sekundo, W. ; Wanke, R. ; Wolf, E. ; Hauck, S.M.
The INSC94Y transgenic pig: A novel model for diabetic retinopathy with macular edema.
Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 57 (2016)
Yang, J. ; Bassuk, A.G. ; Merl-Pham, J. ; Hsu, C.W. ; Colgan, D.F. ; Li, X. ; Au, K.S. ; Zhang, L. ; Smemo, S. ; Justus, S. ; Nagahama, Y. ; Grossbach, A.J. ; Howard, M.A. ; Kawasaki, H. ; Feldstein, N.A. ; Dobyns, W.B. ; Northrup, H. ; Hauck, S.M. ; Ueffing, M. ; Mahajan, V.B. ; Tsang, S.H.
Catenin delta-1 (CTNND1) phosphorylation controls the mesenchymal to epithelial transition in astrocytic tumors.
Hum. Mol. Genet. 25, 4201-4210 (2016)
Bakshi, M.V. ; Azimzadeh, O. ; Merl-Pham, J. ; Verreet, T. ; Hauck, S.M. ; Benotmane, M.A. ; Atkinson, M.J. ; Tapio, S.
In-utero low-dose irradiation leads to persistent alterations in the mouse heart proteome.
PLoS ONE 11:e0156952 (2016)
Carella, P. ; Merl-Pham, J. ; Wilson, D.C. ; Dey, S. ; Hauck, S.M. ; Vlot, A.C. ; Cameron, R.K.
Comparative proteomics analysis of Arabidopsis phloem exudates collected during the induction of systemic acquired resistance.
Plant Physiol. 171, 1495-1510 (2016)
Ly, A. ; Merl-Pham, J. ; Priller, M. ; Gruhn, F. ; Senninger, N. ; Ueffing, M. ; Hauck, S.M.
Proteomic profiling suggests central role of STAT signaling during retinal degeneration in the rd10 mouse model.
J. Proteome Res. 15, 1350-1359 (2016)
Cameron, R.K. ; Carella, P. ; Isaacs, M. ; Champigny, M. ; Merl-Pham, J. ; Dey, S. ; Vlot, A.C.
Using DIR1 to investigate long-distance signal movement during systemic acquired resistance.
Can. J. Plant Pathol. 38, 19-24 (2016)
Heinzelmann, K. ; Noskovicova, N. ; Merl-Pham, J. ; Preissler, G. ; Winter, H. ; Lindner, M. ; Hatz, R.A. ; Hauck, S.M. ; Behr, J. ; Eickelberg, O.
Surface proteome analysis identifies platelet derived growth factor receptor-alpha as a critical mediator of transforming growth factor-beta-induced collagen secretion.
Int. J. Biochem. Cell Biol. 74, 44-59 (2016)
Vanzo, E. ; Merl-Pham, J. ; Velikova, V.B. ; Ghirardo, A. ; Lindermayr, C. ; Hauck, S.M. ; Bernhardt, J. ; Riedel, K. ; Durner, J. ; Schnitzler, J.-P.
Modulation of protein S-nitrosylation by isoprene emission in poplar.
Plant Physiol. 170, 1945-1961 (2016)
Priglinger, C.S. ; Obermann, J. ; Szober, C.M. ; Merl-Pham, J. ; Ohmayer, U. ; Behler, J. ; Gruhn, F. ; Kreutzer, T.C. ; Wertheimer, C. ; Geerlof, A. ; Priglinger, S.G. ; Hauck, S.M.
Epithelial-to-mesenchymal transition of RPE cells in vitro confers increased β1,6-N-glycosylation and increased susceptibility to galectin-3 binding.
PLoS ONE 11:e0146887 (2016)
Merl-Pham, J. ; Gruhn, F. ; Hauck, S.M.
Proteomic profiling of cigarette smoke induced changes in retinal pigment epithelium cells.
Adv. Exp. Med. Biol. 854, 785-791 (2016)
Grosche, A. ; Hauser, A. ; Lepper, M.F. ; Mayo, R. ; von Toerne, C. ; Merl-Pham, J. ; Hauck, S.M.
The proteome of native adult Muller glial cells from murine retina.
Mol. Cell. Proteomics 15, 462-480 (2016)
2015
Heinzelmann, K. ; Noskovicova, N. ; Merl-Pham, J. ; Lindner, M. ; Hatz, R.A. ; Behr, J. ; Hauck, S.M. ; Eickelberg, O.
TGF-beta affects nintedanib function via PDGFR alpha in primary human fibroblasts.
Am. J. Respir. Crit. Care Med. 191:A2363 (2015)
Azimzadeh, O. ; Sievert, W. ; Sarioglu, H. ; Merl-Pham, J. ; Yentrapalli, R. ; Bakshi, M.V. ; Janik, D. ; Ueffing, M. ; Atkinson, M.J. ; Multhoff, G. ; Tapio, S.
Integrative proteomics and targeted transcriptomics analyses in cardiac endothelial cells unravel mechanisms of long-term radiation-induced vascular dysfunction.
J. Proteome Res. 14, 1203-1219 (2015)
Barjaktarovic, Z. ; Kempf, S.J. ; Sriharshan, A. ; Merl-Pham, J. ; Atkinson, M.J. ; Tapio, S.
Ionizing radiation induces immediate protein acetylation changes in human cardiac microvascular endothelial cells.
J. Radiat. Res. 56, 623-632 (2015)
Bi, Z. ; Merl-Pham, J. ; Uehlein, N. ; Zimmer, I. ; Mühlhans, S. ; Aichler, M. ; Walch, A.K. ; Kaldenhoff, R. ; Palme, K. ; Schnitzler, J.-P. ; Block, K.
RNAi-mediated downregulation of poplar Plasma membrane Intrinsic Proteins (PIPs) changes plasma membrane proteome composition and affects leaf physiology.
J. Proteomics 128, 321-332 (2015)
Skiöld, S. ; Azimzadeh, O. ; Merl-Pham, J. ; Näslund, I. ; Wersäll, P.J. ; Lidbrink, E.K. ; Tapio, S. ; Harms-Ringdahl, M. ; Haghdoost, S.
Unique proteomic signature for radiation sensitive patients: A comparative study between normo-sensitive and radiation sensitive breast cancer patients.
Mutat. Res. -Fund. Mol. Mech. Mutag. 776, 128-135 (2015)
Bakshi, M.V. ; Azimzadeh, O. ; Barjaktarovic, Z. ; Kempf, S.J. ; Merl-Pham, J. ; Hauck, S.M. ; Buratovic, S. ; Eriksson, P. ; Atkinson, M.J. ; Tapio, S.
Total body exposure to low-dose ionizing radiation induces long-term alterations to the liver proteome of neonatally exposed mice.
J. Proteome Res. 14, 366-373 (2015)
Molin, S. ; Merl, J. ; Dietrich, K.A. ; Regauer, M. ; Flaig, M. ; Letulé, V. ; Saucke, T. ; Herzinger, T. ; Ruzicka, T. ; Hauck, S.M.
The hand eczema proteome: Imbalance of epidermal barrier proteins.
Br. J. Dermatol. 172, 994-1001 (2015)
2014
Kölschbach, J. ; Mouttaki, H. ; Merl, J. ; Meckenstock, R.U.
Identification of naphthalene carboxylase subunits of the sulfate-reducing culture n47.
BioSpektrum Tagungband 2014, 69 (2014)
Vanzo, E. ; Ghirardo, A. ; Merl-Pham, J. ; Lindermayr, C. ; Heller, W. ; Hauck, S.M. ; Durner, J. ; Schnitzler, J.-P.
S-nitroso-proteome in poplar leaves in response to acute ozone stress.
PLoS ONE 9:e106886 (2014)
Heim, A. ; Grimm, C. ; Müller, U. ; Häußler, S. ; Mackeen, M.M. ; Merl, J. ; Hauck, S.M. ; Kessler, B.M. ; Schofield, C.J. ; Wolf, A. ; Böttger, A.
Jumonji domain containing protein 6 (Jmjd6) modulates splicing and specifically interacts with arginine-serine-rich (RS) domains of SR- and SR-like proteins.
Nucleic Acids Res. 42, 7833-7850 (2014)
Velikova, V.B. ; Ghirardo, A. ; Vanzo, E. ; Merl, J. ; Hauck, S.M. ; Schnitzler, J.-P.
Genetic manipulation of isoprene emissions in poplar plants remodels the chloroplast proteome.
J. Proteome Res. 13, 2005-2018 (2014)
Klar, R. ; Schober, S. ; Rami, M. ; Mall, S. ; Merl, J. ; Hauck, S.M. ; Ueffing, M. ; Admon, A. ; Slotta-Huspenina, J. ; Schwaiger, M. ; Stevanovic, S. ; Oostendorp, R.A. ; Busch, D.H. ; Peschel, C. ; Krackhardt, A.M.
Therapeutic targeting of naturally presented myeloperoxidase-derived HLA peptide ligands in myeloid leukemia cells by TCR-transgenic T cells.
Leukemia 28, 2355-2366 (2014)
Griciuc, A. ; Roux, M.J. ; Merl, J. ; Giangrande, A. ; Hauck, S.M. ; Aron, L. ; Ueffing, M.
Proteomic survey reveals altered energetic patterns and metabolic failure prior to retinal degeneration.
J. Neurosci. 34, 2797-2812 (2014)
2013
Degroote, R.L. ; Hauck, S.M. ; Treutlein, G. ; Amann, B. ; Fröhlich, K.J.H. ; Kremmer, E. ; Merl, J. ; Stangassinger, M. ; Ueffing, M. ; Deeg, C. A.
Expression changes and novel interaction partners of talin 1 in effector cells of autoimmune uveitis.
J. Proteome Res. 12, 5812–5819 (2013)
Mossina, A. ; Merl, J. ; Vosyka, O. ; Eickelberg, O. ; Hauck, S.M. ; Meiners, S.
Proteomic profiling of alveolar epithelial cells exposed to cigarette smoke extract.
Eur. Respir. J. 42 (2013)
Merl, J. ; Deeg, C.A. ; Swadzba, M.E. ; Ueffing, M. ; Hauck, S.M.
Identification of autoantigens in body fluids by combining pull-downs and organic precipitations of intact immune complexes with quantitative label-free mass spectrometry.
J. Proteome Res. 12, 5656-5665 (2013)
Ly, A. ; Scheerer, M.F. ; Zukunft, S. ; Muschet, C. ; Merl, J. ; Adamski, J. ; Hrabě de Angelis, M. ; Neschen, S. ; Hauck, S.M. ; Ueffing, M.
Retinal proteome alterations in a mouse model of type 2 diabetes.
Diabetologia 57, 192-203 (2013)
Yentrapalli, R. ; Azimzadeh, O. ; Sriharshan, A. ; Malinowsky, K. ; Merl, J. ; Wojcik, A. ; Harms-Ringdahl, M. ; Atkinson, M.J. ; Becker, K.-F. ; Haghdoost, S. ; Tapio, S.
The PI3K/Akt/mTOR pathway is implicated in the premature senescence of primary human endothelial cells exposed to chronic radiation.
PLoS ONE 8:e70024 (2013)
Priglinger, C.S. ; Szober, C.M. ; Priglinger, S.G. ; Merl, J. ; Euler, K.N. ; Kernt, M. ; Gondi, G. ; Behler, J. ; Geerlof, A. ; Kampik, A. ; Ueffing, M. ; Hauck, S.M.
Galectin-3 induces clustering of CD147 and integrin-β1 transmembrane glycoprotein receptors on the RPE cell surface.
PLoS ONE 8:e70011 (2013)
Bakshi, M.V. ; Barjaktarovic, Z. ; Azimzadeh, O. ; Kempf, S.J. ; Merl, J. ; Hauck, S.M. ; Eriksson, P. ; Buratovic, S. ; Atkinson, M.J. ; Tapio, S.
Long-term effects of acute low-dose ionizing radiation on the neonatal mouse heart: A proteomic study.
Radiat. Environ. Biophys. 52, 451-461 (2013)
2012
Merl, J. ; Ueffing, M. ; Hauck, S.M. ; von Toerne, C.
Direct comparison of MS-based label-free and SILAC quantitative proteome profiling strategies in primary retinal Müller cells.
Proteomics 12, 1902-1911 (2012)